Hileko artxiboak: July 2011

Orca

Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea

Informazio Orokorra

Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu.

Nola Erabili

Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

 Nola bidali Orca lanak

Benchmarkak

Orca (B3LYP optimizazioa)  kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

Cores Xeon Denbora Speed Up Eraginkortasuna
1 3438 100%
8 498 6.9 86%
16 316 10.90 62%
32 218 15.77 50%

Orca nola bidali

Lanak Bidaltzeko

send_orca agindua

send_orca aginduak Orca lanak  modu erraz batean bidaltzen ditut ilara sistemara.

Send_orca komandoa erabiltzea gomendatzen dugu. Komando honek TORQUE  scripta prestatu eta ilarara bidaliko du.  remote_molden/remote_vi (ikus behean)  tresnekin jarraitu ahal izango dira kalkukluaren gorabeherak.

Erabiltzeko modua honakoa da:

send_orca lana kola_edo_denbora num_node num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
  • lana: Orca sarrera fitxategia inp luzapena  gabe izena.
  • kola edo denbora:  ilara edo  kalkulu denbora formatuan ( mm: ss hh)  zehaztu daitezke.
  • num_node: Erabili nahi den nodo kopurua.
  • num_proc:  nodo bakoitzeko erabili nahi dituzun  prozesadoreak kopurua 8 edo 8 baino txikiagoa izateaz gain,  8-ren multiploa ere izan daiteke.
  • mem:  memoria en GB-etan.
  • [beste TORQUE aukerak]: TORQUE-ren aukra aurreratuak.

Adibideak

send_orca h2o p_slow 1 8
send_orca h2o p_slow 2 8 20
send_orca h2o 23:00:00 1 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Lanen Jarraipena

remote_vi  eta remote_molden tresnak erabili daitezke  *.out  fitxategia aztertzeko. Adibidez:

remote_vi 2341

remote_molden 2341

edo

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

non 2341(.arina)  ilarako  lanaren identifikatzailea den.