El Departamento de Arquitectura oferta en la actualidad dos Títulos Propios.
Por un lado, el "Master en Construcción Sostenible y Eficiencia Energética", creado en 2006 por la Fundación Cristina Enea; Departamento de Arquitectura de la UPV/EHU; y la Dirección de Vivienda, Innovación y Control del Departamento de Vivienda y Asuntos Sociales del Gobierno Vasco. En su tercera edición pasó a convertirse en Máster con una duración de 2 años.

Por otro lado, el Departamento oferta el "Master de Arquitectura en Fachadas Ligeras". Es un Título Propio desarrollado por Profesores del Departamento de Arquitectura y por profesionales de TECNALIA y de la industria de la Fachada Ligera que centran su quehacer en el estudio de los conceptos esenciales de este conocimiento.