Siesta nola bidali

 1. Nola bidali Siesta

 2. send_siesta

 3. Qsub interaktiboa

 4. qsub tradizionala

 5. Lanen jarraipena

1. Nola bidali Siesta

Koletara bidaltzeko hiru era daude:

  • send_siesta komandoa erabiliz.
  • qsub interaktiboan erabiliz.
  • Qsub-entzako script arrunt bat sortuz.

2. send_siesta

send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu:

send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM ["Other queue options"]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria Gb-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak
job1 lana, nodo batean eta 4 itaniumb prozesadoretan bidalzteko:

send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 4 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu:

send_siesta job2 2 4 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

job2 lana 4 nodo 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako RAM memoria eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.

send_siesta job2 4 8 200:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_siesta aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -n burutuko du -azken kasua 2 edo nodo gehiago erabiliz gero-. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera.

 

3. Qsub interaktiboa

Exekutatu

qsub

eta erantzun galderei.

4. qsub tradizionala

Sortu pbs-rentzako scrip bat, hemen adibideak daude, non siesta exekutatzeko gehitu lerro hau

/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

non input fitxeroa gehitu estensio gabe.

5. Lanen jarraipena

      send_siesta edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:
remote_vi
gvim erabiliz, siesta kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol
xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.ANI fitxategia irekiko digu.
remote_qmde
xmgrace programarekin Dinamila Molekularra egiten ari den siesta kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik. Adibideak 3465 lanarentzako:

remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465