Para lanzar al sistema de colas Nwchem existe la utilidad send_nwchem. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuaci\u00f3n:<\/p>\n
Mandamos NWchem con el input job1 a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:<\/p>\n Mandamos NWchem con el input job2 a 2 nodos, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despu\u00e9s del trabajo 1234.arina:<\/p>\n Mandamos NWchem con el input job3 a 4 nodos y 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 200:00:00 horas, 2 GB de RAM y que nos env\u00ede un mensaje de correo al inicio y final del c\u00e1lculo a la direcci\u00f3n especificada.<\/p>\n El comando send_nwchem copia el contenido del directorio desde el que se lanza al \/scratch o \/gscratch -si se usan 2 o m\u00e1s nodos. Es all\u00ed donde realiza el c\u00e1lculo.<\/p>\n Ejecutando<\/p>\n entramos en el modo [intlink id=\u00bb233″ type=\u00bbpost\u00bb]qsub en interactivo[\/intlink] y nos hace varias preguntas para preparar el trabajo, uno de los programas para los que est\u00e1 preparado es NWchem.<\/p>\n Para facilitar el seguimiento y\/o control de los c\u00e1lculos, existen las suiguientes herramientas (s\u00f3lo si ha sido enviado usando El uso de todas estar herramientas es muy similar, hay que ejecutarlas seguido el identificador que el c\u00e1lculo tiene en el sistema de colas.<\/p>\n ECCE 4.0.2 (Extensible Computational Chemistry Environment) es una aplicaci\u00f3n desarrollada por el mismo grupo que Nwchem (ECCE Homepage). Dispone de una interface grafica que permite preparar inputs para nwchem, gaussian, y otros programas de qu\u00edmica cu\u00e1ntica. Para su uso simplemente hay que ejecutar:<\/p>\n Os recomendamos ejecutar ECCE en maiz y usando Nomachine NX<\/a>.<\/p>\n Manual en l\u00ednea de NwChem<\/a>.<\/p>\n ~<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" send_nwchem Para lanzar al sistema de colas Nwchem existe la utilidad send_nwchem. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuaci\u00f3n: send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [\u00abOtherqueue options\u00bb ] JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensi\u00f3n. PROCS: N\u00famero de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. MEM: memoria en … Seguir leyendo C\u00f3mo mandar NWchem<\/span> send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ]<\/code><\/p>\n\n
Ejemplos<\/h3>\n
send_nwchem job1 4:itaniumb 04:00:00 1<\/pre>\n
send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''<\/pre>\n
send_nwchem job3 32 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''<\/pre>\n
qsub interactivo<\/h2>\n
qsub<\/pre>\n
Monitorizaci\u00f3n de los c\u00e1lculos<\/h2>\n
send_nwchem<\/code> o qsub interactivo):<\/p>\n\n
Ejemplos<\/h3>\n
remote_vi 1243.arina\r\nremote_xmakemol 2390.arina\r\nremote_molden 2390.arina\r\nremote_qmde 3432.arina<\/pre>\n
ECCE<\/h2>\n
ecce &<\/pre>\n
M\u00e1s informaci\u00f3n<\/a><\/h2>\n