{"id":2307,"date":"2010-08-22T14:31:36","date_gmt":"2010-08-22T12:31:36","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=2307"},"modified":"2011-05-03T12:28:28","modified_gmt":"2011-05-03T10:28:28","slug":"nola-bidali-nwchem","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/arina_eu\/lanak-bidali\/nola-bidali-nwchem","title":{"rendered":"Nola bidali NWchem"},"content":{"rendered":"<h2>send_nwchem<\/h2>\n<p><code>send_nwchem<\/code> komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko.\u00a0Usage:<\/p>\n<p>send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [\u00abOther queue options\u00bb]<\/p>\n<p><tt>JOBNAME:<\/tt> Extensiorik gabeko inputaren izena.<br \/>\n<tt>NODES:<\/tt> Nodo kopurua.<br \/>\n<tt>PROCS:<\/tt> Prozesadore kopurua.<br \/>\n<tt>TIME:<\/tt> Eskatutako denbora\u00a0<tt>hh:mm:ss<\/tt> formatoan.<br \/>\n<tt>MEM:<\/tt> Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.<br \/>\n<tt>[\"Other queue options\"]<\/tt> Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.<\/p>\n<p>job1 lana, itaniumb nodo batean eta 4 prozesadoretan bidalzteko:<\/p>\n<pre>send_nwchem job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1<\/pre>\n<ol>job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 8 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu.<\/ol>\n<pre>send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''<\/pre>\n<ol>job2 lana 4 nodo 4 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako Ram memroia eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.<\/ol>\n<pre>send_nwchem job2 32 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''<\/pre>\n<p><code>send_nwchem<\/code> aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia\u00a0<code>\/scratch<\/code> edo\u00a0<code>\/gscratch<\/code> -2 edo nodo gehiago erabiliz gero- kopiatuko du, kalkulua bertan burutuko da. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera<\/p>\n<h2>Qsub interaktiboa<\/h2>\n<p>Exekutatzen bada<\/p>\n<pre>qsub<\/pre>\n<p>[intlink id=\u00bb667&#8243; type=\u00bbpost\u00bb]qsub interaktiboan[\/intlink] sartuko gara eta galdera batzuk egingo dizkizu<\/p>\n<h2>Lanen jarraipena<\/h2>\n<p><code>send_nwchem<\/code> edo <code>qsub interaktiboa<\/code> erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:\u00a1<br \/>\nremote_vi:<code>gvim<\/code> erabiliz, nwchem kalkuluaren outputa\u00a0<code>*.out<\/code> fitxategia irekiko digu.<br \/>\nremote_molden:  <code>moldenl<\/code> erabiliz, siesta kalkuluaren <tt>*.out<\/tt> fitxategia irekiko digu.<br \/>\nremote_xmakemol:  <code>xmakemol<\/code> erabiliz, siesta kalkuluaren\u00a0<tt>*.md.xyz<\/tt> fitxategia irekiko digu.<br \/>\nremote_qmde: <code>xmgrace<\/code> programarekin dinamika molekularra egiten ari den NWchem kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.<\/p>\n<p>Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik.<\/p>\n<h3>Adibideak<\/h3>\n<pre>remote_vi 1243\r\nremote_xmakemol 2390\r\nremote_molden 2390\r\nremote_qmde 3432<\/pre>\n<h2><strong>ECCE 4.0.2 <\/strong><\/h2>\n<p>(Extensible Computational Chemistry Environment) NWchem talde bera garatutako programa (<a href=\"http:\/\/ecce.emsl.pnl.gov\/\" target=\"_top\">ECCE Homepage<\/a>). Grafikoki NWchem, Gaussian eta beste kimika kuantikako programentzako inputak sortzeko da. Erabiltzeko exekutatu:<tt>ecce &amp;<\/tt>Maiz-etik erabiltzea gomendatzen dizuegu\u00a0 <a href=\"http:\/\/158.227.110.128\/Arina\/wp-content\/uploads\/2010\/08\/nx_manual.pdf\"> erabiliz.<\/a><\/p>\n<h2><a href=\"http:\/\/158.227.110.128\/Arina\/wp-content\/uploads\/2010\/08\/nx_manual.pdf\">Informazio gehiago<\/a><\/h2>\n<p><a href=\"http:\/\/www.emsl.pnl.gov\/docs\/nwchem\/doc\/user\/index.html\" target=\"_top\">NwChem web eskuliburua<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>send_nwchem send_nwchem komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko.\u00a0Usage: send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [\u00abOther queue options\u00bb] JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena. NODES: Nodo kopurua. PROCS: Prozesadore kopurua. TIME: Eskatutako denbora\u00a0hh:mm:ss formatoan. MEM: Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe. [\u00abOther queue options\u00bb] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz. job1 lana, itaniumb nodo &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/arina_eu\/lanak-bidali\/nola-bidali-nwchem\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">Nola bidali NWchem<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[137,68],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2307"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2307"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2307\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4327,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2307\/revisions\/4327"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2307"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2307"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2307"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}