{"id":1989,"date":"2010-09-21T11:46:39","date_gmt":"2010-09-21T09:46:39","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=1989"},"modified":"2018-01-30T13:35:40","modified_gmt":"2018-01-30T11:35:40","slug":"gromacs-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/gromacs-2","title":{"rendered":"GROMACS"},"content":{"rendered":"

<\/p>\n

Informaci\u00f3n general<\/h2>\n

2018 version. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.<\/p>\n

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.<\/p>\n

C\u00f3mo usar<\/h2>\n
send_gmx<\/strong><\/pre>\n
 Para lanzar GROMACS al sistema de colas existe la utilidad send_gmx<\/code>. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuaci\u00f3n:<\/p>\n
send_gmx ``JOB and Options'' NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']<\/pre>\n\n\n\n\n\n\n\n\n
``JOB and Options'':<\/tt><\/td>\nOpciones del c\u00e1lculo y nombre del input de GROMACS con extensi\u00f3n. Es muy importante mantener las comillas.<\/td>\n<\/tr>\n
NODES:<\/tt><\/td>\nN\u00famero de nodos.<\/td>\n<\/tr>\n
PROCS:<\/tt><\/td>\nN\u00famero de procesadores.<\/td>\n<\/tr>\n
TIME:<\/tt><\/td>\nTiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.<\/tt><\/td>\n<\/tr>\n
MEM:<\/tt><\/td>\nmemoria en Gb y sin especificar la unidad.<\/td>\n<\/tr>\n
[``Otras opciones de Torque'']<\/tt><\/td>\nExiste la posibilidad de pasar m\u00e1s variables al sistema de colas.
\nVer ejemplos m\u00e1s abajo. [intlink id=\u00bb244″ type=\u00bbpost\u00bb]M\u00e1s informaci\u00f3n sobre estas opciones[\/intlink]<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
Ejemplos<\/h3>\n
Mandamos GROMACS con el input job1 a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:<\/p>\n
send_gmx ``-s job1.tpr'' 1 4 04:00:00 1<\/pre>\n
Mandamos GROMACS con el input job2 a 2 nodos, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despues del trabajo 1234.arinab:<\/p>\n
send_gmx ``-s job2.tpr'' 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'<\/pre>\n
Mandamos GROMACS con el input job3 a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 200:00:00 horas, 2 GB de RAM y que nos env\u00ede un mensaje de correo al inicio y final del c\u00e1lculo a la direci\u00f3n especificada.<\/p>\n
send_gmx ``-s job.tpr'' 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''<\/pre>\n
El comando send_gmx<\/tt> copia el contenido del directorio desde el que se lannza al \/scratch<\/tt> o \/gscratch<\/tt> -si se usan 2 o m\u00e1s nodos-. Es all\u00ed donde realiza el c\u00e1lculo.<\/p>\n
Monitorizaci\u00f3n de los c\u00e1lculos<\/h2>\n
Para facilitar el seguimiento y\/o control de los c\u00e1lculos est\u00f1a el comando remote_vi<\/code> que nos ense\u00f1a con el editor predeterminado el md.log<\/tt> del c\u00e1lculo de GROMACS (s\u00f3lo si ha sido enviado usando send_gmx<\/tt>). Por otra parte, tambi\u00e9n se puede enviar creando un script pbs para Gromacs. Un script de ejemplo se puede crear usando send_gromacs<\/code>.<\/p>\n
\n
M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n
http:\/\/www.gromacs.org\/About_Gromacs<\/a><\/p>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[142,158,3],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1989"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1989"}],"version-history":[{"count":24,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1989\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":7141,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1989\/revisions\/7141"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1989"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1989"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1989"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}