El comando Recomendamos el uso del comando modo de uso del comando donde:<\/p>\n Enviar\u00e1 el trabajo h2o en \u00a01 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).<\/p>\n Enviar\u00e1 el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadoresencada uno \u00a0a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.<\/p>\n Enviar\u00e1 el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno, \u00a0con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviar\u00e1 un email al inicio y final del c\u00e1lculo. Por otra parte este trabajo no empezar\u00e1 hasta que termine el trabajo 4827.<\/p>\n <\/strong>Si se ejecuta simplemente este entrar\u00e1 en modo interactivo, nos realizar\u00e1 unas preguntas simples, que nos guiar\u00e1 en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. M\u00e1s informaci\u00e1n en [intlink id=\u00bb233″ type=\u00bbpost\u00bb]qsub interactivo[\/intlink].<\/p>\n Podemos construir nuestro propio script para Torque. [intlink id=\u00bb237″ type=\u00bbpost\u00bb target=\u00bb_blank\u00bb]En este enlace[\/intlink] hay ejemplos adecuados.<\/p>\n Existen las herramietas o<\/p>\n donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Comando send_gauss El comando send_gauss env\u00eda los c\u00e1lculos con g09. Recomendamos el uso del comando send_gauss. Este comando preparar\u00e1 script de TORQUE y lo enviar\u00e1 a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendr\u00e1 en el \/scratch del nodo de remoto, pero send_gauss env\u00eda el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con … Seguir leyendo C\u00f3mo mandar Gaussian<\/span> send_gauss<\/code> env\u00eda los c\u00e1lculos con g09.<\/p>\nsend_gauss<\/code>. Este comando preparar\u00e1 script de TORQUE y lo enviar\u00e1 a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendr\u00e1 en el \/scratch<\/code> del nodo de remoto, pero send_gauss<\/code> env\u00eda el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_vi<\/code> y remote_molden<\/code> (ver m\u00e1s abajo).<\/p>\nsend_gauss<\/code> es el siguiente:<\/p>\nsend_gauss trabajo cola_o_tiempo num_proc [mem] [opciones de TORQUE]<\/pre>\n
\n
trabajo<\/code>:\u00a0Es el nombre del input de gaussian sin la extensi\u00f3n (*.com).<\/li>\ncola o tiempo<\/code>:\u00a0Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el c\u00e1lculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).<\/li>\nnum_proc<\/code>:\tEl n\u00famero de procesadores que se quiere usar por nodo, ha de ser igual o menor de 8 o un m\u00faltiplo de 8. Es posible a\u00f1adir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb<\/li>\nmem<\/code>: \u00a0la memoria en GB.<\/li>\nopciones de TORQUE<\/code>]:\tOpciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.<\/li>\n<\/ul>\nEjemplos<\/h3>\n
send_gauss h2o p_slow 8<\/pre>\n
send_gauss h2o p_slow 16 20<\/pre>\n
send_gauss h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''<\/pre>\n
Comando qsub interactivo<\/h2>\n
qsub <\/code>sin a\u00f1adir ninguna orden m\u00e1s:<\/p>\nqsub<\/code><\/pre>\nqsub tradicional<\/h2>\n
Seguimiento del trabajo<\/h2>\n
remote_vi<\/code> y remote_molden<\/code>, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usar send_gaussian<\/code> o qsub interactivo<\/code>. Su uso el el siguiente:<\/p>\nremote_vi 2341\r\nremote_molden 2341<\/pre>\n
remote_vi 2341.arina\r\nremote_molden 2341.arina<\/pre>\n