admin-(r)en bidalketa guztiak

Zerbitzuak

Zerbitzuak

Zerbitzuk bere hardware propioa du, komunitate zientifikoak erabiltzeko eskura dagoena. Baliabide hauek baliagarriak izan daitezkeen alor eta aplikazio posibleak hauek dira:

  • Simulazioa.
    • Material eta molekulen simulazioa maila atomikoan dinamika molekular atomikoarekin.
    • Quantum montecarlo.
    • Egitura elektronikoko metodoak orokorrean.
    • Biopolimeroen modelizazioa (proteinak, DNA …) egitura mailan nahiz dinamika molekularrean.
    • Materialen simulazioa maila makroskopikoan, bero-difusioa, esfortzuari erresistentzia,…
    • Meteorologiako eta fluidoen simulazioak.
  • Bioinformatika aplikazioak.
  • Irudiak errendatu.
  • Datu-baseen tratamendua.
  • Beren ezaugarriak direla eta, potentzia handiagoko ordenagailu bat gomendatu edo eskatzen dituzten kalkuluak. Edo, behar hori gabe, zerbitzarietan egotea egokia denean.
  • Burtsa merkatu, enpresen kudeaketa eta abarren simulazioak
  • Kalkulu paraleloa.
  • …

Teknikariek ondoko mailetan eskaintzen dute laguntza:

PSI4

Software de Cálculo

Informazio orokorra

PSI4 is an open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. It is very easy to use and has an optional Python interface.

 

Nola erabili

send_psi4

  • PSI4 ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
  • send_psi4 OBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Is the name of the input with extension.
NODES: Number of nodes.
PROCS: Number of processors.
TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
See examples below. More information about this options

Adibideak

  • Job1 lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
send_psi4 job1.in 1 4 04:00:00
  • Lana 2 nodo eta 8 prozesagailutara eskatutako denbora 192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu, 8 GB, eta lana ez da 1234. lana amaitu aurretik martxan jarriko.
send_psi4 job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
send_psi4 job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

 

Informazio gehiago

PSI4 web page.

R eta RStudio

Genetics, Scientific Software, Software

Informazio Orokorra

R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult the R project homepage for further information.

RStudio and RCommander are a graphical front ends for R.

Instalatutako paketeak

abind, ape, biomformat, cummeRbund, DCGL, DESeq2, DEXSeq, e1071, edgeR, FactoMineR, GEOquery, lavaan, metagenomeSeq, mnormt, optparse, psych, randomForest, Rcmdr, RColorBrewer, ReactomePA, RUVSeq, vegan, WGCNA, xlsx..

Besterenbat behar izanez gero, ezka iezaguzu.

Nola erabili

R exekutatzeko kola sistemaren scriptetan erabili:

/software/bin/R  CMD  BATCH R-input-file.R

eta RStudio erabiltzeko X2Go bitartez egin behar da lehioak ireki ahal izateko, Katramilara edo Txinpartara konektatuz eta exekutatuz:

rstudio

eta RCommander erabiltzeko X2Go bitartez egin behar da lehioak ireki ahal izateko, Katramilara edo Txinpartara konektatuz eta exekutatu R. Gero R-n kargatu:

library(Rcmdr)

Informazio Gehiago

R web orrialdea.

rstudio web orrialdeal.

SCIPION

Uncategorized @eu

Informazio orokorra

Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy.Versión de Mayo de Github.

Nola erabili

SCIPION erabiltzeko exekutatu

/software/bin/scipion

Informazio gehiago

SCIPION web orrialdea

Qbox

Uncategorized @eu

Informazio Orokorra

Bertsioa: 1.62.3

Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers.

Nola Erabili

Lanak bidaltzeko send_qbox tresna prestatu dugu honako erabilerarekin:

send_qbox JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME

send_box [Enter] egikarituta erabilgarri dauden beste hainbat aukera erakutsiko dira. Programa /software/qbox katalogoan dago kokatuta.

Informazio Gehiago

Qbox Web orrialdea.

IDBA-UD

Genetika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. In each iteration, short and low-depth contigs are removed iteratively with cutoff threshold from low to high to reduce the errors in low-depth and high-depth regions. Paired-end reads are aligned to contigs and assembled locally to generate some missing k-mers in low-depth regions. With these technologies, IDBA-UD can iterate k value of de Bruijn graph to a very large value with less gaps and less branches to form long contigs in both low-depth and high-depth regions.

Nola erabili

Lanak koletara bidaltzeko ondorengo komandoa erabili daiteke

send_idba-ud

eta galdera batzuk erantzun eta gero bidaliko du lana.

Erendimendua

IDBA-UD ondo eskalatzen du 8 koreetaraino. Hortik gora ez dugu inongo hobenkuntzarik nabaritu. Benchmark --mimk 40 --step 20 aukerekin egin da eta step murriztu dugunean okerrago paralelizatzen du. Bigarren taulan ere step 10-ekin errendimendua ez da ona 4 koretik gora.

kore 1 oinarri bezala 2 kore oinarri bezala
Koreak Denbora (s) Azelerazioa Errendimendua (%) Azelerazioa Errendimendua
1 480 1 100
2 296 1.6 81 1.0 100
4 188 2.6 64 1.6 79
8 84 5.7 71 3.5 88
12 92 5.2 43 3.2 54

Bigarren benchmarka fitxategin handiago batekin egin dugu, 10 milio basetakoa eta --mink 20 --step 10 --min_support 2 aukerekin. Ikusten dugu konportamendu erregularragoa eta nola 4 koreetatik gora ez duen ondo eskalatzen.

Koreak Denbora (s) Azelerazioa errendimendua (%)
1 13050 1 100
2 6675 2.0 98
4 3849 3.4 85
8 3113 4.2 52
16 2337 5.6 35
20 2409 5.4 27

Informazio gehigo

IDBA-UD web orrialdea.

SPAdes

Genetika

Informazio orokorra

SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads. Supports paired-end reads, mate-pairs and unpaired reads. SPAdes can take as input several paired-end and mate-pair libraries simultaneously. Note, that SPAdes was initially designed for small genomes. It was tested on single-cell and standard bacterial and fungal data sets.

Nola erabili

Kalkuluak bidaltzeko koletara

send_spades

komandoa erabili daiteke, honek galdera batzuk erantzutez kalkulua konfiguratuko du.

Errendimendua

Ez da neurtu inongo hobekuntzarik hainbat koreak erabiliz kalkulu normal batean, mota henetakoa:

spades.py -pe1-1 file1 -pe1-2 file2 -o outdir

Kore bakarra erabiltzea gomendatzen dugu, errendimendu hobea lortuko dela jakin ezik kore gehiago erabiliz gero.

Informazio gehiago

SPAdes web orrialdea.

MetAMOS

Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu

Informazio orokorra

MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, genomic scaffolds, open-reading frames, variant motifs, taxonomic or functional annotations, Krona charts and HTML report. 1.5rc3 version.

Nola erabili

Koletara lanak bidaltzeko

send_metamos

komandoa erabili daiteke eta egiten dituen galderak erantzuten. Kontutan hartu MetAMOS memoria asko behar duela, gutxi gorabehera RAM GB bat milioi read bakoitzeko.

Informazio gehiago

MetAMOS web orrialdea.

QIIME

Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu

Information orokorra

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through publication quality graphics and statistics. This includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, and phylogenetic reconstruction, and diversity analyses and visualizations. QIIME has been applied to studies based on billions of sequences from tens of thousands of samples

Nola erabili

QIIME lanak bidaltzeko exekutatu

send_qiime

eta erantzun galdereí.

USEARCH

QIIME [intlink id=”7744″ type=”post”]USEARCH[/intlink] paketea erabili dezake.

Informazio gehiago

QIIME home page.

[intlink id=”7700″ type=”post”]USEARCH[/intlink].

 

 

R-3.2.0

Maths @eu

Informazio Orokorra

R is ‘GNU S’, a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult the R project homepage for further information.

Instalatutako paketeak

lavaan, mnormt, psych, Rcmdr, abind, e1071, xlsx,biocLite(),FactoMineR

Besterenbat behar izanez gero, ezka iezaguzu.

Nola Erabili

R-3.2 exekutatzeko erabili:

/software/R-3.2.0/bin/R CMD BATCH input.R

Informazio Gehiago

http://cran.r-project.org/

USEARCH

Genetika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

USEARCH is a unique sequence analysis tool that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros. Tiene la limitación de 4 GB de RAM como máximo.

Cómo usar

USEARCH erabiltzeko erabili ondorengo komandoa

/software/bin/usearch

adibidez

usearch -cluster_otus data.fa -otus otus.fa -uparseout out.up -relabel OTU_ -sizein -sizeout

Momentuz USEARCH xeon20 etiketa duten nodoetan dago eskuragarri

QIIME

USEARCH [intlink id=”7758″ type=”post”]QIIME[/intlink]-pean erabili daiteke

Informazio gehiago

USEARCH home page.

[intlink id=”7686″ type=”post”]QIIME[/intlink].

Trinity

Genetika, Kalkulu Softwarea

Información general

2.1.1 release. Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied sequentially to process large volumes of RNA-seq reads. Trinity partitions the sequence data into many individual de Bruijn graphs, each representing the transcriptional complexity at at a given gene or locus, and then processes each graph independently to extract full-length splicing isoforms and to tease apart transcripts derived from paralogous genes. Briefly, the process works like so:

  • Inchworm assembles the RNA-seq data into the unique sequences of transcripts, often generating full-length transcripts for a dominant isoform, but then reports just the unique portions of alternatively spliced transcripts.
  • Chrysalis clusters the Inchworm contigs into clusters and constructs complete de Bruijn graphs for each cluster. Each cluster represents the full transcriptonal complexity for a given gene (or sets of genes that share sequences in common). Chrysalis then partitions the full read set among these disjoint graphs.
  • Butterfly then processes the individual graphs in parallel, tracing the paths that reads and pairs of reads take within the graph, ultimately reporting full-length transcripts for alternatively spliced isoforms, and teasing apart transcripts that corresponds to paralogous genes.

Nola erabili

send_trinity

komandoa erabili daiteke lanak koletara bidaltzeko. Galdera batzuk erantzun eta gero koletara bidali behar den scripta sortu eta bidaliko du. Erabiltzaile  aurreratuentzak erabili daiteke ere adibide scrtip bat sortzeko.

Errendimendua

Trinity paraleloan exekutatu daiteke baina errendimendu txarrarekin 4 koretik gora, nahiz eta kore kopurua asko igo kalkulu denbora ez da asko jaisten. Trinimyk RAM asko erabiltzen du.

Trinityren errendimendua
Koreak  1 4 8 12
Denbora 5189 2116 1754 1852
Azelerazioa 1 2.45 2.96 2.80
Eraginkortasuna (%)  100 61 37 23

 

Informazio gehiago

Página web de Trinity.

PHENIX

Softwarea

Informazio orokorra

PHENIXen dev-2229 (1.10 baino altuagoa) bertsioa (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX X izpiak eta beste metodoak erabiliz egitura makromolekularrak lortzeko softwarea da. [intlink id=”1975″ type=”post”]AMBER[/intlink]ekin erabiltzeko prest dago.

Nola erabili

Interfaz grafikoa Guinnessen exekutatzeko erabili:

phenix &

PHENIX kola sisteman exekutatzeko lehengo source aginduarekin PHENIXen ingurunea kargatu behar da. Adibidez exekutatu:

phenix.xtriage my_data.sca [options]

Informazio gehiago

PHENIX web orrialdea.
Documentazio web orrialdea.
Documentazioa pdf-n.

ABySS

Genetika, Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu

Informazio orokorra

1.3.2 ABySS bertsioa (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke.

Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6059″ type=”post”]velvet[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Nola erabili

Exekutableak /software/abyss/bin karpetan daude. Kolako skriptetean exekutatzeko gehitu adibidez:

/software/abyss/bin/abyss-pe [abyss-pe opzioak]

Errendimendua

Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6059″ type=”post”]velvet[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Paralelizazioa

Abysseko benchmark batzuk egin dira. Benchmarkak HeSeq2000 NGS Illumina batek emandako datuegin egin dira 100 bp sekuentzia bakoitzeko. 1. taulan ikus dezakegu nola ABySSek eskalatzen duen kore kopuruaren arabera, ikus daitekeen bezala ondo paralelizatzen du 8 kore arte.

Taula 1. abyss-pe programaren exekuxio denbora segundutan kore kopuruaren arabera.
Koreak 2 4 8 12 24
Denbora (s) 47798 27852 16874 14591 18633
Azelerazioa 1 1.7 2.8 3.3 2.6
Errendimendua (%) 100 86 71 55 21

Exekuzio denbora

Exekuxio denbora era neurtu dugu datu tamainaren funtzioan. 2. taulan erakusten da nola milioi bat sekuentziatik 10 milioietara pasatzean denbora ere 10 aldiz handiagoa dela. 10 milioitin 100 milioi sekuentzietara pasatzean denbora 10 eta 20 artean handitzen da. Beraz, exekuzio denboraren konportamendua gutxi gorabehera lineala da.

Taula 2. abyss-pe programaren exekuzio denbora segundutan sekuentzia kopuruaren arabera en 2, 4 y 8 koreentzako.
Sekuentziak 10e6 10e7 10e8
Denbora 2 koretan (s) 247 2620 47798
Denbora 4 koretan (s) 134 1437 27852
Denbora 8 koretan (s) 103 923 1687

RAM memoria

Programa hauetan exekuzio denbora baino garrantzitzua RAM memoria da, oso handia izan baitaiteke. 3. taulan ikusten dugu nola RAM memoria handitzen den sekuentzia kopuruaren funtzioan. Neurtutako balioen logaritmoak ere erakusten ditugu hauek erabili baititugu erregresio lineala egiteko. Kalkuluan 12 koretan egin dira.

Taula 3. abyss-pe programak erabilitako RAM memoria sekuentzia kopuruaren funtzioan. Balioen logaritmoak ere erakusten dira.
Sekuentziak 10e6 5*10e6 10e7 5*10e7 10e8
RAM (GB) 4.0 7.6 11 29 44
log(sekuentziak) 6 6.7 7 7.7 8
log(RAM) 0.60 0.88 1.03 1.46 1.65

Neurtutako balioak ondoko ekuaziora doitu ditugu non (s) sekuentzia kopurua da eta memoria GBetan ematen da:

log(RAM)=0.53*log(s)-2.65

edo beste era batean

RAM=(s^0.53)/447

Ondorioak

RAM erabilera txikiagoa da beste ensanbladorekin alderatuta.  [intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] adibidez (ikus ere Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua. Gainera, ABySS MPI erabiltzen du paralelizazioa lortzeko eta honi esker hainbat nodoen RAM memoria gehitu dezakegu kalkulu handiagoak egin ahal izateko.

Informazio gehiago

ABySSeko web orrialdea.
[intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] ensambladorea.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena.

Clean_reads

Genetika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

0.2.2 bertsioa. clean_reads programak Sanger, 454, Illumina eta Solid NGS (next generation sequencing) datuak garbitzen ditu. Kendu ditzake

  • Kalitate txarreko aldeak
  • Adaptadoreak
  • Vektoreak
  • Espresio regularrak

Kalitate eratainan eta luzeeran oinarritutako kalitate txarreko irakurketak eliminatu ditzazke ere. Paraleloan exekutatu daiteke.

Nola erabili

Kola sistemara lanak bidaltzeko  erabili dezakezue

send_clean_reads

komandoa zinek galdera batzuen bitartez skripta prestatu eta bidaliko du.

Errendimendua

clean_reads programak paraleloan exekutatu daiteke eta ondo eskalatzen du 8 kore arte. 12 koreentzako errendimendua asko jaisten da. Taulan ikus daite benchmarken emaitzak. Xeon E5645 procesadoreak erabiliz 12 koretako nodoan.

Exekuzio denbora segundutan kore kopuruaren arabera
koreak 1 4 8 12
Denbora (s) 1600 422 246 238
Azelerazioa 1 3.8 6.5 6.7
Errendimendua (%) 100 95 81 56

Ondorengo komandoa exekutatu da

clean_reads -i in.fastq -o out.fastq -p illumina -f fastq -g fastq -a a.fna -d UniVec -n 20 --qual_threshold=20 --only_3_end False -m 60 -t 12

Informazio gehiago

clean_reads web orrialdea.

Velvet

Genetika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

1.2.03 bertsioa. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Nola erabili

velveth edo velvetg exekutatzeko Torque ilara sisteman gehitu zuen scriptetan:

/software/bin/velvet/velveth [velvet opzioak]
/software/bin/velvet/velvetg [velvet opzioak]

Erendimendua

Velvet OpenMP paralelizatzeko gaitasunarekin konpilatu da. Bere errendimendua neurtu dugu eta eskuragarri daude Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU dokumentuan. Velvetek RAM memoria kopuru handia behar dukalkulu handietarako eta neurtu dugu ere. Formula simple batzuk lortu ditugu RAM memoria aurreikusteko sarrera fitxeroen arabera, horrela ikertzaileak bere ikerketa planifikatu dezake.

Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Informazio gehiago

Velvet web horrialdea.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU, errendimenduari buruzko txostena.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.

BLAST

Genetika, Kalkulu Softwarea

Informazio orokorra

BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Errendimendua eta gpuBLAST

Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira. [intlink id=”1507″ type=”post” target=”_blank”]mpiBLAST[/intlink] Zerbitzuan instalatuta dabo. Baita gpuBLAST ere baina ez dago aktibatuta GPGU nodoak gutxi direlako eta errendimendua asko hobetzen ez delako.

Informazio gehiago

BLASTeko web orrialdea.
[intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2GO[/intlink] ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.
[intlink id=”1507″ type=”post” target=”_blank”]mpiBLAST[/intlink] ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

MCCCS Towhee 7.0.2

Softwarea

Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.

 

Informazio orokorra

Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko  (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).

 

Nola erabili

send_towhee

  • Towhee ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
  • send_towhee OUT NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Outputaren izana da
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua
TIME: Kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan.
MEM: Aukerakoal. Memoria  Gb-etan( 1GB/core-ko esleituko du adierazten ez bada).
[``Other Torque Options'' ] Optional. Kola sistemari adierazi nahi zaizkion beste hainbat aukera.
Ikus azpian adibidea..   More information about this options

Adibideak

  • OUT izango da output.a.   Lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    • send_towhee OUT 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    • send_towhee out 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    • send_towhee OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    Towhee  lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    send_towhee-n adierazitako output  fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_towhee-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://towhee.sourceforge.net

     

    Genepop

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    4.1 bertsioa.

    Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations.

    Nola erabili

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/Genepop < input_file

    Non input_file Genepop-en opzioak dituen fitxeroa da, hots, Genepop interaktiboan egiten dituen galdereen erantzuna. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    Genepopen web orrialdea.

    CLUMPP

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    1.1.3 bertsioa. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as [intlink id=”5861″ type=”post”]structure[/intlink], so that they match up as closely as possible. The user has the option of choosing one of three algorithms for aligning replicates, with a tradeoff of speed and similarity to the optimal alignment.

    Nola erabili

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/CLUMPP

    CLUMPPek behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interactiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    CLUMPPen web orrialdea.

    Structure

    Genetika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    2.33 bertsioa

    The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including SNPS, microsatellites, RFLPs and AFLPs.

    Nola erabili

    Interfaz grafikoa exekutatzeko Pendulon, Maiz edo Guinnessen exekutatu

    structure

    Aplikazio grafikoak exekutatu ahal izateko irakurri [intlink id=”48″ type=”post”]nola konektatu Arinara[/intlink].

    Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

    /software/bin/structure

    structure behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboan[/intlink] erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

     

    Informazio gehiago

    Structureren web orrialdea.

    Gulp 4.0

    Uncategorized @eu

    Informazio Orokorra

    GULP programak  materialeen  era askotako simulazioak  egin dintzake 0-D  (molekula eta klusterrak), 1-D (polimeroak), 2-D (azalerak, lauza, …) da , edo 3-D (solidoa peridikoak).  Kodearen helburua soluzio analitiko bat lorztea da da, “sare dinamika” (ahal denean) erabiltzen  dinamika molekularraren ordez. Indarr-eremu anitzak erabili ditzake.

    Erabili aurretik mesedez begira bere erabilera baldintzak.

    Guinness:/Softwarea/Gulp katalogoan instalatuta dago.

    Nola erabili

    send_gulp

    • GULP ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia honakoa da:
    • send_gulp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

  • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    • send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    • send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    • send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    GULP lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_gulp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://projects.ivec.org/gulp/

    LAMMPS

    Biokimika, Softwarea

    LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”)  Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek  MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode  irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.

    Informazio orokorra

    LAMMPS  dinamika molekular klasikoak egiteko  kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.

    Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.

    Nola erabili

    send_lmp

    • LAMMPS ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
    • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

    • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    send_lmp job1.in 1 4 04:00:00
    • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
    • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    LAMMPS lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://lammps.sandia.gov

    GRETL

    Kalkulu Softwarea, Uncategorized @eu

    Informazio orokorra

    Gretl (Gnu Regression, Econometrics and Time-series Library) ekonometriako programa bat da. 1.9.6. bertsioa dago eskuragarri

    Ezaugarriak

    • Incluye una gran variedad de estimadores: mínimos cuadrados, máxima verosimilitud, GMM; de una sola ecuación y de sistemas de ecuaciones
    • Métodos de series temporales: ARMA, GARCH, VARs y VECMs, contrastes de raíces unitarias y de cointegración, etc.
    • Variables dependientes limitadas: logit, probit, tobit, regresión por intervalos, modelos para datos de conteo y de duración, etc.
    • Los resultados de los modelos se pueden guardar como ficheros LaTeX, en formato tabular y/o de ecuación.
    • Incluye un lenguaje de programación vía ‘scripts’ (guiones de instrucciones): las órdenes se pueden introducir por medio de los menús o por medio de guiones.
    • Estructura de bucles de instrucciones para simulaciones de Monte Carlo y procedimientos de estimación iterativos.
    • Controlador gráfico mediante menús, para el ajuste fino de los gráficos Gnuplot.
    • Enlace a GNU R, GNU Octave y Ox para análisis más sofisticados de los datos.

    Nola erabili

    Gretl erabiltzeko exekutatu:

    /software/bin/gretlcli

    Informazio gehiago

    Gretl web orrialdea.

    CPLEX

    Kalkulu Softwarea, Maths @eu

    Informazio orokorra

    BM ILOG CPLEX Optimizer’s mathematical optimization technology enables smarter decision-making for efficient resource utilization. CPLEX provides robust algorithms for demanding problems: IBM ILOG CPLEX Optimizer has solved problems with millions of constraints and variables. 12.6.3 bertsioa instalatuta dago.

    Features

    • Automatic and dynamic algorithm parameter control
      IBM ILOG CPLEX Optimizer automatically determines “smart” settings for a wide range of algorithm parameters, usually resulting in optimal linear programming solution performance. However, for a more hands-on approach, dozens of parameters may be manually adjusted, including algorithmic strategy controls, output information controls, optimization duration limits, and numerical tolerances.
    • Fast, automatic restarts from an advanced basis
      Large problems can be modified, and then solved again in a fraction of the original solution time.
    • A variety of problem modification options, such as:
      – The ability to add and delete variables
      – The ability to add and delete constraints
      – The ability to modify objective, right-hand side, bound and matrix coefficients
      – The ability to change constraint types
    • A wide variety of input/output options, such as:
      – Problem files: read/write MPS files, IBM ILOG CPLEX Optimizer LP files, MPS basis and revise files, binary problem/basis files
      – Log files: session information and various solution reports
      – Solution files: ASCII and binary solution files
      – IBM ILOG CPLEX Optimizer messages: Each message type (such as RESULTS, WARNINGS or ERRORS) can be directed to specified files, or completely suppressed.
    • Post solution information and analysis, including:
      – Objective function value
      – Solution variable and slack values
      – Constraint dual values (shadow prices)
      – Variable reduced costs
      – Right-hand side, objective function, and bound sensitivity ranges
      – Basic variables and constraints
      – Solution infeasibilities (if any exist)
      – Iteration/node count, solution time, process data
      – Infeasibility (IIS) finder for diagnosing problem infeasibilities
      – Feasibility optimizer for automatic correction of infeasible models

    Nola erabili

    CPLEX erabiltzeko exekutatu:

    /software/bin/cplex/cplex

    Benchmark

    Benchmark txiki bat dago COIN-OR erabiliz [intlink id=”1401″ type=”post”]COIN-OR web orrialdean[/intlink].

    Informazio gehiago

    CPLEX web orrialdea.

    send_espresso

    Lanak Bidaltzeko

    send_espresso

    Lanak kolara bidaltzeko send_espresso tresta egin dugu. Argumenturik gabe exekutatzen badugu laguntza erakusten digu:

    send_espresso input.in Executable Nodes Procs_per_node Time [Mem] [``Other queue options'' ]

    input Kalkuluaren  inputaren izena (extensiorik gabe)
    Executable Erabiltzea nahi den espressoren exekutagarria:pw.x, ph.x,…
    Nodes Nodo kopurua
    Procs_per_node
    		 Prozesagailu kopurua nodo bakoitzeko
    Time kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan
    Mem memoria en GB-etan.
    [``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua. Ikus beheko adibideak

    Adibideak

    send_espresso job1 ph.x 1 4 04:00:00 1

    send_espresso job2 cp.x 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'‘

    send_espresso job3 pw.x 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Modu klasikoan

    Espressoko programak /software/Espresso/bin-en instalatutak daude. Adibidez pw.x exekutatzeko kola sisteman erabili:

    source /software/Espresso/compilervars.sh
/software/Espresso/bin/pw.x -npool ncores < input_file > output_file

    -npool ncores aukeran ncores erabili behar diren core copuruagatik ordezkatu behar da, honek abiadura hobetzen du. Kore bat baino gehiago eskatzen bada automatikoki paralelon exekutatzen da.

    Turbomole

    Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea

    Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.

    Informazio Orokorra

    Katalisi homogeneo,  heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa,   hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:

    • DFT (LDA, GGA, híbridos).
    • Erantzun funtzioak (HF, DFT).
    • spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
    • Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
    • Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak)  CC2.
    • Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
    • Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
    • NMR.
    • C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
    • ab initio dinamika molekularrak.

     

    Nola Erabili

    Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu [intlink id=”4727″ type=”post”] Turbomole nola bidali[/intlink].

    TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:

    TmoleX

    Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

    turbomole_stop 1111

    Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.

    Informazio gehiago

    Turbomole web orrialdea.

    Turbomole esku liburua.

    Turbomole tutoriala.

    Orca

    Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea

    Informazio Orokorra

    Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
    Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu.

    Nola Erabili

    Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

     Nola bidali Orca lanak

    Benchmarkak

    Orca (B3LYP optimizazioa)  kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

    Cores Xeon Denbora Speed Up Eraginkortasuna
    1 3438 100%
    8 498 6.9 86%
    16 316 10.90 62%
    32 218 15.77 50%

    Orca nola bidali

    Lanak Bidaltzeko

    send_orca agindua

    send_orca aginduak Orca lanak  modu erraz batean bidaltzen ditut ilara sistemara.

    Send_orca komandoa erabiltzea gomendatzen dugu. Komando honek TORQUE  scripta prestatu eta ilarara bidaliko du.  remote_molden/remote_vi (ikus behean)  tresnekin jarraitu ahal izango dira kalkukluaren gorabeherak.

    Erabiltzeko modua honakoa da:

    send_orca lana kola_edo_denbora num_node num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
    • lana: Orca sarrera fitxategia inp luzapena  gabe izena.
    • kola edo denbora:  ilara edo  kalkulu denbora formatuan ( mm: ss hh)  zehaztu daitezke.
    • num_node: Erabili nahi den nodo kopurua.
    • num_proc:  nodo bakoitzeko erabili nahi dituzun  prozesadoreak kopurua 8 edo 8 baino txikiagoa izateaz gain,  8-ren multiploa ere izan daiteke.
    • mem:  memoria en GB-etan.
    • [beste TORQUE aukerak]: TORQUE-ren aukra aurreratuak.

    Adibideak

    send_orca h2o p_slow 1 8
    send_orca h2o p_slow 2 8 20
    send_orca h2o 23:00:00 1 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

    Lanen Jarraipena

    remote_vi  eta remote_molden tresnak erabili daitezke  *.out  fitxategia aztertzeko. Adibidez:

    remote_vi 2341

    remote_molden 2341

    edo

    remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

    non 2341(.arina)  ilarako  lanaren identifikatzailea den.

    Nola bidali Terachem

    Uncategorized @eu

    Sarrera

    Torque script bat eraiki dezakezu kolara bidaltzeko edo send_terachem komandoa erabili

    send_terachem

    [intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem[/intlink] lanak bidaltzeko send_terachem agindua sortu dugu.

    send_terachem JOBNAME TIME MEM [``Other queue options'']

    non

    JOBNAME: terachemren sarrera datuen fitxategia.
    TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan
    MEM: memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe
    [``Other queue options''] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak.

    Adibideak

    • job1 inputa duen kalkulua memoria Gb batekoa eta denbora 4 ordu izanik.
    send_terachem job1 04:00:00 1
    • job3 inputa duen kalkuluari memoria 8 Gb batekoa eta denbora 60 ordu izanik. Gainera 1234 lana bukatu ondoren abiatu daitekela soilik adieratzen dugu.
    send_terachem job3 60:00:00 8  ``-W depend=afterany:1234''>
    • job3 inputa bidalzten dugu memoria 15 Gb-etakoa eta denbora 400 ordu izanik. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidaltzeko adierazten dugu nire.emaila@ehu.es helbidera.
    send_terachem job3 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

    Terachem

    Uncategorized @eu

    Informazio orokorra

    TeraChem 1.45 is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include:

    • Full support for both NVIDIA Tesla and Fermi GPUs
    • Restricted Hartree-Fock and Kohn-Sham single point energy and gradient calculations
    • Various DFT functionals (BLYP, B3LYP, PBE, etc) and DFT grids (800-80,000 grid points per atom)
    • Empirical dispersion corrections (DFT-D)
    • Geometry optimization and transition state search (including constraints)
    • Ab initio molecular dynamics (NVE and NVT ensembles)
    • Support of multiple-GPU systems
    • Up to 1000 times faster than conventional CPU-based codes
    • Designed for large molecules – reads/writes PDB files directly
    • Optimization including geometric constraints
    • Improved mixed-precision for increased accuracy

    Nola bidali Terachem

    [intlink id=”3851″ type=”post”]send_terachem[/intlink] komandoa badago lanak klusterrera bildaltzeko prozesua errazteko.

    Informazio gehiago

    Página de Terachem.

    Erabiltzailearen eskuliburua.

    GSL

    Uncategorized @eu

    Liburutegi matematikoen 1.16 bertsioa. Hauek sortzen dituzte: ausazko zenbakiak, funtzio bereziak, fft, algebra lineala… guztira 1.000 funtzio baino gehiago.

    Nola linkatzen diren jakiteko exekutatu

    gsl-config

    Informazio gehiago  GSL homepage.

    Portland (PGI)

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    Portland Groupeko konpiladoreak eta garapen tresnen 10.9 bertsioa. Galdetu teknikariei erabilerari buruzko informazioa beharrez gero.

    GPU-ak

    PGI konpiladoreen teknologiak Fortran eta C-n egindako programak erraz konpilatzea ahalbidetzen du GPUtan exekutatzeko.

    Beste ezaugarriak

    Includes The Portland Group’s native parallelizing/optimizing FORTRAN 77, Fortran 90/95/03, HPF, OpenMP C++ and ANSI C compilers for 64-bit x64 and 32-bit x86.

    Provides the features, quality, and reliability necessary for developing and maintaining advanced scientific and technical applications. Includes the PGDBG OpenMP and MPI parallel graphical debugger and the PGPROF OpenMP and MPI parallel graphical performance profiler that can debug and profile up to 16 local MPI processes. PGI Server also includes a precompiled MPICH message passing library.

    Informazio gehiago

    The Portland Group – PGI web orrialdea.

    CUDA

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    GPUrentzako garapen tresnak: konpiladorea, liburutegi matematikoak, debbugerrak, etab. Nvidia GPUrentzako programak idazteko.

    Bere erabilierari buruzko informazio gehiago eskuratzeko idatzi teknikariei mesedez.

    Informazio gehiago

    Nvidia web orrialdea programatzaileentzako.

    Garapen softwarea

    Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

    Programak eta instalatutako bertsio desberdinak.

    Konpiladoreak

    		 Xeon
    		 Itanium Opteron
    		 Pendulo
    GNU ok ok ok ok
    [intlink id=”454″ type=”post”]Intel[/intlink] ok ok ok ok
    [intlink id=”3694″ type=”post”]Portlan (PGI)[/intlink] 10.9 10.9
    [intlink id=”3678″ type=”post”]Cuda[/intlink] 3.2
    Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)

    OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)

    		 Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM

    (build 14.0-b16, mixed mode)
    [intlink id=”5444″ type=”post”]HMPP[/intlink] ok

    MPI

    		 Xeon
    		 Itanium Opteron Pendulo
    [intlink id=”459″ type=”post”]HP-MPI[/intlink] ok ok
    [intlink id=”459″ type=”post”]Bull-MPI[/intlink] ok ok
    [intlink id=”459″ type=”post”]Intel MPI[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”459″ type=”post”]Openmpi [/intlink] ok ok
    [intlink id=”459″ type=”post”]mvapich2 1.4.1 [/intlink] ok

    Liburutegiak

    		 Xeon
    		 Itanium
    		 Opteron Pendulo
    [intlink id=”447″ type=”post”]Intel MKL[/intlink] ok ok ok ok
    [intlink id=”767″ type=”post”] FFTW[/intlink] ok ok ok ok
    [intlink id=”3785″ type=”post”] GSL[/intlink] ok ok ok ok

    VMD

    Uncategorized @eu

    Informazio orokorra

    VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.

    Nola erabili

    Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.

    VMD exekutatzeko erabili

    vmd

    Informazio gehiago

    VMD homepage.

    Maestro

    Kalkulu Softwarea, Visualization @eu

    Informazio orokorra

    Maestro is the unified interface for all Schrödinger software. Impressive rendering capabilities, a powerful selection of analysis tools, and an easy-to-use design combine to make Maestro a versatile modeling environment for all researchers.

    In Guinness eta Péndulo zerbitzariak 9.0 bertsioa instalatuta dago, Maizen 8.5 bertsioa. Maestro exekutatzeko Guinness erabiltzea gomendatzen dugu, zerbitzari berriena baita eta azkeneko bertsioak erabil dezakeena.

    Nola erabili

    Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.

    Maestro exekutatzeko erabili

    maestro

    Informazio gehiago

    Maestro web orrialdea.

    Schrödinger web orrialdea.

    Sarbidea

    Baliabide Konputazionalak, Zerbitzurako Sarbidea

    Nola lortu kontu bat

    Klusterrak EHUko ikertzaile guztien eskura daude; konektatzeko [intlink id=”3″ type=”page”]kontua eskatu[/intlink] behar dute, enpresak eta beste erakundeak jarri arremanetan teknikariekin. Dena den, kalkulu-nodoak erabiltzeko ere kalkulu-denbora [intlink id=”3″ type=”page”]eskatu behar[/intlink] da;  denbora hori fakturatu egiten da. Baliabideak eskaerak ebaluatu ondoren esleituko dira. EHUko ikertzaileei fakturatuko zaien indarrean dagoen salneurriaren arabera. Péndulo klusterra doanik da eta ez da beharrezkoa kalkulu denbora eskaera egitea.

    Nola Konektatu

    Zerbitzarira konektatzeko ezinbestekoa da ssh bezeroa izatea. Windows/Mac (OSX gabe) sistema eragilea duten makinetan (Secure Shell, putty) programaren modukoak erabili. Aplikazio grafikoen leihoak esportatu ahal izateko tresna osagarri bat behar da, adibidez Xwin32 (IISIGen kontsultatu baimenen gaia edo intalatzeko, 15-4400 luzapena), Cygwin edo X2GO (gomendatuta etxetik konektatzeko eta windows ordenagailuentzat).

    Unix/Linux sistema eragilea duten makinetan (Mac OSXen ere bai), terminal batetik erabili:

    ssh -X usuario@katramila.lgp.ehu.es

    ssh -X usuario@kalk2017.lgp.ehu.es

    Aplikazio grafikoak

    Flag-X delakoari esker aplikazio grafikoak exekutatu ahal izango ditugu Linuxen eta OSXen

    Aplikazio grafikoak erabiltzerakoan, hau da, StarCD, StarCCM+, ADF, Maestro, ECCE, … bezalakoak,  X2GO tresna bitartez egitea gomendatzen dugu, askoz ere azkarrago erabili ahal izango baitituzue. Instalazioa erraza da. Kontutan hartu behar duzuena  Guinness, Maiz edo Péndulo zerbitzaria erabiltzea besterik ez da. Aukeratu behar da saioaren ezaugarrietan, saio mota “Aplicación” eta komandoa “Terminala”.

    Beste TORQUE Agindu Interesgarriak

    Lanak Bidaltzeko

    Informazio eta agindu gehiago nahi badituzu, jo ezazu TORQUE eta MAUI eskuliburuetara.

    Torqueren online eskuliburua.

    Mauiren online eskuliburua

    TORQUEk posta-helbide jakin batera mezua bidal diezagun agindu dezakegu, jakiteko lana noiz hazten den ibiltzen (b); lana bukatutakoan ere (e) mezua bidal diezaguke ; horretarako, scriptari hau gehitu behar diogu:

    #PBS -M nirekontua@ehu.es
    #PBS -m be

    Nodo mota edo arkitektura aukeratzko etiketa bat gehitu behar zaio nodes lerrora. Balio diren etiketak opteron, itanium, itanium4, itanium8 eta itaniumb. Nodoak dituzten etiketak itanium eta opteron ezaugarrietan ikusi daitezke. Jarri adibidez:

    #PBS -l nodes=1:ppn=8:itanium

    Lana bidaltzeko nodoak aukera daitezke. Adibidez, scriptaren lerro honekin:

    #PBS -l nodes=cn13:ppn=4+cn14:ppn=2

    lana 4 prozesadore dituzten cn13 nodoetara eta 2 prozesadore dituen cn14 nodora bidaltzen du.

    Lana kide garen beste talde batera bidali nahi badugu eta talde hori lehenetsita ez badago, erantsi sasiagindu hau:

    #PBS -W group_list=grupo

    grupo taldearen izena da. Lan horren fakturazioa adierazitako taldeari egokitzen zaio.

    AMBER

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) programaren 14. bertsioa eta AMBER-tools15. Potentzial enpirikoak erabiltzen dituen programa da eta dimanika molekularra eta energi minimizazioak egiten ditu. Sistema biologikoetarako erabiltzen da bereziki.

    Nola erabili

    Seriean eta paraleloan konpilatuta dago eta direktorio honetan topatu daitezke programak:

    /software/bin/amber/

    send_amber

    lanak kolara bidalteko send_amber tresna prestatu dugu:

    send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"]

Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes
Nodes: is the number of nodes
Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node.
Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation
Mem: the PBS memory (in gb)
[Mem] and ["Other_queue_options"] are optional

    “Other queue options” aukerarentzako see examples below:

    send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234"
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"

    Informazio gehiago

    Amber home page.

    On-line eskuliburua.

    Tutorialak.

    Eskura kagoen kalkulu softwarea

    Softwarea

     

    Quantum Mechanics

    Kola etiketak

    		  Katramila
    xeon,rh7,xeon20    		  Guinness
    xeon,oxeon    		 Kalk2017
    xeon,rh7,xeon28
    [intlink id=”1659″ type=”post”]Abinit[/intlink] ok ok
    [intlink id=”1599″ type=”post”]ADF[/intlink] 2017.110 2017.110 2017.110
    [intlink id=”1677″ type=”post”]BigDFT[/intlink] ok ok
    [intlink id=”1959″ type=”post”]Casino 2.4[/intlink] ok
    [intlink id=”1549″ type=”post”]Dirac 08[/intlink] ok
    [intlink id=”1627″ type=”post”]Espresso[/intlink] ok ok
    [intlink id=”1569″ type=”post”]Gamess Jan 2009 [/intlink] ok
    [intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian 03 & 09[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”2043″ type=”post”]Jaguar[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”1893″ type=”post”]MIKA .81[/intlink] ok
    [intlink id=”2071″ type=”post”]NBO 5[/intlink] ok
    [intlink id=”2348″ type=”post”]NWChem 6.3[/intlink] 6.3 ok
    [intlink id=”4545″ type=”post”] Orca  3.0.3 [/intlink]  ok ok
    [intlink id=”8850″ type=”post”]PSI4[/intlink] ok ok
    [intlink id=”8091″ type=”post”]Qbox[/intlink] ok ok
    [intlink id=”2085″ type=”post”]Qsite[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 2.0.1[/intlink] ok
    [intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 3.0[/intlink] ok
    [intlink id=”1607″ type=”post”]TB-LMTO 4.6 [/intlink] ok
    [intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem [/intlink] ok
    [intlink id=”4697″ type=”post”] Turbomole 6.6 [/intlink] ok ok
    [intlink id=”2358″ type=”post”]VASP[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”1641″ type=”post”]Wien2K[/intlink] ok ok
    [intlink id=”1667″ type=”post”]Yambo 3.2.2 [/intlink] ok ok

    Biochemistry / Molecular Mechanics

    		  Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)    		  Guinness
    (xeon,oxeon)    		 Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    [intlink id=”1975″ type=”post”]Amber[/intlink] ok ok
    [intlink id=”2035″ type=”post”]DL_POLY [/intlink] ok ok
    [intlink id=”2003″ type=”post”]Gromacs[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”5759″ type=”post”]GULP 4.0 [/intlink] ok
    [intlink id=”5719″ type=”post”]LAMMPS[/intlink] ok
    [intlink id=”2057″ type=”post”]Macromodel[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”2021″ type=”post”]NAMD 2.6 [/intlink] ok
    [intlink id=”5953″ type=”post”]Towhee 7.0.2[/intlink] ok

    Matematika eta Grafikoak

    		 Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)    		 Guinness
    (xeon,oxeon)    		 Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    [intlink id=”1401″ type=”post”] Coin-or [/intlink] ok ok
    [intlink id=”5252″ type=”post”] CPLEX [/intlink] ok ok
    [intlink id=”1367″ type=”post”]Grace 5.1.19 [/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”1447″ type=”post”]Mathematica [/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”1433″ type=”post”]Matlab [/intlink] ok ok
    [intlink id=”1375″ type=”post”]Matplotlib[/intlink] ok
    [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.3 [/intlink] ok
    [intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.4 [/intlink] ok
    [intlink id=”8633″ type=”post”]R, RCommander eta RStudio[/intlink] 3.3.3 3.3.2 3.3.3
    [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.1.1 [/intlink] ok
    [intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.2.2 [/intlink] ok

    Genetika

    		 Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)    		 Guinness
    (xeon,oxeon)    		 Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)

    Kola Etiketak

    		 xeon20
    rh7    		 oxeon
    xeon12
    xeon8    		 xeon28
    rh7
    [intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink] ok
    [intlink id=”1483″ type=”post”]BEAST[/intlink] ok ok
    [intlink id=”6011″ type=”post”]BLAST[/intlink] ok
    [intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2Go[/intlink] ok
    [intlink id=”6121″ type=”post”]Clean_reads[/intlink] ok
    [intlink id=”5897″ type=”post”]CLUMPP[/intlink] ok
    [intlink id=”7668″ type=”post”] Cufflinks [/intlink] ok
    [intlink id=”5921″ type=”post”]Genepop[/intlink] ok
    [intlink id=”8067″ type=”post”]IDBA-UD[/intlink] ok ok
    [intlink id=”7975″ type=”post”]MetAMOS[/intlink] ok
    [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] ok
    [intlink id=”7877″ type=”post”]QIIME[/intlink] ok
    [intlink id=”8037″ type=”post”]SPAdes[/intlink] ok ok
    [intlink id=”5861″ type=”post”]Structure[/intlink] ok
    [intlink id=”7660″ type=”post”]TopHat [/intlink] ok
    [intlink id=”7113″ type=”post”]Trinity[/intlink] ok
    [intlink id=”7748″ type=”post”]USEARCH[/intlink] ok
    [intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] ok

    Bisualizazio Softwarea

    		 Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)    		 Guinness
    (xeon,oxeon)    		 Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)    		  
    [intlink id=”5370″ type=”post”] Gaussview[/intlink] ok
    [intlink id=”3538″ type=”post”] Maestro [/intlink] ok ok
    [intlink id=”1279″ type=”post”] Molden [/intlink] ok
    [intlink id=”2133″ type=”post”] NX client[/intlink] ok ok
    [intlink id=”1357″ type=”post”] P4VASP [/intlink] ok ok
    x2Go ok ok
    [intlink id=”5532″ type=”post”] XCrysDen [/intlink] ok
    [intlink id=”1267″ type=”post”] Xmakemol [/intlink] ok ok
    [intlink id=”3558″ type=”post”] VMD[/intlink] ok ok

    Beste Softwarea

    		 Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)    		 Guinness
    (xeon,oxeon)    		 Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    [intlink id=”1393″ type=”post”] GAP 4.4 [/intlink] ok
    [intlink id=”5475″ type=”post”] Gretl [/intlink] ok
    [intlink id=”1383″ type=”post”] HTK 3.4.1 [/intlink]
    [intlink id=”1865″ type=”post”] NCL-NCAR [/intlink] ok
    [intlink id=”1587″ type=”post”] OOMMF [/intlink] ok ok
    [intlink id=”6888″ type=”post”] PHENIX[/intlink] ok
    [intlink id=”8522″ type=”post”] SCIPION[/intlink] ok
    [intlink id=”1457″ type=”post”] STAR-CCM+[/intlink] ok ok ok
    [intlink id=”1879″ type=”post”] WRF 3.1 [/intlink] ok

    Gaussian nola bidali

    F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

    send_gauss agindua

    G09 lanak bidaltzeko agindu hau erabiltzea gomendatzen dugu. Honek, gaussianeko *.com-ean prozesagauilu kopurua eta memoria egokitzeaz gain, torqueren kolako sarrera fitxategia ere prestatuko du.

    Lana, exekuzio nodoetan egingo da eta emaitza bertan gorde. Lana jarraitu ahal izateko remote_vi eta remote_molden prestatu ditugu (ikusi beherago).

    send_gauss erabiltzeko modua honakoa da:

    send_gauss lana denbora  proz_kop [mem] [ TORQUE beste aukerak]

    Zein:

    • lana: gaussian inputaren izena da *.com estensiorik gabe.
    • denbora:  oo:mm:ss formatoan, kakuluarentzat eskatzen den denbora.
    • proz_kop: Erabiltzea nahi den prozesagailu kopurua, 8 baino txikiagoa edo 8ren multiploa izan behar du . Prozesagailu mota ere adierazi daiteke “:xeon”, “:itanium”, edo “:opteron”.
    • mem:  zenbat memoria eskatzen den nodo bakiotzeko
    • [TORQUE Aukera Aurreratuak]: torque ilara sistemari adierazi nahi zaizkion aukera aurreratuak.

    Adibideak

    send_gauss h2o 400:00:00 16

    h2o lana  16 prozesagailuetara bidaliko du, 8 prozesagailu nodo bakoitzean,  400:00:00 ordutarako.  Memoria defektuzkoa jarriko zaio,  (nproc*900mb), 7200mb.

    send_gauss h2o 10:00:00 8 60

    h2o  8 prozesagailuetara bidaliko du (nodo bakarrera)   60gb-etako  RAM memoria eskatuz. Lanak 10 ordu iraungo ditu gehienez.

    send_gauss h2o 23:00:00 16:itaniumb 16 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

    h2o en 16   itaniumb motako prozesagailuetara bidaliko du, 16gb-etako   RAM memoria erreserbatuz. Eskatutako denbora 23 ordutakoa da. Torque ilara sistema, lana hasi eta bukatzean email bay bidaliko du “niri@ehu.es” helbidera.  Gainera,  4827 lana bukatu harte ezingo da hasi.

    qsub interaktiboa

    qsub

    exekutatzen bada menu interaktibo bat agertuko zaigu eta honek egindako galderak erantzunez g09 bidlai hal izango da. [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboari[/intlink] buruzko informazio gehiago.

    Ohiko qsub

    Torquerako qsub skritp bat presta daiteke zuzenean. [intlink id=”677″ type=”post” target=”_blank”]Esteka honetan[/intlink] adibide batzuk daude.

    Lanaren jarraipena

    remote_vi eta remote_molden aginduek, lana exekutatzen ari den bitartean .log fitxeroa ikusteko edo Molden-ekin marrasteko aukera eskeintzen dute. Lana send_gauss edo qsub interaktiboarekin bidali behar da.

    remote_vi 2341
remote_molden 2341.arina

    edo

    remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341

    non 2341(.arina) lanaren identifikadorea den.

    Siesta nola bidali

    F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

    Nola bidali Siesta

    Koletara bidaltzeko hiru era daude:

    • send_siesta komandoa erabiliz.
    • qsub interaktiboan erabiliz.
    • Qsub-entzako script arrunt bat sortuz.

    send_siesta

    send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu:

    send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM ["Other queue options"]

    JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
    NODES: Nodo kopurua.
    PROCS: Prozesadore kopurua.
    TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
    MEM: Memoria Gb-etan, unitatea adierazi gabe.
    ["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

    Adibideak
    job1 lana, nodo batean eta 4 itaniumb prozesadoretan bidalzteko:

    send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

    job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 4 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu:

    send_siesta job2 2 4 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

    job2 lana 4 nodo 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako RAM memoria eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.

    send_siesta job2 4 8 200:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

    send_siesta aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -n burutuko du -azken kasua 2 edo nodo gehiago erabiliz gero-. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera.

     

    Qsub interaktiboa

    Exekutatu

    qsub

    eta erantzun galderei.

    qsub tradizionala

    Sortu pbs-rentzako scrip bat,[intlink id=”677″ type=”post”] hemen adibideak daude[/intlink], non siesta exekutatzeko gehitu lerro hau

    /software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

    non input fitxeroa gehitu estensio gabe.

    Lanen jarraipena

        send_siesta edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:
    remote_vi
    gvim erabiliz, siesta kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
    remote_xmakemol
    xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.ANI fitxategia irekiko digu.
    remote_qmde
    xmgrace programarekin Dinamila Molekularra egiten ari den siesta kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

    Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik. Adibideak 3465 lanarentzako:

    remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465

    Macromodel Nola Bidali

    Lanak Bidaltzeko
    1. Sarrera fitxategiak prestatu eta gero, kalkulua ilara sistemara bidaltzeko moduak honakoak dira:
      • send_mmodel:
        send_mmodel JOBNAME
        JOBNAME input-aren izena delarik.
      • [intlink id=”667″ type=”post”]qsub[/intlink] interaktibo-a erabiliz.

      Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

    Euskarri Estrategikoa

    Zerbitzuak
    • Konputazio zientifikoaren alorrean garapen aipagarrienen jarraipena, Zerbitzua hobetzeko asmoarekin.
    • Zerbitzu berarentzako edo eskatzen duen erakundeko ikertzaile edo ikertzaile taldeentzako Kalkulu zientifikorako ekipamendu berri bat eskuratzeari buruzko aholkularitza.
    • Ikerketa taldeek erabiltzeko softwarea eskuratzeko kudeaketa.
    • EHUn dagoen softwarearen arrazionalizazioa.
    • Kalkulu zientifikoko ekipamendua eskuratzeko deialdi publiko lehiakorrentzako eskaerak prestatzeari buruzko aholkularitza, bai eta deialdi horietan erakundearentzat eraginkorrenak diren ikertzaileen aliantzei buruzkoak.

    VASP

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    Vienna Ab-initio of Simulation Package

    DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta.

    Lizentzia izatea beharrezkoa da.

    Nola erabili

    Paraleloan honekin exekutatu daiteke:

    /software/bin/vasp

    [intlink id=”1357″ type=”post”]p4vasp[/intlink] eta [intlink id=”5532″ type=”post”]XCrySDen[/intlink] ikustarazteko softwarea instalatuta dago. Fitxeroak XCrySDen formatora pasatzeko XfsConvert instalatuta dago, erabiltzeko exekutatu:

    v2xfs

    Kalkuluen jarraipena

    Kalkuluen conbergentzia aztertzeko

    remote_vi JOB_ID

    komandoa dago. Honek OSZICAR eta OUTCAR fitxeroak irekitzen ditu eta energia eta energiaren aldaketa marrazten ditu. Honetarako ssh -X erabili behar da konexioa irekitzerakoan edo X2GO erabili grafikoen lehioak ireki ahal izateko.

    Informazio gehiago

    VASP home page eta dokumentazioa.

    VTST tools.

    NWchem

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau.

    [intlink id=”2307″ type=”post”]Nola erabili NWchem[/intlink]

    Informazio gehiago

    NWchem home page.

    Zerbitzura sartzeko politika

    Baliabide Konputazionalen Kudeaketa

    Sarbidea

    Informatika Zerbitzu Nagusia (Kalkulu Zientifikoa) (IZN) EHUko Ikerkuntzarako Zerbitzu Orokorren (SGIker) parte da; beraz, haien protokoloak eta araudiak betetzen ditu.
    Ikertzaileek[intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak eska ditzakete[/intlink] baliabide konputazionaletarako; bestela, teknikariengana ere jo dezakete, laguntza eskatzera. Institutu publikoetarako eta enpresetarako sarrera eskatzeko [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] jarri behar dute harremanetan. Informazio gehiago honako loturan aurkitu dezakete: [intlink id=”71″ type=”category” /] Informazioa Enpresentzat.[/intlink]

    Ordenagailuan nahi beste denbora egon daiteke, baina kalkulu-denbora fakturatu egiten da, bai EHUko ikertzaileei, bai enpresei, bai institutu publikoei, bai gainerako agenteei ([intlink id=”71″ type=”category” /]ikus kanporako tarifak[/intlink]). UPV/EHUko ikertzailek beheko fakturazioa jarraitzen dute. Diskontuak adostu daitezke kalkulu kopuru handiagatik edo beste unibertsitatekin, enpresekin edo erakundeekin eraturako hitzarmenen bitartez.

    Tarifak

    Tarifa hau indarrean egongo da 2011 azaroaren 30a arte, zerbitzuko azpiegitura nabarmen aldatzen ez bada (ez dago ezer programatuta).

    2010 uztailaren 1etik 2010 azaroaren 30 arte proportzionalki fakturatuko da.

    Tarifas por uso de CPU

    1. Talde batentzako tarifa 0.044 euro/ordu/core izango da taldeak zerbitzuak duen kalkulu denboraren %3.7 iritsi arte (10.100 kalkulu egunak 10.000 euro direnak).
    2. Kontsumo hemendik aurrera kalkulatzen dena 0.0044 euros/ordu/core salneurrira fakturatuko da.

    Diska/Biltegiratze tarifak

    Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

    1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
    2. Ez da fakturatuko 3 GBetatik baino gutxiatik.
    3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
    4. Beheko taulako salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
    GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera.
    Rango de uso de CPU Tarifa de Almacenamiento
    (en días al año) (Euros/Gb) al mes
    2500< cpu 0.1
    100< cpu <2500 0.5
    1< cpu <100 1.0
    0< cpu <1 1.5

    EHUko ikertzaileen fakturazioa BGUen bitartez egin behar da (BGUrik ez izanez gero, [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] harremanetan jarri behar da). Lukua ez saturatzeko eta kudeaketa errazteko eta optimizatzeko[intlink id=”2275″ type=”post”] kalkulurako denbora-eskaria[/intlink] egin behar da.

    Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea – KB3


    Ikerkuntza Errektoreordeari sarrera-politikak eta erabiltzaileentzako gastuak (aholkularitza-zerbitzua eta hardwarearen erabilera) zehazten laguntzeko Kalkulu Baliabideak Banatzeko Batzordea (KB3) osatu da. Erabakiak irizpide hauek oinarri hartuko dira:

    1. IZNko baliabideen eskuragarritasuna.
    2. Eskarien garrantzi akademikoa.
    3. KB3 batzordeak erabakitzeko.

    KB3 hauek osatzen dute:

    1. Ikerkuntzako errektoreordea.
    2. Campus bakoitzeko arduradun bana.
    3. Kalkulu zientifikoan gaitasun ziurtatua duen zientzialari bat, Ikerkuntzako errektoreordeak izendatua.
    4. Zerbitzuko teknikariak.

    Hona hemen KB3 batzordeak hartutako erabaki nagusiak:

    • EHUko ikertzaile guztiek eska dezakete [intlink id=”2269″ type=”post”] kalkulu-kontuak [/intlink] Arinan. Kontratatuta ez daudenek Unibertsitateko irakasle baten bermea beharko dute. Lukua erabiltzaile guztiek berdin erabiliko dute.
    • Baliabideak eskaera bidez esleituko dira (eskaera ikertzaile-taldeek egin behar dute). Ikertzaile-talde bakoitzak PUZa erabiltzeko denbora jakin bat izango du eta denbora hori fakturatu egingo da.
    • Kalkulu-denboren banaketa.

    MKL Intelen matematika-liburutegiak

    Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

    Informazio orokorra

    Liburutegi horiek osagai hauek dituzte: LAPACK eta BLAS liburutegiak, Fourier-en transformatuak, PARDISO (ekuazio linealen sistema handiak ebazten ditu), funtzio matematikoak (Vector Math Library-VML) eta funtzio estatistikoak (Vector Statistical Library-VSL).

    Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.

     

    Nola linkatu

    Arkitektura desberdinentzako nola linkatu ez badakizu mesedez kontsultatu teknikariei.

    Defektuz instalatutako liburutegiak

    • 11.1 Itanium2 nodoetan (/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/64).
    • 15.0 Xeon nodoetan (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).
    • 15.0 Pendulon (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).

    Informazio gehiago

    MKL 10.1 erabiltzailearen eskuliburua pdf formatuan.

    MKL 10.1 liburutegien eskuliburua.

    VSL 9.1ren eskuliburua pdf

    Online informazioa.

    Intel Konpilatzaileak

    Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

    Informazio orokorra

    Itanium2 nodoetan bereziki, konpilatzaile hauek erabiltzea goemndatzen dugu. GNU konpilatzailean baino eraginkorragoak baitira.

    Zerbitzuko zerbitzaritan konpilatzeko txosten bat (pdf) prestatu dugu. Oso gomendagarria da irakurtzea. Bertan, zerbitzuko makina guztietarako programak nola konpilatu eta erabili azltzen dugu ere.

    Zalantzak badituzu edo informazio gehiagorako galdetu  teknikariei.

     

    Nola exekutatu

    Fortran, C edo C++ exekutatzeko erabili ifort, icc, icpc.

    Defektuz instalatutako konpilatzaileak

    • Itanium nodoetan Intel 11.1 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).
    • Xeon nodoetan Intel 15.0 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).

    Informazio Gehiago:

    Egikaritu, ifort -help konpilatzaile bakoitzarentzat edo galdetu  teknikariei.

    Fortan Eskuliburua

    Fortran Konpilatzailearen Eskuliburua

    C Konpilatzailearen Eskuliburua

    MPI Liburutegiak

    Garapen Softwarea (Konpilatzaile eta Liburutegiak)

    Informazio orokorra

    MPI liburutuegiak kalkulu paraleloak banatuak egiterakoan gehien erabilzten diren liburutegiak dira. MPI inplementazio mota desberdinak daude. Zerbitzuan hainbat ditugu instalatuta: HP-MPI, Bull-MPI,… Azkeneko bertsioak IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 eta mvapich2 1.5 dira. [intlink id=”3650″ type=”post”]Taula honetan[/intlink] erraz ikusi dezakezu bakoitza non dagoen eskuragarri.

    Zalantzak badituzu edo informazio gehiago behar baduzu galdetu teknikariei.


    Defektuz instalatutako liburutegiak

    Defektuz erabiltzen direnak hauek dira

    • Itanium  nodoetan (Arina), MPIbull2.
    • Opteron nodoetan (Maiz) IntelMPI.
    • Xeon nodoetan (Guinness eta Katramila) Intelmpi.
    • OpenMPI Pendulon.

    IntelMPI liburutegiak

    Xeon y opteron nodoetan (Arina y maiz) eskuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

    source /software/intel/impi_latest/bin64/mpivars.sh

    Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpiifort, mpiicc e mpiicpc hurrenez hurren. GNU konpiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

    MPIbull2 liburutegiak

    Xeon eta itanium nodoetan (Guinness eta Arina) ezkuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

    source /opt/mpi/mpibull2-1.3.9-18.s/share/mpibull2.sh

    Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

    HpMPI liburutegiak

    Itanium eta opteron nodoetan (Arina y Maiz) eskuragarri daude. Defektuzkoa ez badira kargatu daitezke exekutatzen

    export PATH=/opt/hpmpi/bin:$PATH

    Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

    OpenMPI liburutegiak

    Xeon nodoetan (Guinness) eta Pendulon eskuragarri daude. /software/openmpi direktorioan instalatuta daude. Erabili ahal izateko path osoa zehaztu behar da, adibidez

    /software/openmpi/bin/mpif90

    Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

    mvapich2 liburutegiak

    Xeon nodoetan (Guinness) eskuragarri daude. /software/mvapich2 direktorioan instalatuta daude. Erabili ahal izateko path osoa zehaztu behar da, adibidez

    /software/mvapich2/bin/mpif90

    Inteleko Fortran, C y C++ kompiladoreak erabiltzeko exekutatu mpif90, mpicc e mpiCC.

    NX Zerbitzaria

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    NX terminal edo remotoko konexio grafiko bat egiteko tresna da.
    Gure PC-tik aplikazio grafikoak modu eraginkorrean erabilzteko oso gomendagarria da, esate baterako, Maestro, ADFView, starccm+, gaussview ea,. bezalako programa grafikoak. Konexioa Arinarekin egiterako garaian, Guinness, Pendulo edo Maiz erabili beharko dira.

    Nola erabili

    Dokumentu honetan pausoz pauso azaltzen dugu nola egin konexioa.

    Informazio gehiago

    NX bezeroak Nomachine web-orritik jeitxi dezakezue.

    Enpresak

    Zerbitzuko baliabideak edozein  enpresa edo unibertsitatetik kanpo dagoen edozein erakundearentzat eskuragarri daude. Informazio gehiago beharrez gero [intlink id=”647″ type=”page”]arremanetan jarri Zerbitzuko Teknikeriekin[/intlink].

    Empresentzako tarifak

    Enpresak, Tarifak

    CPU tarifa

    Konputazio baliabideak erabiltzeko tarifa 0.016 €/ordu bakoitzeko eta kore bakoitzeko da (B.E.Z. gabe). Laguntza teknikoa barne dago lan eta arazo txikientzako. Ez dago barne datuentzako diskoa ezta teknikarien zerbitzu espezializatuak, hauentzako aurrekontua eskatu beharko da.

    Disko tarifa

    Hurrengo irizpideak jarraituz fakturatuko da.

    1. Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
    2. Ez da fakturatuko 3 GB baino gutxiatik.
    3. Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
    4. Hurrengo taulan salneurriak erabiliko dira taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
    Taula: GB apartengatik ezarri diren tarifak kalkulu denboraren arabera. 
    CPU erabilera Diska tarifa
    (egunak) (Euro/Gb/hilabete)
    2500< cpu 0.1
    100< cpu <2500 0.5
    1< cpu <100 1.0
    0< cpu <1 1.5

    B.E.Z. gabe.

    Macromodel

    Kalkulu Softwarea

    Schrodinger-en Mekanika Molekularra erabiliz hainbat kalkuku mota egiten dituen programa da.

    Informazio Orokorra

    2011-ko otsaileraino izango da erabilgarria. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. 18 schrodinger token daude, macromodelek 2 behar ditu kalkulatzeko. Token-en egoera ikusteko

    checklicenses

    tresna erabili dezakezue uneoro zenbat token libre dauden jakiteko.

    Maestro erabili daiteke Macromodel programarako behar den inputa eraikitzeko. Maestro, Schrodinger-en tresna guztiak bateratzen dituen interface grafikoa da MAIZ, Guinness eta Pendulotik erabili daiteke.

    Maestro egikaritzeko agindua honakoa da:

    maestro &.

    NX bezeroaren bitartez erabilztea gomendatzen dugu. Ikus hemen nola:

    [intlink id=”2388″ type=”post”]Nola Erabili[/intlink]

    Informazio Gehiago

    Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

    Nola bidali Jaguar

    F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko

    send_jaguar komandoa

    Jaguar lanak bidaltzeko send_jaguar agindua sortu dugu.

    send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']

    non

    JOBNAME: Jaguarren sarrera datuen fitxategia.
    NODES: Nodo kopurua.
    PROCS: Prozesagailu kopurua.
    TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan
    MEM: memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe
    [``Other queue options''] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak.
    Aukera hauei buruzko informazio gehiago.

    Adibideak

    • job1 inputa duen kalkulua itaniumb motako nodo batera eta bertako 4 prozesagailu erabil ditzan esaten dugu. Memoria Gb batekoa eta denbora 4 ordu izanik.
    send_jaguar job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
    • job3 inputa duen kalkuluari, bi nodo, eta bakoitzek 4 prozesagailu erabil ditzan eskatzen dizkiogu. Memoria 8 Gb batekoa eta denbora 60 ordu izanik. Gainera 1234 lana bukatu ondoren abiatu daitekela soilik adieratzen dugu.
    send_jaguar job3 2 4 60:00:00 8  ``-W depend=afterany:1234''>
    • job3 inputa bidalzten dugu, nodo bat, eta 4 prozesagailu erabil ditzan eskatuz. Memoria 15 Gb-etakoa eta denbora 400 ordu izanik. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidaltzeko adierazten dugu nire.emaila@ehu.es helbidera.
    send_jaguar job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

    Qsub interaktiboa

    Kalkuluak bidali daitezke ere [intlink id=”667″ type=”post”]qsub interaktiboa.[/intlink] komandoarekin.

    DL_POLY

    Biokimika, Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    Daresbury Laborategian garatutako dinamika molekularreko programaren 4.02 bertsioa makromolekula, polimero, sistema ioniko, disoluzio eta beste sistema molekularentzako. Programa arkitektura guztietan instalatu egin da, Arinan eta Pédulon (2.2 bertsioa).

    Nola erabili

    Programa exekutatzeko idatzi skriptetan:

    /software/bin/DL_POLY/DL_POLY.Z

    GPGPU nodoetan sartzen bada programa GPGPUak erabilik exekutatuko da. gpu etiketa erabiliz [intlink id=”693″ type=”post”]kola sisteman[/intlink] bideratu daiteke lana GPGPU nodo batetara.

    Interfaz grafikoa ere instalatu egin da. Hau exekutatzeko gomendatzen dizuegu Pendulon edo Maizen egitea, azkarragoa baita. Exekutatzeko:

    /software/bin/DL_POLY/gui

    Hainbat tresnen iturriak ere instalatu dira ondorengo direktorioan /software/bin/DL_POLY/.

    Benchmark

    Benchmark txiki batzuen datuak egin ditugu 4.02 bertsioarekin. Bai paralilizazioa bai GPGPUen eraginkortasuna neurtzen da.

    System 1 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
    Itanium 1.6 GHz 1500 419 248 149 92 61
    Opteron 1230 503 264 166 74
    Xeon 2.27 GHz 807 227 126 67 37 25

    Lehenengo bencharmark honetan ikusten da xeon nodoak eraginkorragoak direla eta gomandagarriak lan luzeetarako. DL_POLYk oso ondo paralelizatzen du.

    System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores
    Itanium 1.6 GHz 2137 303 165 93 47
    Opteron 1592 482 177 134 55
    Xeon 2.27 GHz 848 180 92 48 28
    1 GPGPU 125 114 104 102
    2 GPGPU 77 72 69
    4 GPGPU 53 50
    8 GPGPU 37
    System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
    Xeon 2.27 GHz 2918 774 411 223 122 71
    1 GPGPU 362 333 338 337
    2 GPGPU 240 222 220
    4 GPGPU 145 142
    8 GPGPU 97

    GPGPUak kalkulua bizkortzen dute. GPGPU kopurua bikoizterakoan abiadura 1.5 alditan igotzen da, hau dela etaazkenean prozesadore asko erabiltzea eraginkorragoa da. Hartu dezagun azken benchmarka. Nodo bakoitzak 8 kore ditu eta 2 GPGPU. Nodo batean GPGPUak erabiliz 220 s behar dira eta koreak erabiliz 411 s. 4 GPGPU 32 kore baino azkarragoak dira baina 64 kore jadanik 71 s behar dituzte lana bukatzeko eta 8 GPGPU 97 s. GPGPUak PC bat edo nodo batean egindako kalkulu bat dezente bizkortzen dute baina kalkulu paralelo handientzako koreetako paralelizazioa eraginkorragoa da.

    DL_POLY sistema handietarako da eta milaka kore erabili ahal ditu. DL_POLYko dokumentazioaren arabera:

    The DL_POLY_4 parallel performance and efficiency are considered very-good-to-excellent as long as (i) all CPU cores are loaded with no less than 500 particles each and (ii) the major linked cells algorithm has no dimension less than 4.

    Informazio Gehiago

    DL_POLYren web orrialde nagusi.

    DL_POLYren eskuliburua (pdf).

    DL_POLY interfaz grafikoaren eskuliburua (pdf).

    GROMACS

    Kalkulu Softwarea

    Informazio orokorra

    2018 bertsioa. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

    It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.

    Nola erabili

    send_gmx

    GROMACS lanak kolara bidalzeko send_gmx tresna sortu dugu. Egikaritzerakona, aginduaren laguntza erakusten da. Erabiltzeko modua:

    send_gmx ``JOB and Options'' NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'' ]
    ``JOB and Options'': Kalkuluaren opzioak eta inputaren izena (extensioarekin). Oso garrantzitsua da komilla arten jartzea.
    NODES: Nodo kopurua.
    PROCS: Prozesagailu kopurua.
    TIME: kolari eskatutako denbora hh:mm:ss. formatuan
    MEM: memoria en Gb-etan.
    [``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua.
    Ikus beheko adibideak[intlink id=”632″ type=”post”]. informazio gehiago[/intlink]

    Adibideak

    send_gmx ``-s job1.tpr'' 1 4 04:00:00 1

send_gmx ``-s job2.tpr'' 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

send_gmx ``-s job.tpr'' 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Ohiko pbs script bat sortu eta hau ere bidlai daiteke gero kolara. send_gmx erabili dezakezue adibide bat sortzeko.

    Kalkuluen monitorizazioa

    remote_vi  erabiliz md.log fitxeroa ikutsiko dugu.

    Informazio gehiago

    http://www.gromacs.org/About_Gromacs