{"id":5753,"date":"2012-01-24T15:53:47","date_gmt":"2012-01-24T13:53:47","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=5753"},"modified":"2012-01-26T12:58:48","modified_gmt":"2012-01-26T10:58:48","slug":"gulp-4-0-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/bioquimica\/gulp-4-0-2","title":{"rendered":"Gulp 4.0"},"content":{"rendered":"<h2 id=\"howtouse\">Informaci\u00f3n General<\/h2>\n<p>\ufeffGULP\u00a0es un programa\u00a0para llevar a cabo\u00a0una variedad de\u00a0tipos de\u00a0simulaci\u00f3n\u00a0de\u00a0materiales a partir de\u00a0las condiciones de contorno\u00a0de\u00a00-D\u00a0(mol\u00e9culas y\u00a0clusters),\u00a01-D\u00a0(pol\u00edmeros),\u00a02-D\u00a0(superficies, losas, &#8230;),\u00a0o 3\u00a0-D\u00a0(s\u00f3lidos\u00a0peri\u00f3dicos).\u00a0El objetivo\u00a0del c\u00f3digo es una soluci\u00f3n anal\u00edtica,\u00a0a trav\u00e9s del uso\u00a0de la \u00ab<em>din\u00e1mica de\u00a0red\u00bb<\/em> (cuando sea posible) en lugar de\u00a0din\u00e1mica molecular. Se pueden utilizar una gran variedad de\u00a0campos de fuerza \u00a0dentro de\u00a0GULP\u00a0que abarca\u00a0el modelo de capas\u00a0de\u00a0materiales i\u00f3nicos, la mec\u00e1nica\u00a0molecular\u00a0para los sistemas org\u00e1nicos,\u00a0el modelo del \u00e1tomo\u00a0embebido\u00a0de los metales\u00a0y el potencial REBO\u00a0de hidrocarburos. Se incluyen derivadas\u00a0anal\u00edticas \u00a0por lo menos\u00a0de segundo orden\u00a0para la mayor\u00eda de los campos de fuerza,\u00a0y\u00a0de tercer orden\u00a0para muchos.<\/p>\n<p>Est\u00e1 instalado en guinness:\/software\/Gulp<\/p>\n<h2>C\u00f3mo Usar<\/h2>\n<p>Antes de usar GULP por favor verifica que cumplas las <a href=\"http:\/\/projects.ivec.org\/gulp\/downloads.html\">condiciones de uso.<\/a><\/p>\n<p><strong>send_gulp<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Para enviar\u00a0GULP en el sistema de\u00a0colas se ha creado la utilidad\u00a0send_gulp.\u00a0Cuando se ejecuta,<br \/>\nse muestra la sintaxis\u00a0de comandos, que\u00a0se resume a continuaci\u00f3n:<\/li>\n<li><tt>send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]<\/tt><\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<table cellpadding=\"3\">\n<tbody>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>JOBNAME<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">El nombre del input con extensi\u00f3n.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>NODES<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">N\u00famero de nodos.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>PROCS<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">N\u00famero de \u00a0procesadores.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>TIME<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">Tiempo pedido al sistema de colas, formato\u00a0<tt>hh:mm:ss.<\/tt><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>MEM<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\"><strong>Optional<\/strong>. Memora en Gb (Si no se especif\u00edca usar\u00e1 1GB\/core).<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><strong><tt>[``Other Torque Options'' ]<\/tt><\/strong><\/td>\n<td align=\"LEFT\"><strong>Optional<\/strong>. \u00a0Otras .\u00a0\ufeff\u00a0<a href=\"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/mandar-trabajos\/comandos-de-interes-del-sistema-de-colas\"> More information about this options<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h3 id=\"examples\">Ejemplos<\/h3>\n<p>Enviamos\u00a0la entrada\u00a0GULP Job1\u00a0a\u00a0un\u00a0nodo,\u00a0cuatro\u00a0procesadores\u00a0en ese nodo, con un tiempo\u00a0de 4 horas\u00a0solicitado:<\/p>\n<pre><tt>send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00<\/tt><\/pre>\n<p>Enviamos\u00a0un trabajo a 2 nodos\u00a0compuation,\u00a08 procesadores\u00a0en cada nodo, con un tiempo solicitado\u00a0de 192\u00a0horas,\u00a08 GB\u00a0de memoria RAM y\u00a0para empezar a correr\u00a0despu\u00e9s del trabajo 1234.arina haya terminado:<\/p>\n<pre><tt>send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'<\/tt><\/pre>\n<p>Enviamos el \u00a0Trabajo a 4\u00a0nodos y\u00a04 procesadores\u00a0en cada nodo,\u00a0con el tiempo\u00a0de 200 horas, 2 GB\u00a0de RAM y\u00a0solicitamos se nos\u00a0env\u00ede un correo electr\u00f3nico\u00a0al principio y al\u00a0final del c\u00e1lculo\u00a0de\u00a0la direcci\u00f3n especificada\u00a0.<\/p>\n<pre><tt>send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''<\/tt><\/pre>\n<p>El comando send_gulp \u00a0copia\u00a0el contenido del\u00a0directorio desde donde se\u00a0envi\u00f3 el trabajo\u00a0al \/scratch o \u00a0 \/gscratch, si utilizamos\u00a0dos\u00a0o m\u00e1s nodos, y ah\u00ed es donde\u00a0se hace el c\u00e1lculo.<\/p>\n<h2 id=\"jobsmonitoring\">Jobs Monitoring<\/h2>\n<p>Para facilitar el seguimiento\u00a0y\/o control\u00a0de los c\u00e1lculos\u00a0GULP, se puede utilizar\u00a0remote_vi<\/p>\n<pre>remote_vi JOBID<\/pre>\n<p>Nos muestra el archivo\u00a0*. out\u00a0(s\u00f3lo\u00a0si ha sido enviado\u00a0con\u00a0send_gulp).<\/p>\n<div>\n<h2 id=\"moreinformation\">M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n<p>\ufeff\ufeff<a href=\"http:\/\/projects.ivec.org\/gulp\/\">http:\/\/projects.ivec.org\/gulp\/<\/a><\/p>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Informaci\u00f3n General \ufeffGULP\u00a0es un programa\u00a0para llevar a cabo\u00a0una variedad de\u00a0tipos de\u00a0simulaci\u00f3n\u00a0de\u00a0materiales a partir de\u00a0las condiciones de contorno\u00a0de\u00a00-D\u00a0(mol\u00e9culas y\u00a0clusters),\u00a01-D\u00a0(pol\u00edmeros),\u00a02-D\u00a0(superficies, losas, &#8230;),\u00a0o 3\u00a0-D\u00a0(s\u00f3lidos\u00a0peri\u00f3dicos).\u00a0El objetivo\u00a0del c\u00f3digo es una soluci\u00f3n anal\u00edtica,\u00a0a trav\u00e9s del uso\u00a0de la \u00abdin\u00e1mica de\u00a0red\u00bb (cuando sea posible) en lugar de\u00a0din\u00e1mica molecular. Se pueden utilizar una gran variedad de\u00a0campos de fuerza \u00a0dentro de\u00a0GULP\u00a0que abarca\u00a0el modelo de capas\u00a0de\u00a0materiales &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/bioquimica\/gulp-4-0-2\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">Gulp 4.0<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[142],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5753"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5753"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5753\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5791,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5753\/revisions\/5791"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5753"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5753"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5753"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}