Antropogenética - Actividad 7
Diseño de una amplificación PCR
Pretendemos amplificar una inserción Alu (TPA25). Para ello, hemos obtenido de la bibliografía el protocolo de amplificación y la secuencia de los cebadores:
Cebador 1: GTAAGAGTTCCGTAACAGGACAGCT
Cebador 2: CCCCACCCTAGGAGAACTTCTCTTT
Sin embargo, por diferencias en los reactivos y la infraestructura, la reacción PCR tal y como ha sido publicada no funciona correctamente en nuestro laboratorio. Por ello, debemos ajustar las condiciones hasta obtener una amplificación nítida.
En el cuadro inferior se mostrarán las condiciones y el gel que obtendremos conforme cambiemos alguna de ellas. Los amplificados que deben obtenerse son de 113 y 424 pares de bases, para los alelos "no inserción" e "inserción" respectivamente.
La solución puede obtenerse mediante tanteo, o introduciendo los valores que aparecen en el trabajo:
García-Obregón S, Alfonso-Sánchez MA, Pérez-Miranda AM, Vidales C, Arroyo D, Peña JA. (2006) Genetic position of Valencia (Spain) in the Mediterranean basin according to Alu insertions. Am J Hum Biol. 18(2):187-95.
En todo caso, observe lo que ocurre cuando cambian los valores de las diferentes variables.
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