Egilearen artxiboa: admin

Zerbitzuak

Zerbitzuk bere hardware propioa du, komunitate zientifikoak erabiltzeko eskura dagoena. Baliabide hauek baliagarriak izan daitezkeen alor eta aplikazio posibleak hauek dira: Simulazioa. Material eta molekulen simulazioa maila atomikoan dinamika molekular atomikoarekin. Quantum montecarlo. Egitura elektronikoko metodoak orokorrean. Biopolimeroen modelizazioa (proteinak, … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Zerbitzuak | Comments Off on Zerbitzuak

PSI4

Informazio orokorra PSI4 is an open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. It is very easy to use and has an optional Python interface.   Nola erabili send_psi4 … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Software de Cálculo | Utzi iruzkina

R eta RStudio

Informazio Orokorra R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetics, Scientific Software, Software | Utzi iruzkina

SCIPION

Informazio orokorra Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy.Versión de Mayo de Github. Nola erabili SCIPION erabiltzeko exekutatu /software/bin/scipion Informazio gehiago SCIPION web orrialdea Download article as PDF

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

Qbox

Informazio Orokorra Bertsioa: 1.62.3 Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers. Nola Erabili Lanak bidaltzeko send_qbox tresna prestatu dugu honako erabilerarekin: … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

IDBA-UD

Informazio orokorra IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

SPAdes

Informazio orokorra SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika | Utzi iruzkina

MetAMOS

Informazio orokorra MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

QIIME

Information orokorra QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

R-3.2.0

Informazio Orokorra R is ‘GNU S’, a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Maths @eu | Utzi iruzkina

USEARCH

Informazio orokorra USEARCH is a unique sequence analysis tool that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros. Tiene la … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Trinity

Información general 2.1.1 release. Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied sequentially to process large volumes of RNA-seq … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

PHENIX

Informazio orokorra PHENIXen dev-2229 (1.10 baino altuagoa) bertsioa (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX X izpiak eta beste metodoak erabiliz egitura makromolekularrak lortzeko softwarea da. ekin erabiltzeko prest dago. Nola erabili Interfaz grafikoa Guinnessen exekutatzeko erabili: phenix & PHENIX … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Softwarea | Utzi iruzkina

ABySS

Informazio orokorra 1.3.2 ABySS bertsioa (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke. Begiratu ere instalatuta dagoen eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua. Nola erabili … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

Clean_reads

Informazio orokorra 0.2.2 bertsioa. clean_reads programak Sanger, 454, Illumina eta Solid NGS (next generation sequencing) datuak garbitzen ditu. Kendu ditzake Kalitate txarreko aldeak Adaptadoreak Vektoreak Espresio regularrak Kalitate eratainan eta luzeeran oinarritutako kalitate txarreko irakurketak eliminatu ditzazke ere. Paraleloan exekutatu … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Velvet

Informazio orokorra 1.2.03 bertsioa. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

BLAST

Informazio orokorra BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko. Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu. Base datuak Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

MCCCS Towhee 7.0.2

Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.   Informazio orokorra Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko  (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).   Nola erabili send_towhee Towhee ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Softwarea | Utzi iruzkina

Genepop

Informazio orokorra 4.1 bertsioa. Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations. Nola erabili Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

CLUMPP

Informazio orokorra 1.1.3 bertsioa. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as , so that they match up as … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Structure

Informazio orokorra 2.33 bertsioa The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Genetika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Gulp 4.0

Informazio Orokorra GULP programak  materialeen  era askotako simulazioak  egin dintzake 0-D  (molekula eta klusterrak), 1-D (polimeroak), 2-D (azalerak, lauza, …) da , edo 3-D (solidoa peridikoak).  Kodearen helburua soluzio analitiko bat lorztea da da, “sare dinamika” (ahal denean) erabiltzen  dinamika molekularraren ordez. Indarr-eremu anitzak erabili ditzake. Erabili aurretik mesedez begira bere erabilera baldintzak. Guinness:/Softwarea/Gulp katalogoan instalatuta dago. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

LAMMPS

LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”)  Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek  MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode  irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa. Informazio orokorra LAMMPS  dinamika molekular klasikoak egiteko  kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Biokimika, Softwarea | Utzi iruzkina

Arina klusterra

Informazio orokorra Kalkuluarko baliabideen laburpena Arinak 3.728 kalkulu kore ditu 3.664 Xeon eta 64 Itanium2 koretan banatuta, nodo bakoitzak 16 eta 512 GB bitarteko  memoria duelarik. 4 Xeon nodoek bina Nvidia Tesla txartel dituzte, beste nodo batek bi Nvidia Kepler 20, eta badago … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Arina @eu, Baliabide Konputazionalak | Utzi iruzkina

XCrySDen

Informazio orokorra XcrysSDen egitura kristalinoak eta molekularrak ikusteko programa da. Gainazal,  kontornoak eta egitura atomikoak marrazten ditu. Interaktiboki aldatu daitezke. Nola erabili XCrySDen erabiltzeko exekutatu: xcrysden Aplikazio grafikoak ireki ahal izateko (). Informazio gehiago XCrySDen web orrialdea. Download article as … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu, Visualization @eu | Utzi iruzkina

GRETL

Informazio orokorra Gretl (Gnu Regression, Econometrics and Time-series Library) ekonometriako programa bat da. 1.9.6. bertsioa dago eskuragarri Ezaugarriak Incluye una gran variedad de estimadores: mínimos cuadrados, máxima verosimilitud, GMM; de una sola ecuación y de sistemas de ecuaciones Métodos de … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

HMPP

Informazio orokorra Direktibetan oinarritutako GPGPUentzako konpilatzailearen 2.5.2 bertsioa. Fortran eta C lengoaiak konpilatzen ditu Nvida CUDA eta OpenCLrako. Nola exekutatu Konpiladorea exekutatzeko erabili hmpp adibidez test.c programa gcc konpiladorearikin konpilatzeko hmpp gcc test.c -o test Informazio gehiago hmpp web orrialdea … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak) | Utzi iruzkina

Gaussview

5.0.9 bertsioa. lanak prestatzeko eta aztertzeko interfaz grafikoa da. Erabili ahal izateko exekutatu: gv NX programaren bitartez Guinnessen erabiltzea gomendatzen dizuegu. NX zuzen konfiguratzeko jarraitu pausoz pauzo guida hau. Download article as PDF

Kategoriak Softwarea, Visualization @eu | Comments Off on Gaussview

CPLEX

Informazio orokorra BM ILOG CPLEX Optimizer’s mathematical optimization technology enables smarter decision-making for efficient resource utilization. CPLEX provides robust algorithms for demanding problems: IBM ILOG CPLEX Optimizer has solved problems with millions of constraints and variables. 12.6.3 bertsioa instalatuta dago. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Maths @eu | Utzi iruzkina

send_espresso

send_espresso Lanak kolara bidaltzeko send_espresso tresta egin dugu. Argumenturik gabe exekutatzen badugu laguntza erakusten digu: send_espresso input.in Executable Nodes Procs_per_node Time [Mem] [“Other queue options” ] input Kalkuluaren  inputaren izena (extensiorik gabe) Executable Erabiltzea nahi den espressoren exekutagarria:pw.x, ph.x,… Nodes … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Comments Off on send_espresso

Turbomole

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea | Utzi iruzkina

Orca

Informazio Orokorra Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da. Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu. Nola Erabili Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko. … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea | Utzi iruzkina

Orca nola bidali

send_orca agindua send_orca aginduak Orca lanak  modu erraz batean bidaltzen ditut ilara sistemara. Send_orca komandoa erabiltzea gomendatzen dugu. Komando honek TORQUE  scripta prestatu eta ilarara bidaliko du.  remote_molden/remote_vi (ikus behean)  tresnekin jarraitu ahal izango dira kalkukluaren gorabeherak. Erabiltzeko modua honakoa da: send_orca lana … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Comments Off on Orca nola bidali

Nola bidali Terachem

Sarrera Torque script bat eraiki dezakezu kolara bidaltzeko edo send_terachem komandoa erabili send_terachem lanak bidaltzeko send_terachem agindua sortu dugu. send_terachem JOBNAME TIME MEM [“Other queue options”] non JOBNAME: terachemren sarrera datuen fitxategia. TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan MEM: memoria Gb-etan … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

Terachem

Informazio orokorra TeraChem 1.45 is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include: Full support for both NVIDIA Tesla and Fermi GPUs Restricted Hartree-Fock and … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

GSL

Liburutegi matematikoen 1.16 bertsioa. Hauek sortzen dituzte: ausazko zenbakiak, funtzio bereziak, fft, algebra lineala… guztira 1.000 funtzio baino gehiago. Nola linkatzen diren jakiteko exekutatu gsl-config Informazio gehiago  GSL homepage. Download article as PDF

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

Portland (PGI)

Informazio orokorra Portland Groupeko konpiladoreak eta garapen tresnen 10.9 bertsioa. Galdetu teknikariei erabilerari buruzko informazioa beharrez gero. GPU-ak PGI konpiladoreen teknologiak Fortran eta C-n egindako programak erraz konpilatzea ahalbidetzen du GPUtan exekutatzeko. Beste ezaugarriak Includes The Portland Group’s native parallelizing/optimizing … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

CUDA

Informazio orokorra GPUrentzako garapen tresnak: konpiladorea, liburutegi matematikoak, debbugerrak, etab. Nvidia GPUrentzako programak idazteko. Bere erabilierari buruzko informazio gehiago eskuratzeko idatzi teknikariei mesedez. Informazio gehiago Nvidia web orrialdea programatzaileentzako. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Garapen softwarea

Programak eta instalatutako bertsio desberdinak. Konpiladoreak Xeon Itanium Opteron Pendulo GNU 10.9 10.9 3.2 Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak) | Utzi iruzkina

VMD

Informazio orokorra VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Uncategorized @eu | Utzi iruzkina

Maestro

Informazio orokorra Maestro is the unified interface for all Schrödinger software. Impressive rendering capabilities, a powerful selection of analysis tools, and an easy-to-use design combine to make Maestro a versatile modeling environment for all researchers. In Guinness eta Péndulo zerbitzariak … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea, Visualization @eu | Utzi iruzkina

Zerbitzua Gehien Aipatzen duten Ikertzaileak

Download article as PDF

Kategoriak Publikazioak | Utzi iruzkina

Publikazioak

Download article as PDF

Kategoriak Publikazioak | Comments Off on Publikazioak

Ikerketa Arlo Nagusiak

http://labs.researcherid.com/mashlets/rid/mashletsServer.jsp?rid=F-3072-2010&mid=CitationDistribution&cat=Categories Download article as PDF

Kategoriak Publikazioak | Utzi iruzkina

TORQUE/MAUI Ilara-sistema

Zerbitzarian test txikiak konpilatu eta egin daitezke: ordu bete baino gehiagoko lanak automatikoki ezabatzen dira. Kalkulu handiagoak egiteko ilara-sistemaren bidez bidali behar dira. Download article as PDF

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Comments Off on TORQUE/MAUI Ilara-sistema

Ohizko qsub komando

Programak ilaretara bidaltzeko agindu hau erabiltzen da qsub: qsub script_file Download article as PDF

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

qsub interaktiboa

Modu interaktiboa: Ez bada inongo fitxeroa zehazten eta qsub soilik exekutatzen bada Download article as PDF

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

Sarbidea

Nola lortu kontu bat Klusterrak EHUko ikertzaile guztien eskura daude; konektatzeko  behar dute, enpresak eta beste erakundeak jarri arremanetan teknikariekin. Dena den, kalkulu-nodoak erabiltzeko ere kalkulu-denbora  da;  denbora hori fakturatu egiten da. Baliabideak eskaerak ebaluatu ondoren esleituko dira. EHUko ikertzaileei fakturatuko zaien … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Baliabide Konputazionalak, Zerbitzurako Sarbidea | Utzi iruzkina

Pendulora eta Arinara bidaltzeko

Arina eta Péndulo TORQUE/MAUI ilara sistema banatutak dite. Konektatuta zauden serbitzariko ilara sistemara bidaltzen da lana defektuz. Lanak bidaltzeko komandoa da: Download article as PDF

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

Beste TORQUE Agindu Interesgarriak

Informazio eta agindu gehiago nahi badituzu, jo ezazu TORQUE eta MAUI eskuliburuetara. Torqueren online eskuliburua. Mauiren online eskuliburua TORQUEk posta-helbide jakin batera mezua bidal diezagun agindu dezakegu, jakiteko lana noiz hazten den ibiltzen (b); lana bukatutakoan ere (e) mezua bidal diezaguke ; … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

AMBER

Informazio orokorra AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) programaren 14. bertsioa eta AMBER-tools15. Potentzial enpirikoak erabiltzen dituen programa da eta dimanika molekularra eta energi minimizazioak egiten ditu. Sistema biologikoetarako erabiltzen da bereziki. Nola erabili Seriean eta paraleloan konpilatuta dago eta direktorio honetan topatu … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Eskura kagoen kalkulu softwarea

  Quantum Mechanics Kola etiketak  Katramila xeon,rh7,xeon20  Guinness xeon,oxeon Kalk2017 xeon,rh7,xeon28 2017.110 2017.110 2017.110 6.3   Biochemistry / Molecular Mechanics  Katramila (xeon,rh7,xeon20)  Guinness (xeon,oxeon) Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) Matematika eta Grafikoak Katramila (xeon,rh7,xeon20) Guinness (xeon,oxeon) Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) 3.3.3 3.3.2 3.3.3 Genetika Katramila … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Softwarea | Comments Off on Eskura kagoen kalkulu softwarea

Gaussian nola bidali

send_gauss agindua G09 lanak bidaltzeko agindu hau erabiltzea gomendatzen dugu. Honek, gaussianeko *.com-ean prozesagauilu kopurua eta memoria egokitzeaz gain, torqueren kolako sarrera fitxategia ere prestatuko du. Lana, exekuzio nodoetan egingo da eta emaitza bertan gorde. Lana jarraitu ahal izateko remote_vi … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

SIESTA

Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Siesta nola bidali

Nola bidali Siesta Koletara bidaltzeko hiru era daude: send_siesta komandoa erabiliz. qsub interaktiboan erabiliz. Qsub-entzako script arrunt bat sortuz. send_siesta send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu: send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko | Comments Off on Siesta nola bidali

Macromodel Nola Bidali

Sarrera fitxategiak prestatu eta gero, kalkulua ilara sistemara bidaltzeko moduak honakoak dira: send_mmodel: send_mmodel JOBNAME JOBNAME input-aren izena delarik. interaktibo-a erabiliz. Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri. Download article as PDF

Kategoriak Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

Gaussian 03 eta 09

Gaussian kimika konputazionaleko pakete bat da. Hainbat metodo ditu sistema molekular eta periodikoen propietateak kalkulatzeko; uhin-funtzioetarako edo dentsitate elektronikorako deskripzio mekaniko-kuantiko estandarrak erabiltzen ditu. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Comments Off on Gaussian 03 eta 09

Euskarri Estrategikoa

Konputazio zientifikoaren alorrean garapen aipagarrienen jarraipena, Zerbitzua hobetzeko asmoarekin. Zerbitzu berarentzako edo eskatzen duen erakundeko ikertzaile edo ikertzaile taldeentzako Kalkulu zientifikorako ekipamendu berri bat eskuratzeari buruzko aholkularitza. Ikerketa taldeek erabiltzeko softwarea eskuratzeko kudeaketa. EHUn dagoen softwarearen arrazionalizazioa. Kalkulu zientifikoko ekipamendua … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Zerbitzuak | Comments Off on Euskarri Estrategikoa

Baliabideen administrazioa

Zerbitzuari esleitu zaizkion lanak, Lukuaren mantentze lanarekin eta funtzionamendu egokiarekin erlazia dutenak, hauek dira: Download article as PDF

Kategoriak Zerbitzuak | Comments Off on Baliabideen administrazioa

VASP

Informazio orokorra Vienna Ab-initio of Simulation Package DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta. Lizentzia izatea beharrezkoa da. Nola … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

NWchem

Informazio orokorra 5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau. Informazio gehiago NWchem home page. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Comments Off on NWchem

Zerbitzuaren bitartez lortutako Argitalpenak

Zerbitzuaren bitartez lortutako Argitalpenak ikusi edo bidali ditzazkezu etal honetan, Download article as PDF

Kategoriak Publikazio, Txosten eta Estatistikak | Utzi iruzkina

Estatistikak

Arina eta Penduloren erabilerari buruzko hilabeteroko estatistikak. Download article as PDF

Kategoriak Publikazio, Txosten eta Estatistikak | Comments Off on Estatistikak

Aurkezpenak

Arkitektura Paraleloak ikasgaiko ikasleei egindako zerbitzuaren aurkezpena (2010-12-17). Download article as PDF

Kategoriak Publikazio, Txosten eta Estatistikak | Utzi iruzkina

Zerbitzura sartzeko politika

Sarbidea Informatika Zerbitzu Nagusia (Kalkulu Zientifikoa) (IZN) EHUko Ikerkuntzarako Zerbitzu Orokorren (SGIker) parte da; beraz, haien protokoloak eta araudiak betetzen ditu. Ikertzaileek baliabide konputazionaletarako; bestela, teknikariengana ere jo dezakete, laguntza eskatzera. Institutu publikoetarako eta enpresetarako sarrera eskatzeko  jarri behar dute harremanetan. Informazio … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Baliabide Konputazionalen Kudeaketa | Utzi iruzkina

Kalkulu denbora eskaera

Kalkulatu ahal izateko, kalkulu-denbora eskatu behar da Arinan. Kalkulatzeko denbora eska dezakete, batetik, EHUk kontratatutako irakasle eta ikertzaileek; eta bestetik, kanpoko agenteek (erakunde publiko edo pribatuak, enpresak…). EHUko ikertzaileek formularioa bete behar dute: indarrean dagoen deialdian beharko duten denbora eskatu behar … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Baliabide Konputazionalen Kudeaketa | Utzi iruzkina

Kontuak eskatzea

EHUko ikertzaile guztiek erabil ditzakete baliabide konputazionalak. EHUk kontratatuta ez dauden pertsonek EHUko kideren baten bermea behar dute. Enpresa edo institutu publikoetako kanpo-erabiltzaileek  jarri behar dute harremanetan. Download article as PDF

Kategoriak Baliabide Konputazionalen Kudeaketa | Utzi iruzkina

MKL Intelen matematika-liburutegiak

Informazio orokorra Liburutegi horiek osagai hauek dituzte: LAPACK eta BLAS liburutegiak, Fourier-en transformatuak, PARDISO (ekuazio linealen sistema handiak ebazten ditu), funtzio matematikoak (Vector Math Library-VML) eta funtzio estatistikoak (Vector Statistical Library-VSL). Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.   Nola … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak) | Utzi iruzkina

Intel Konpilatzaileak

Informazio orokorra Itanium2 nodoetan bereziki, konpilatzaile hauek erabiltzea goemndatzen dugu. GNU konpilatzailean baino eraginkorragoak baitira. Zerbitzuko zerbitzaritan konpilatzeko txosten bat (pdf) prestatu dugu. Oso gomendagarria da irakurtzea. Bertan, zerbitzuko makina guztietarako programak nola konpilatu eta erabili azltzen dugu ere. Zalantzak … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak) | Utzi iruzkina

MPI Liburutegiak

Informazio orokorra MPI liburutuegiak kalkulu paraleloak banatuak egiterakoan gehien erabilzten diren liburutegiak dira. MPI inplementazio mota desberdinak daude. Zerbitzuan hainbat ditugu instalatuta: HP-MPI, Bull-MPI,… Azkeneko bertsioak IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 eta mvapich2 1.5 dira. erraz ikusi … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak) | Utzi iruzkina

Txostenak

Arina modu eragimkorrean erabiltzeko hainbat txosten bildu ditugu. Download article as PDF

Kategoriak Publikazio, Txosten eta Estatistikak | Utzi iruzkina

NX Zerbitzaria

Informazio orokorra NX terminal edo remotoko konexio grafiko bat egiteko tresna da. Gure PC-tik aplikazio grafikoak modu eraginkorrean erabilzteko oso gomendagarria da, esate baterako, Maestro, ADFView, starccm+, gaussview ea,. bezalako programa grafikoak. Konexioa Arinarekin egiterako garaian, Guinness, Pendulo edo Maiz … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Zerbitzuko baliabideak edozein  enpresa edo unibertsitatetik kanpo dagoen edozein erakundearentzat eskuragarri daude. Informazio gehiago beharrez gero . Download article as PDF

Kategoriak Enpresak | Utzi iruzkina

Empresentzako tarifak

CPU tarifa Konputazio baliabideak erabiltzeko tarifa 0.016 €/ordu bakoitzeko eta kore bakoitzeko da (B.E.Z. gabe). Laguntza teknikoa barne dago lan eta arazo txikientzako. Ez dago barne datuentzako diskoa ezta teknikarien zerbitzu espezializatuak, hauentzako aurrekontua eskatu beharko da. Disko tarifa Hurrengo … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Enpresak, Tarifak | Utzi iruzkina

Qsite

Schrodinger programa bat da  QM/MM kalkuluak egiten dituena. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

NBO 5

NBO5 Natural Bond Orbital programa. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Macromodel

Schrodinger-en Mekanika Molekularra erabiliz hainbat kalkuku mota egiten dituen programa da. Informazio Orokorra 2011-ko otsaileraino izango da erabilgarria. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. 18 schrodinger token daude, macromodelek 2 behar ditu kalkulatzeko. Token-en egoera ikusteko checklicenses tresna erabili dezakezue … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

JAGUAR

Jaguar Schrodinger-ek sortutako QM kalkuluak egiten dituen programa da. Arinan, 8 prozesu eduki ditzakegu batera kalkulatzen, bakoitza, nahi adina prozesagailutan. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. Download article as PDF

Kategoriak Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina

Nola bidali Jaguar

send_jaguar komandoa Jaguar lanak bidaltzeko send_jaguar agindua sortu dugu. send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [“Other queue options”] non JOBNAME: Jaguarren sarrera datuen fitxategia. NODES: Nodo kopurua. PROCS: Prozesagailu kopurua. TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan MEM: memoria Gb-etan eta unitatea … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko | Utzi iruzkina

DL_POLY

Informazio orokorra Daresbury Laborategian garatutako dinamika molekularreko programaren 4.02 bertsioa makromolekula, polimero, sistema ioniko, disoluzio eta beste sistema molekularentzako. Programa arkitektura guztietan instalatu egin da, Arinan eta Pédulon (2.2 bertsioa). Nola erabili Programa exekutatzeko idatzi skriptetan: /software/bin/DL_POLY/DL_POLY.Z GPGPU nodoetan sartzen … Jarraitu irakurtzen

Kategoriak Biokimika, Kalkulu Softwarea | Utzi iruzkina