{"id":1543,"date":"2010-09-16T15:28:58","date_gmt":"2010-09-16T13:28:58","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=1543"},"modified":"2010-10-20T12:18:31","modified_gmt":"2010-10-20T10:18:31","slug":"dirac-08","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/dirac-08","title":{"rendered":"Dirac 08"},"content":{"rendered":"

\ufeff<\/p>\n

Informaci\u00f3n general<\/h2>\n

La versi\u00f3n que se encuentra instalada en el cluster es DIRAC08. Dirac es un paquete de qu\u00edmica computacional con varios m\u00e9todos para calcular propidedades de sistemas moleculares usando mec\u00e1nica-cu\u00e1ntica relativista.<\/p>\n

Como ejecutar<\/h2>\n

Para ejecutar dirac hay que crear un script para torque y utilizar la herramienta de\u00a0pam <\/tt>de dirac. El SGI\/IZO ha actualizado\u00a0pam<\/tt> deshabilitando la opci\u00f3n\u00a0-mpi<\/tt>, ya que el sistema de colas se encarga de gestionar los procesadores. Dirac (bases y pam incuidos) esta instalado en \/software\/Dirac08.<\/p>\n

Un\u00a0script de ejemplo<\/strong> se encuentra\u00a0aqu\u00ed<\/strong><\/a>.<\/p>\n

Benchmarks<\/h2>\n

El tipo de c\u00e1lculos que realiza dirac requiere de bastantes recursos computacionales, y realiza muchas operaciones I\/O por ello, no paralaliza muy bien como se puede ver en la pruebas realizadas:<\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n\n
nproc<\/td>\nItanium<\/td>\nOpteron<\/td>\nPendulo (1:ppn=nproc)<\/td>\n<\/tr>\n
1<\/td>\n2176<\/td>\n4650<\/td>\n3603<\/td>\n<\/tr>\n
2<\/td>\n2056 (1.04<\/strong>)<\/td>\n3370 (1.37<\/strong>)<\/td>\n3100 (1.16<\/strong>)<\/td>\n<\/tr>\n
4<\/td>\n990 (2.19<\/strong>)<\/td>\n1847 (2.5<\/strong>)<\/td>\n1840 (1.97<\/strong>)<\/td>\n<\/tr>\n
8<\/td>\n730(2.98<\/strong>)<\/td>\n1054 (4.4<\/strong>)<\/td>\nNA<\/td>\n<\/tr>\n
El speed-up se muestra en <\/small>negrita.<\/strong><\/small><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Input<\/a> y sistema<\/a> utilizado para los benchmarks.<\/p>\n

M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n

P\u00e1gina de DIRAC y documentaci\u00f3n.<\/big><\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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