En los contenidos que competen a la junta de centro y al Equipo Directivo, ambos órganos cuentan con la colaboración preceptiva de distintas Comisiones. En la Facultad de Educación de Bilbao funcionan en la actualidad las siguientes comisiones:

• Comisión permanente de la Junta de Facultad
• Comisión de Ordenación Académica
• Comisión de Euskera
• Comisión de Igualdad
• Comisión de Calidad
• Comisión de Reclamaciones del Centro
• Comisión de Practicum y TFG
• Comisión de Internacionalización
• Comisión de Comunicación
• Comisión BHFMakerLab