{"id":6005,"date":"2012-02-21T12:28:29","date_gmt":"2012-02-21T10:28:29","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=6005"},"modified":"2012-02-21T13:36:49","modified_gmt":"2012-02-21T11:36:49","slug":"blast","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/blast","title":{"rendered":"BLAST"},"content":{"rendered":"

Informaci\u00f3n general<\/h2>\n

Versi\u00f3n 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa inform\u00e1tico de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de prote\u00ednas, empleado en bioinform\u00e1tica. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos y encontrar las que tienen mayor parecido as\u00ed como la significaci\u00f3n de cada resultado.<\/p>\n

Por razones de rendimiento no se ha instalado en los Itanium.<\/p>\n

Bases de datos<\/h2>\n

El Servicio tiene instaladas varias bases de datos para uso compartido, consulta con los t\u00e9cnicos<\/a> para m\u00e1s informaci\u00f3n. Si quieres actualizar o instalar m\u00e1s bases de datos contacta con los\u00a0t\u00e9cnicos<\/a> para evitar copias m\u00faltiples innecesarias.<\/p>\n

C\u00f3mo ejecutar<\/h2>\n

Para enviar trabajos al sistema de colas recomendamos el uso del comando<\/strong><\/p>\n

send_blast<\/pre>\n
que nos har\u00e1 las preguntas necesarias para lanzar el trabajo.<\/p>\n
Rendimiento y gpuBLAST<\/h2>\n
Hemos comparado el BLAST normal de NCBI\u00a0 con mpiBLAST gpuBLAST. Se pueden encontrar los resultados en el blog del Servicio<\/a>. [intlink id=\u00bb1495″ type=\u00bbpost\u00bb target=\u00bb_blank\u00bb]mpiBLAST[\/intlink] est\u00e1 instalado en el Servicio. Tambi\u00e9n gpuBLAST pero no est\u00e1 activo dado que son pocos los nodos con GPGPUs y no se obtiene un rendimiento tan grande.<\/p>\n
M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n
Para m\u00e1s informaci\u00f3n\u00a0p\u00e1gina web de BLAST<\/a>.<\/p>\n
Tambi\u00e9n est\u00e1 instaldado [intlink id=\u00bb1493″ type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink] y [intlink id=\u00bb1495″ type=\u00bbpost\u00bb target=\u00bb_blank\u00bb]mpiBLAST[\/intlink].<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Informaci\u00f3n general Versi\u00f3n 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa inform\u00e1tico de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de prote\u00ednas, empleado en bioinform\u00e1tica. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que … Seguir leyendo BLAST<\/span> →<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[176,3],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6005"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6005"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6005\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":6009,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6005\/revisions\/6009"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6005"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=6005"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=6005"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}