{"id":6011,"date":"2012-02-21T12:38:12","date_gmt":"2012-02-21T10:38:12","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=6011"},"modified":"2012-02-21T12:39:07","modified_gmt":"2012-02-21T10:39:07","slug":"blast-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/kalkulu-softwarea\/blast-2","title":{"rendered":"BLAST"},"content":{"rendered":"<h2>Informazio orokorra<\/h2>\n<p>BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu  base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen  familien kideak identifikatzeko.<\/p>\n<p>Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.<\/p>\n<h2>Base datuak<\/h2>\n<p>Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu <a href=\"..\/..\/\" target=\"_blank\">teknikariekin<\/a>. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan\u00a0<a href=\"..\/..\/..\/sgi\" target=\"_blank\">teknikariekin <\/a> behar ez diren kopiak ez edukitzeko.<\/p>\n<h2>Nola erabili<\/h2>\n<p>Lanak kola sistemara bidaltzeko <strong>gomendatzen dizuegu<\/strong><\/p>\n<pre>send_blast<\/pre>\n<p>komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali  dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta  hainbat gauza.<\/p>\n<h2>Errendimendua eta gpuBLAST<\/h2>\n<p>Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak <a title=\"Benchmark\" href=\"https:\/\/www.ehu.es\/ehusfera\/hpc\/2012\/02\/21\/rendimiento-de-diferentes-implementaciones-de-blast\/\" target=\"_blank\">Zerbitzuko blogean<\/a> aurkitzen dira. [intlink id=\u00bb1507&#8243; type=\u00bbpost\u00bb target=\u00bb_blank\u00bb]mpiBLAST[\/intlink] Zerbitzuan instalatuta dabo. Baita gpuBLAST ere baina ez dago aktibatuta GPGU nodoak gutxi direlako eta errendimendua asko hobetzen ez delako.<\/p>\n<h2>Informazio gehiago<\/h2>\n<p><a title=\"blast\" href=\"http:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/\" target=\"_blank\"><big>BLASTeko web orrialdea<\/big><\/a>.<br \/>\n[intlink id=\u00bb1511&#8243; type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink]\u00a0ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.<br \/>\n[intlink id=\u00bb1507&#8243; type=\u00bbpost\u00bb target=\u00bb_blank\u00bb]mpiBLAST[\/intlink] ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Informazio orokorra BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko. Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu. Base datuak Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan\u00a0teknikariekin behar ez diren kopiak &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/kalkulu-softwarea\/blast-2\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">BLAST<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[178,66],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6011"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6011"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6011\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":6031,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6011\/revisions\/6031"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6011"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=6011"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=6011"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}