Diseño de una amplificación PCR
Pretendemos amplificar una inserción Alu (TPA25). Para ello, hemos obtenido de la bibliografía el protocolo de amplificación y la secuencia de los cebadores:
Cebador 1: GTAAGAGTTCCGTAACAGGACAGCT
Cebador 2: CCCCACCCTAGGAGAACTTCTCTTT
Sin embargo, por diferencias en los reactivos y la infraestructura, la reacción PCR tal y como ha sido publicada no funciona correctamente en nuestro laboratorio. Por ello, debemos ajustar las condiciones hasta obtener una amplificación nítida.
Descargue el programa Java y ejecútelo.
En los gráficos del programa observará la calidad del resultado de la reacción PCR. El objetivo es obtener un máximo de ADN específico y un mínimo de ADN no específico. En ambos casos, cuanto mejor sea el resultado, tenderán a completarse las figuras de color verde.
No deberían aparecer bandas (de color gris claro) al final del gel, con material sobrante. Tampoco deberían aparecer bandas (de color gris claro) con amplificaciones inespecíficas, en el centro del gel.
En todo caso, observe lo que ocurre cuando cambian los valores de las diferentes variables.
La solución puede obtenerse mediante tanteo, o introduciendo los valores que aparecen en el trabajo:
García-Obregón S, Alfonso-Sánchez MA, Pérez-Miranda AM, Vidales C, Arroyo D, Peña JA. (2006) Genetic position of Valencia (Spain) in the Mediterranean basin according to Alu insertions. Am J Hum Biol. 18(2):187-95.