Version 0.2.2. Tambi\u00e9n filtra reads que no llegan a un m\u00ednimo de calidad bas\u00e1ndose en la longitud y cualidad media. Se puede ejecutar en paralelo.<\/p>\n Para enviar trabajos de que nos har\u00e1 las preguntas necesarias para preparar y enviar el c\u00e1lculo.<\/p>\n Se ha ejecutado el comando<\/p>\n P\u00e1gina web de clean_reads<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Informaci\u00f3n general Version 0.2.2. clean_reads limpia reads de NGS (Next Generation Sequencing) – Sanger, 454, Illumina y solid. Puede eliminar Regiones de mala calidad. Adaptadores Vectores Expresiones regulares Tambi\u00e9n filtra reads que no llegan a un m\u00ednimo de calidad bas\u00e1ndose en la longitud y cualidad media. Se puede ejecutar en paralelo. C\u00f3mo usar Para enviar … Seguir leyendo clean_reads<\/span> clean_reads<\/code> limpia reads de NGS (Next Generation Sequencing) – Sanger, 454, Illumina y solid. Puede eliminar<\/p>\n\n
C\u00f3mo usar<\/h2>\n
clean_reads<\/code> al sistema de colas recomendamos usar el comando<\/p>\nsend_clean_reads<\/pre>\n
Rendimiento<\/h2>\n
clean_reads<\/code> se puede ejecutar en paralelo y escala bien hasta los 8 cores. A 12 cores el rendimiento cae en picado. En la tabla 1 se pueden ver los resultados del benchmark, \u00c9ste se ha ejecutado en un nodo con 12 cores y procesadores Xeon E5645.<\/p>\n\n
clean_reads<\/code> en funci\u00f3n del n\u00famero de cores<\/caption>\n\n\n cores<\/strong><\/td>\n 1<\/td>\n 4<\/td>\n 8<\/td>\n 12<\/td>\n<\/tr>\n \n Tiempo (s)<\/td>\n 1600<\/td>\n 422<\/td>\n 246<\/td>\n 238<\/td>\n<\/tr>\n \n Aceleraci\u00f3n<\/td>\n 1<\/td>\n 3.8<\/td>\n 6.5<\/td>\n 6.7<\/td>\n<\/tr>\n \n Rendimiento (%)<\/td>\n 100<\/td>\n 95<\/td>\n 81<\/td>\n 56<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n clean_reads -i in.fastq -o out.fastq -p illumina -f fastq -g fastq -a a.fna -d UniVec -n 20 --qual_threshold=20 --only_3_end False -m 60 -t 12<\/pre>\n
M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n