{"id":4441,"date":"2008-08-09T16:48:05","date_gmt":"2008-08-09T14:48:05","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=4441"},"modified":"2022-09-20T23:44:36","modified_gmt":"2022-09-20T21:44:36","slug":"como-enviar-orca","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/arina_es\/mandar-trabajos\/como-enviar-orca","title":{"rendered":"C\u00f3mo enviar Orca"},"content":{"rendered":"<div>\n<h2>Comando send_orca<\/h2>\n<p>El comando\u00a0<code>send_orca<\/code> env\u00eda los c\u00e1lculos orca de un modo sencillo al sistema de colas.<\/p>\n<p>Recomendamos el uso del comando\u00a0<code>send_orca<\/code>. Este comando preparar\u00e1 script de TORQUE y lo enviar\u00e1 a la cola. El fichero de out (*.out) se mantendr\u00e1 en el\u00a0<code>\/scratch<\/code> del nodo de remoto, pero\u00a0<code>send_orca<\/code> env\u00eda el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas\u00a0<code>remote_vi<\/code> y\u00a0<code>remote_molden<\/code> (ver m\u00e1s abajo).<\/p>\n<p>modo de uso del comando\u00a0<code>send_orca<\/code> es el siguiente:<\/p>\n<pre>send_orca trabajo cola_o_tiempo nim_nodes num_proc [mem] [opciones de TORQUE]<\/pre>\n<p>donde:<\/p>\n<ul>\n<li><code>trabajo<\/code>:\u00a0Es el nombre del input de orca sin la extensi\u00f3n (*.inp).<\/li>\n<li><code>cola o tiempo<\/code>:\u00a0Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el c\u00e1lculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).<\/li>\n<li>num_nodes: El n\u00famero de nodos que se quiere usar-<\/li>\n<li><code>num_proc<\/code>: El n\u00famero de procesadores que se quiere usar por nodo. Es posible a\u00f1adir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:xeon<\/li>\n<li><code>mem<\/code>: \u00a0la memoria en GB.<\/li>\n<li>[<code>opciones de TORQUE<\/code>]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Ejemplos<\/h3>\n<pre>send_orca h2o p_slow 1 8<\/pre>\n<p>Enviar\u00e1 el trabajo h2o en \u00a01 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).<\/p>\n<pre>send_orca h2o p_slow 2 8 20<\/pre>\n<p>Enviar\u00e1 el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadores en cada uno \u00a0a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.<\/p>\n<pre>send_orca h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''<\/pre>\n<p>Enviar\u00e1 el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno, \u00a0con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviar\u00e1 un email al inicio y final del c\u00e1lculo. Por otra parte este trabajo no empezar\u00e1 hasta que termine el trabajo 4827.<\/p>\n<h2 id=\"qsubT\">Seguimiento del trabajo<\/h2>\n<p>Existen las herramietas\u00a0<code>remote_vi<\/code> y\u00a0<code>remote_molden<\/code>, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usar<code>send_gaussian<\/code> o\u00a0<code>qsub interactivo<\/code>. Su uso el el siguiente:<\/p>\n<pre>remote_vi 2341\nremote_molden 2341<\/pre>\n<p>o<\/p>\n<pre>remote_vi 2341.arina\nremote_molden 2341.arina<\/pre>\n<p>donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.<\/p>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Comando send_orca El comando\u00a0send_orca env\u00eda los c\u00e1lculos orca de un modo sencillo al sistema de colas. Recomendamos el uso del comando\u00a0send_orca. Este comando preparar\u00e1 script de TORQUE y lo enviar\u00e1 a la cola. El fichero de out (*.out) se mantendr\u00e1 en el\u00a0\/scratch del nodo de remoto, pero\u00a0send_orca env\u00eda el trabajo de tal menera que puede &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/arina_es\/mandar-trabajos\/como-enviar-orca\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">C\u00f3mo enviar Orca<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[109,13],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4441"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4441"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4441\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":8440,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4441\/revisions\/8440"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4441"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=4441"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=4441"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}