{"id":6226,"date":"2012-03-27T10:08:16","date_gmt":"2012-03-27T08:08:16","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/?p=6226"},"modified":"2012-06-21T01:13:14","modified_gmt":"2012-06-20T23:13:14","slug":"abyss-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/uncategorized-eu\/abyss-2","title":{"rendered":"ABySS"},"content":{"rendered":"

Informazio orokorra<\/h2>\n

1.3.2 ABySS bertsioa (A<\/strong>ssembly By S<\/strong>hort S<\/strong>equences). ABySS is a de novo<\/em>, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke.<\/p>\n

Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=\u00bb6059″ type=\u00bbpost\u00bb]velvet[\/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua<\/a>.<\/p>\n

Nola erabili<\/h2>\n

Exekutableak \/software\/abyss\/bin<\/code> karpetan daude. Kolako skriptetean exekutatzeko gehitu adibidez:<\/p>\n

\/software\/abyss\/bin\/abyss-pe [abyss-pe opzioak]<\/pre>\n
Errendimendua<\/h2>\n
Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=\u00bb6059″ type=\u00bbpost\u00bb]velvet[\/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua<\/a>.<\/p>\n
Paralelizazioa<\/h3>\n
Abysseko benchmark batzuk egin dira. Benchmarkak HeSeq2000 NGS Illumina batek emandako datuegin egin dira 100 bp sekuentzia bakoitzeko. 1. taulan ikus dezakegu nola ABySSek eskalatzen duen kore kopuruaren arabera, ikus daitekeen bezala ondo paralelizatzen du 8 kore arte.<\/p>\n\n\n\n\n\n\n
Taula 1. abyss-pe<\/code> programaren exekuxio denbora segundutan kore kopuruaren arabera.<\/caption>\n
Koreak<\/strong><\/td>\n2<\/td>\n4<\/td>\n8<\/td>\n12<\/td>\n24<\/td>\n<\/tr>\n
Denbora (s)<\/td>\n47798<\/td>\n27852<\/td>\n16874<\/td>\n14591<\/td>\n18633<\/td>\n<\/tr>\n
Azelerazioa<\/td>\n1<\/td>\n1.7<\/td>\n2.8<\/td>\n3.3<\/td>\n2.6<\/td>\n<\/tr>\n
Errendimendua (%)<\/td>\n100<\/td>\n86<\/td>\n71<\/td>\n55<\/td>\n21<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
Exekuzio denbora<\/h3>\n
Exekuxio denbora era neurtu dugu datu tamainaren funtzioan. 2. taulan erakusten da nola milioi bat sekuentziatik 10 milioietara pasatzean denbora ere 10 aldiz handiagoa dela. 10 milioitin 100 milioi sekuentzietara pasatzean denbora 10 eta 20 artean handitzen da. Beraz, exekuzio denboraren konportamendua gutxi gorabehera lineala da.<\/p>\n\n\n\n\n\n\n
Taula 2. abyss-pe<\/code> programaren exekuzio denbora segundutan sekuentzia kopuruaren arabera en 2, 4 y 8 koreentzako.<\/caption>\n
Sekuentziak<\/strong><\/td>\n10e6<\/td>\n10e7<\/td>\n10e8<\/td>\n<\/tr>\n
Denbora 2 koretan (s)<\/td>\n247<\/td>\n2620<\/td>\n47798<\/td>\n<\/tr>\n
Denbora 4 koretan (s)<\/td>\n134<\/td>\n1437<\/td>\n27852<\/td>\n<\/tr>\n
Denbora 8 koretan (s)<\/td>\n103<\/td>\n923<\/td>\n1687<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
RAM memoria<\/h3>\n
Programa hauetan exekuzio denbora baino garrantzitzua RAM memoria da, oso handia izan baitaiteke. 3. taulan ikusten dugu nola RAM memoria handitzen den sekuentzia kopuruaren funtzioan. Neurtutako balioen logaritmoak ere erakusten ditugu hauek erabili baititugu erregresio lineala egiteko. Kalkuluan 12 koretan egin dira.<\/p>\n\n\n\n\n\n\n
Taula 3. abyss-pe<\/code> programak erabilitako RAM memoria sekuentzia kopuruaren funtzioan. Balioen logaritmoak ere erakusten dira.<\/caption>\n
Sekuentziak<\/strong><\/td>\n10e6<\/td>\n5*10e6<\/td>\n10e7<\/td>\n5*10e7<\/td>\n10e8<\/td>\n<\/tr>\n
RAM (GB)<\/td>\n4.0<\/td>\n7.6<\/td>\n11<\/td>\n29<\/td>\n44<\/td>\n<\/tr>\n
log(sekuentziak)<\/td>\n6<\/td>\n6.7<\/td>\n7<\/td>\n7.7<\/td>\n8<\/td>\n<\/tr>\n
log(RAM)<\/td>\n0.60<\/td>\n0.88<\/td>\n1.03<\/td>\n1.46<\/td>\n1.65<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
Neurtutako balioak ondoko ekuaziora doitu ditugu non (s<\/em>) sekuentzia kopurua da eta memoria GBetan ematen da:<\/p>\n
log(RAM)=0.53*log(s)-2.65<\/p>\n
edo beste era batean<\/p>\n
RAM=(s^0.53)\/447<\/p>\n
Ondorioak<\/h3>\n
RAM erabilera txikiagoa da beste ensanbladorekin alderatuta.\u00a0  [intlink id=\u00bb6059″ type=\u00bbpost\u00bb]Velvet[\/intlink] adibidez (ikus ere Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV\/EHU<\/em><\/a><\/em> txostena eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua<\/a>. Gainera, ABySS MPI erabiltzen du paralelizazioa lortzeko eta honi esker hainbat nodoen RAM memoria gehitu dezakegu kalkulu handiagoak egin ahal izateko.<\/p>\n
Informazio gehiago<\/h2>\n
ABySS<\/a>eko web orrialdea.
\n[intlink id=\u00bb6059″ type=\u00bbpost\u00bb]Velvet[\/intlink] ensambladorea.
\nhpc blogean sarrera<\/a>: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV\/EHU<\/a>.
\nVelvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV\/EHU<\/em><\/a> txostena.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Informazio orokorra 1.3.2 ABySS bertsioa (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke. Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=\u00bb6059″ type=\u00bbpost\u00bb]velvet[\/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua. Nola erabili Exekutableak \/software\/abyss\/bin karpetan daude. Kolako skriptetean exekutatzeko gehitu adibidez: \/software\/abyss\/bin\/abyss-pe [abyss-pe opzioak] … Seguir leyendo ABySS<\/span> →<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[178,66,64],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6226"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6226"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6226\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":6451,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6226\/revisions\/6451"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6226"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=6226"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=6226"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}