El continuo desarrollo tecnológico en la secuenciación de ADN, así como el notable descenso en los costes de producción de datos, ha permitido el auge de la secuenciación de genomas completos de diversos organismos en los últimos años.

En un trabajo reciente publicado ahora en ‘Frontiers in Genetics’, se ha ensamblado y anotado por primera vez el genoma completo del perro mapache (Nyctereutes procyonoides), pariente cercano del zorro (Vulpes vulpes). Se trata de una especie originaria de Asia oriental, pero introducida y asentada en Europa desde los años cuarenta del siglo XX debido a intereses peleteros. Aunque las poblaciones más meridionales detectadas hasta el momento se encuentran en Francia, los modelos de distribución de especies indican que el perro mapache podría colonizar la península ibérica en los próximos 20 años. Esa especie invasora tiene gran importancia desde un punto de vista de salud pública ya que es conocida por ser un reservorio y vector de numerosas enfermedades que pueden afectar al ser humano, entre ellas la Covid-19.

Para el ensamblado del genoma se han empleado secuencias largas de tercera generación (PacBio y Oxford Nanopore Technologies), así como las más novedosas técnicas bioinformáticas en la predicción y anotación de genes. Los principales retos de la investigación han sido la compleja estructura cromosómica del perro mapache, la cual se caracteriza por presentar telómeros y centrómeros inusualmente grandes, así como por la presencia de un número variable de cromosomas de tipo B. Todos esos elementos se caracterizan por ser regiones de ADN no codificantes y repetitivas, de gran dificultad en su secuenciación y posterior estudio.

El genoma obtenido en el estudio tiene un tamaño de 2.39 gigabases, donde se han identificado y anotado más de 27.000 genes. Además, un 39 % del genoma ensamblado está compuesto por regiones repetitivas, aunque esa cantidad podría estar infra estimada debido a las complejas regiones repetitivas anteriormente mencionadas. Por otro lado, aunque la divergencia entre el perro mapache y el lobo se estima en alrededor de 12 millones de años, se ha detectado una mayor sintonía de la esperada entre la estructura y composición de los genomas de ambas especies.

El doctor Luis Javier Chueca, investigador principal de este estudio, considera que “el genoma presentado en la publicación servirá de referencia para futuros estudios evolutivos, ecológicos, de asociación entre genes-enfermedades y arquitectura cromosómica en carnívoros”.

Información complementaria

El trabajo ha sido dirigido por el investigador postdoctoral del grupo Sistemática, Biogeografía, Ecología del comportamiento y Evolución de la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, Luis Javier Chueca, en colaboración con el Centro de Genómica Traslacional de la Biodiversidad (LOEWE-TBG) y la Universidad de Goethe, de Frankfurt am Main (Alemania).