***************************************
* GeDis.java v.2.0 @Jose A. Pena 2014 *
***************************************

Pena, J.A., Alfonso-Sanchez, M.A., Perez-Miranda, A.M., Garcia-Obregon, S., Gomez-Perez, L., 2009, GeDis: Un programa para analisis de datos en Antropogenetica. Antropo, 20, 49-56. www.didac.ehu.es/antropo

Populations 11
Loci 5
Locus: 1 - alleles: 28
Locus: 2 - alleles: 78
Locus: 3 - alleles: 28
Locus: 4 - alleles: 29
Locus: 5 - alleles: 17

Allele 	Mean frequency 	Wahlund variance 
A*01:01/04N/22N 	0,1071 	0,0041 
A*02 	0,2850 	0,0049 
A*03 	0,1171 	0,0020 
A*11 	0,0549 	0,0009 
A*23:01/07N/17/18 	0,0237 	0,0081 
A*24 	0,1016 	0,0028 
A*25:01 	0,0143 	0,0059 
A*26:01/24/26 	0,0402 	0,0024 
A*26:08 	0,0040 	0,0045 
A*29:01 	0,0060 	0,0178 
A*29:02 	0,0232 	0,0085 
A*30:01/24 	0,0189 	0,0057 
A*30:02 	0,0098 	0,0157 
A*30:04 	0,0016 	0,0035 
A*30:06 	0,0005 	0,0015 
A*30:10 	0,0008 	0,0031 
A*30:12 	0,0008 	0,0031 
A*30:15 	0,0026 	0,0075 
A*31:01/14N 	0,0371 	0,0049 
A*32:01 	0,0439 	0,0017 
A*33 	0,0136 	0,0033 
A*34 	0,0008 	0,0025 
A*36 	0,0005 	0,0023 
A*66:01/04 	0,0086 	0,0037 
A*68:01/11N/33 	0,0396 	0,0028 
A*68:02 	0,0161 	0,0033 
A*69:01 	0,0025 	0,0033 
A*80:01 	0,0018 	0,0067 
B*07:02/44/49N/58/59/61 	0,0907 	0,0049 
B*07:05/B*07:06 	0,0085 	0,0038 
B*07:37 	0,0009 	0,0047 
B*08:01/19N 	0,0666 	0,0024 
B*13:02 	0,0246 	0,0022 
B*14:01 	0,0077 	0,0012 
B*14:02 	0,0185 	0,0034 
B*15:01/102/104/140/146 	0,0495 	0,0033 
B*15:03/B*15:103 	0,0076 	0,0058 
B*15:08 	0,0017 	0,0050 
B*15:16 	0,0006 	0,0032 
B*15:17 	0,0103 	0,0088 
B*15:18 	0,0029 	0,0012 
B*15:24 	0,0015 	0,0037 
B*15:67 	0,0002 	0,0013 
B*15:72 	0,0016 	0,0017 
B*15:80 	0,0004 	0,0022 
B*18:01/17N 	0,0408 	0,0026 
B*27:02 	0,0044 	0,0011 
B*27:05/13 	0,0241 	0,0060 
B*27:07 	0,0008 	0,0023 
B*35:01/40N/42/57/94 	0,0489 	0,0062 
B*35:02 	0,0134 	0,0059 
B*35:03/70 	0,0351 	0,0038 
B*35:08 	0,0061 	0,0023 
B*37:01 	0,0106 	0,0012 
B*37:02 	0,0005 	0,0027 
B*37:03N 	0,0018 	0,0090 
B*38:01 	0,0219 	0,0029 
B*38:09 	0,0020 	0,0094 
B*39:01 	0,0098 	0,0040 
B*39:01L 	0,0004 	0,0012 
B*39:06 	0,0073 	0,0022 
B*39:24 	0,0009 	0,0012 
B*39:25N 	0,0004 	0,0012 
B*39:26 	0,0002 	0,0010 
B*39:27 	0,0009 	0,0030 
B*39:28 	0,0009 	0,0012 
B*40:01/55 	0,0387 	0,0045 
B*40:02/56 	0,0126 	0,0014 
B*40:06 	0,0013 	0,0028 
B*40:53 	0,0003 	0,0018 
B*41:01 	0,0053 	0,0059 
B*41:02 	0,0055 	0,0035 
B*41:07 	0,0006 	0,0022 
B*44:02/19N/27 	0,0599 	0,0026 
B*44:03 	0,0500 	0,0033 
B*44:04 	0,0004 	0,0026 
B*44:05 	0,0034 	0,0033 
B*44:14 	0,0008 	0,0027 
B*45:01/07 	0,0026 	0,0019 
B*45:03 	0,0017 	0,0027 
B*46:01 	0,0006 	0,0023 
B*46:02 	0,0001 	0,0007 
B*47:01 	0,0050 	0,0036 
B*48:01/09 	0,0005 	0,0015 
B*48:11 	0,0003 	0,0011 
B*49:01 	0,0180 	0,0037 
B*50:01 	0,0146 	0,0024 
B*50:02 	0,0018 	0,0023 
B*51:01/11N/30/32/48/51 	0,0792 	0,0087 
B*51:05 	0,0026 	0,0113 
B*51:07 	0,0021 	0,0082 
B*51:08 	0,0044 	0,0036 
B*52:01/07 	0,0194 	0,0045 
B*53:01 	0,0179 	0,0066 
B*53:10 	0,0021 	0,0056 
B*55:01 	0,0184 	0,0030 
B*55:03 	0,0028 	0,0081 
B*55:15 	0,0019 	0,0093 
B*56:01 	0,0073 	0,0021 
B*56:20 	0,0002 	0,0016 
B*57:01 	0,0459 	0,0028 
B*57:02 	0,0008 	0,0048 
B*57:03 	0,0021 	0,0031 
B*58:01/11 	0,0184 	0,0070 
B*58:02 	0,0005 	0,0029 
B*73:01 	0,0007 	0,0024 
C*01:02 	0,0383 	0,0015 
C*02:02 	0,0484 	0,0010 
C*03:02 	0,0042 	0,0037 
C*03:03/20N 	0,0498 	0,0025 
C*03:04 	0,0488 	0,0080 
C*03:05 	0,0012 	0,0046 
C*04:01/09N/28/30 	0,1331 	0,0021 
C*04:03 	0,0005 	0,0028 
C*05:01/03 	0,0822 	0,0016 
C*06:02 	0,0922 	0,0026 
C*07:01/06/18/52 	0,1387 	0,0014 
C*07:02/50 	0,1144 	0,0032 
C*07:04/11 	0,0178 	0,0016 
C*08:01 	0,0005 	0,0042 
C*08:02 	0,0279 	0,0030 
C*08:03 	0,0004 	0,0016 
C*12:02 	0,0109 	0,0029 
C*12:03 	0,0573 	0,0050 
C*14:02 	0,0210 	0,0054 
C*14:03 	0,0011 	0,0021 
C*15:02/13 	0,0426 	0,0030 
C*15:05 	0,0033 	0,0029 
C*15:06 	0,0018 	0,0035 
C*15:09 	0,0006 	0,0017 
C*16:01 	0,0363 	0,0021 
C*16:02 	0,0074 	0,0027 
C*16:04 	0,0025 	0,0020 
C*17 	0,0056 	0,0018 
DRB1*01:01 	0,0786 	0,0008 
DRB1*01:02 	0,0155 	0,0016 
DRB1*01:03 	0,0061 	0,0009 
DRB1*03 	0,0984 	0,0007 
DRB1*04 	0,1256 	0,0017 
DRB1*07 	0,1318 	0,0003 
DRB1*08 	0,0383 	0,0003 
DRB1*09:01 	0,0081 	0,0011 
DRB1*10:01 	0,0096 	0,0013 
DRB1*11:01 	0,0805 	0,0025 
DRB1*11:02 	0,0058 	0,0013 
DRB1*11:03 	0,0115 	0,0006 
DRB1*11:04 	0,0474 	0,0013 
DRB1*11:15 	0,0001 	0,0003 
DRB1*12 	0,0160 	0,0002 
DRB1*13:01 	0,0654 	0,0006 
DRB1*13:02 	0,0531 	0,0007 
DRB1*13:03 	0,0134 	0,0007 
DRB1*13:05 	0,0011 	0,0006 
DRB1*14:01/54 	0,0400 	0,0006 
DRB1*14:02 	0,0003 	0,0006 
DRB1*14:04 	0,0008 	0,0007 
DRB1*14:07 	0,0002 	0,0009 
DRB1*14:16 	0,0001 	0,0002 
DRB1*14:17 	0,0001 	0,0003 
DRB1*15:01 	0,1080 	0,0033 
DRB1*15:02 	0,0066 	0,0012 
DRB1*15:03 	0,0003 	0,0003 
DRB1*16 	0,0303 	0,0013 
DQB1*02:01 	0,1000 	0,0057 
DQB1*02:02 	0,0935 	0,0023 
DQB1*03:01/09/19/21 	0,2347 	0,0038 
DQB1*03:02 	0,0864 	0,0151 
DQB1*03:03 	0,0379 	0,0033 
DQB1*03:04 	0,0007 	0,0041 
DQB1*03:05 	0,0019 	0,0040 
DQB1*04:02 	0,0365 	0,0040 
DQB1*05:01 	0,0976 	0,0047 
DQB1*05:02 	0,0244 	0,0055 
DQB1*05:03 	0,0408 	0,0044 
DQB1*05:04 	0,0035 	0,0051 
DQB1*06:01 	0,0070 	0,0046 
DQB1*06:02 	0,1052 	0,0107 
DQB1*06:03 	0,0778 	0,0027 
DQB1*06:04/34 	0,0351 	0,0045 
DQB1*06:09 	0,0052 	0,0040 


MDS coordinates for R matrix: 
Aarau 	-0,3704 	0,4922	0,0024
Bern 	0,0339 	0,3304	0,0001
Basel 	-0,5052 	0,2640	0,0022
Geneve 	-0,9480 	-0,4105	-0,0044
Coira 	0,9480 	-0,1242	0,0002
Lugano 	-0,1147 	-1,0000	0,0034
Lausanne 	-0,2721 	0,1933	-0,0010
Luzern 	0,0220 	1,0000	-0,0013
St-Gallen 	-0,2238 	0,2939	0,0011
Sion 	0,8925 	0,1594	-0,0015
Zurich 	-0,3804 	0,1461	0,0000
Stress: 0,1397

MDS coordinates for Fst matrix: 
Aarau 	0,5044 	0,5071	0,4915
Bern 	0,5055 	0,4978	0,4979
Basel 	0,5100 	0,5096	0,4991
Geneve 	0,4987 	0,5033	0,5117
Coira 	0,4893 	0,4906	0,4938
Lugano 	0,4816 	0,5093	0,5015
Lausanne 	0,5051 	0,4936	0,5075
Luzern 	0,5047 	0,4974	0,4991
St-Gallen 	0,5026 	0,5045	0,4961
Sion 	0,4938 	0,4955	0,4988
Zurich 	0,5040 	0,5013	0,5008
Stress: 0,1403

MDS coordinates for D matrix: 
Aarau 	0,0087 	0,0142
Bern 	0,0110 	-0,0045
Basel 	0,0200 	0,0193
Geneve 	-0,0027 	0,0066
Coira 	-0,0214 	-0,0187
Lugano 	-0,0367 	0,0186
Lausanne 	0,0103 	-0,0129
Luzern 	0,0093 	-0,0052
St-Gallen 	0,0052 	0,0090
Sion 	-0,0124 	-0,0091
Zurich 	0,0080 	0,0026
Stress: 0,1386

Clines 
Allele 	 angle 	 r   	  df 	  p   
A*01:01/04N/22N 	326 	0,7569 	009 	0,0070
A*02 	029 	0,7024 	009 	0,0160
A*26:08 	301 	0,6547 	009 	0,0288
A*30:02 	213 	0,6221 	009 	0,0410
A*30:06 	192 	0,6092 	009 	0,0466
A*34 	246 	0,6566 	009 	0,0282
B*08:01/19N 	203 	0,7028 	009 	0,0159
B*13:02 	075 	0,6674 	009 	0,0248
B*15:01/102/104/140/146 	004 	0,6072 	009 	0,0476
B*15:03/B*15:103 	188 	0,6409 	009 	0,0336
B*35:08 	135 	0,7455 	009 	0,0084
B*37:01 	015 	0,6777 	009 	0,0219
B*37:02 	071 	0,6232 	009 	0,0405
B*39:24 	082 	0,7798 	009 	0,0046
B*39:26 	205 	0,6924 	009 	0,0182
B*39:28 	082 	0,7798 	009 	0,0046
B*41:07 	151 	0,6019 	009 	0,0501
B*45:01/07 	183 	0,8172 	009 	0,0021
B*45:03 	218 	0,6521 	009 	0,0297
B*51:01/11N/30/32/48/51 	151 	0,8443 	009 	0,0011
B*51:05 	161 	0,7482 	009 	0,0081
B*55:01 	015 	0,7789 	009 	0,0047
B*55:03 	221 	0,8808 	009 	0,0003
B*55:15 	212 	0,7185 	009 	0,0127
C*03:02 	001 	0,8368 	009 	0,0013
C*03:04 	345 	0,7721 	009 	0,0054
C*03:05 	175 	0,7395 	009 	0,0093
C*08:02 	178 	0,6514 	009 	0,0299
C*12:02 	344 	0,6914 	009 	0,0185
C*14:02 	122 	0,6924 	009 	0,0182
C*14:03 	279 	0,7647 	009 	0,0061
C*15:05 	287 	0,6717 	009 	0,0236
DRB1*01:01 	357 	0,7917 	009 	0,0037
DRB1*03 	190 	0,6958 	009 	0,0174
DRB1*04 	345 	0,6940 	009 	0,0178
DRB1*07 	360 	0,6653 	009 	0,0255
DRB1*08 	148 	0,6104 	009 	0,0461
DRB1*10:01 	176 	0,8067 	009 	0,0027
DRB1*11:01 	168 	0,9062 	009 	0,0001
DRB1*11:03 	161 	0,6813 	009 	0,0210
DRB1*15:01 	359 	0,6225 	009 	0,0408
DRB1*15:03 	144 	0,7222 	009 	0,0121
DRB1*16 	157 	0,7266 	009 	0,0113
DQB1*02:01 	179 	0,8007 	009 	0,0031
DQB1*03:01/09/19/21 	167 	0,8090 	009 	0,0026
DQB1*03:02 	331 	0,6839 	009 	0,0203
DQB1*05:02 	150 	0,6474 	009 	0,0313
DQB1*06:04/34 	351 	0,6453 	009 	0,0320
DQB1*06:09 	139 	0,6038 	009 	0,0492

Spatial autocorrelation 
Class 	Cases 	Moran' I	p
0-41 	3 	0,5614 	1,0000
41-83 	12 	0,0173 	1,0000
83-125 	9 	-0,1017 	1,0000
125-166 	14 	-0,3242 	1,0000
166-208 	11 	-0,2654 	1,0000
208-250 	4 	-0,0673 	1,0000
>250 	2 	-1,3064 	1,0000

Centroid method 
	Ri 	Obs Het	Exp Het
Aarau 	0,0030 	0,0495 	0,0496
Bern 	0,0014 	0,0501 	0,0496
Basel 	0,0030 	0,0498 	0,0496
Geneve 	0,0048 	0,0500 	0,0495
Coira 	0,0045 	0,0475 	0,0495
Lugano 	0,0047 	0,0494 	0,0495
Lausanne 	0,0037 	0,0498 	0,0495
Luzern 	0,0042 	0,0498 	0,0495
St-Gallen 	0,0022 	0,0497 	0,0496
Sion 	0,0044 	0,0493 	0,0495
Zurich 	0,0017 	0,0501 	0,0496

Isolation by distance 
y = 0,00330 * exp(-0,02056*x) 
Estimates = (a) 0,00330 (b) 0,02056
Errors =    (a) 0,00022 (b) 0,00264
T values =  (a) 20,11174 (b) 7,80036
p values =  (a) 0,00000 (b) 0,00000
Coefficient of Determination =         0,79154
Adusted Coefficient of Determination = 0,78828

