{"id":5803,"date":"2012-01-26T12:17:57","date_gmt":"2012-01-26T10:17:57","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=5803"},"modified":"2012-01-30T10:46:32","modified_gmt":"2012-01-30T08:46:32","slug":"mcccs-towhee-7-0-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/mcccs-towhee-7-0-2","title":{"rendered":"MCCCS Towhee 7.0.2"},"content":{"rendered":"<p>\ufeffTowhee\u00a0es un c\u00f3digo de\u00a0Monte Carlo (libre) de simulaci\u00f3n molecular\u00a0dise\u00f1ado originalmente para\u00a0la predicci\u00f3n\u00a0de\u00a0equilibrio en fluidos utilizando\u00a0campos de fuerza basados en\u00a0\u00e1tomos.<\/p>\n<h2>Informaci\u00f3n General<\/h2>\n<p>Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadist\u00edcos \u00a0l (NVT,\u00a0NpT,\u00a0uVT,\u00a0NVT and NpT) varios <em>pasos<\/em> Montecarlo \u00a0y tambi\u00e9n diferentes campos de fuerza. (<a href=\"http:\/\/towhee.sourceforge.net\/towhee_capabilities.html\" target=\"_blank\">M\u00e1s informaci\u00f3n<\/a>).<\/p>\n<h2>C\u00f3mo Usar<\/h2>\n<p><strong>send_towhee<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Para enviar\u00a0Towhee \u00a0en el sistema de\u00a0colas se ha creado la utilidad\u00a0send_towhee.\u00a0Cuando se ejecuta,<br \/>\nse muestra la sintaxis\u00a0del comando, que\u00a0se resume a continuaci\u00f3n:<\/li>\n<li><tt>send_towhee JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]<\/tt><\/li>\n<\/ul>\n<table cellpadding=\"3\">\n<tbody>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>JOBNAME<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">Nombre del Output.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>NODES<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">n\u00famero de nodos.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>PROCS<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">N\u00famero de \u00a0procesadores.<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>TIME<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\">Tiempo solicitado al sistema de colas: formato\u00a0<tt>hh:mm:ss.<\/tt><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><tt><strong>MEM<\/strong>:<\/tt><\/td>\n<td align=\"LEFT\"><strong>Opcional<\/strong>. Memoria en Gb ( It will used 1GB\/core if not set).<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td align=\"LEFT\"><strong><tt>[``Other Torque Options'' ]<\/tt><\/strong><\/td>\n<td align=\"LEFT\"><strong>Opcional<\/strong>. Otras opciones que se quieran pasar al sistema de colas.\u00a0\ufeff\u00a0<a href=\"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/mandar-trabajos\/comandos-de-interes-del-sistema-de-colas\"> More information about this options<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h3 id=\"examples\">Ejemplos<\/h3>\n<p>Enviamos\u00a0la entrada\u00a0Towhee \u00a0 a\u00a0un\u00a0nodo,\u00a0cuatro\u00a0procesadores\u00a0en ese nodo, con un tiempo\u00a0de 4 horas\u00a0solicitado.\u00a0El output generado estara en el fichero OUT<\/p>\n<pre><tt>send_gulp OUT 1 4 04:00:00<\/tt><\/pre>\n<p>Enviamos\u00a0un trabajo a 2 nodos\u00a0compuation,\u00a08 procesadores\u00a0en cada nodo, con un tiempo solicitado\u00a0de 192\u00a0horas,\u00a08 GB\u00a0de memoria RAM y\u00a0para empezar a correr\u00a0despu\u00e9s del trabajo 1234.arina haya terminado:<\/p>\n<pre><tt>send_gulp OUT 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'<\/tt><\/pre>\n<p>Enviamos el \u00a0Trabajo a 4\u00a0nodos y\u00a04 procesadores\u00a0en cada nodo,\u00a0con el tiempo\u00a0de 200 horas, 2 GB\u00a0de RAM y\u00a0solicitamos se nos\u00a0env\u00ede un correo electr\u00f3nico\u00a0al principio y al\u00a0final del c\u00e1lculo\u00a0de\u00a0la direcci\u00f3n especificada\u00a0.<\/p>\n<pre><tt>send_gulp OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''<\/tt><\/pre>\n<p>El comando send_gulp \u00a0copia\u00a0el contenido del\u00a0directorio desde donde se\u00a0envi\u00f3 el trabajo\u00a0al \/scratch o \u00a0 \/gscratch, si utilizamos\u00a0dos\u00a0o m\u00e1s nodos, y ah\u00ed es donde\u00a0se hace el c\u00e1lculo.<\/p>\n<h2 id=\"jobsmonitoring\">Jobs Monitoring<\/h2>\n<p>Para facilitar el seguimiento\u00a0y\/o control\u00a0de los c\u00e1lculos\u00a0Towhee, se puede utilizar\u00a0remote_vi<\/p>\n<pre>remote_vi JOBID<\/pre>\n<p>Nos muestra el archivo \u00a0output indicado en send_towhee \u00a0(s\u00f3lo\u00a0si ha sido enviado\u00a0con\u00a0send_towhee).<\/p>\n<div>\n<h2 id=\"moreinformation\">M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n<p>\ufeff<a href=\"http:\/\/towhee.sourceforge.net\/\">http:\/\/towhee.sourceforge.net\/<\/a><\/p>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\ufeffTowhee\u00a0es un c\u00f3digo de\u00a0Monte Carlo (libre) de simulaci\u00f3n molecular\u00a0dise\u00f1ado originalmente para\u00a0la predicci\u00f3n\u00a0de\u00a0equilibrio en fluidos utilizando\u00a0campos de fuerza basados en\u00a0\u00e1tomos. Informaci\u00f3n General Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadist\u00edcos \u00a0l (NVT,\u00a0NpT,\u00a0uVT,\u00a0NVT and NpT) varios pasos Montecarlo \u00a0y tambi\u00e9n diferentes campos de fuerza. (M\u00e1s informaci\u00f3n). C\u00f3mo Usar send_towhee Para enviar\u00a0Towhee \u00a0en el sistema de\u00a0colas se ha &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/mcccs-towhee-7-0-2\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">MCCCS Towhee 7.0.2<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[142,3],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5803"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5803"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5803\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5971,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/5803\/revisions\/5971"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5803"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=5803"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=5803"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}