Cómo mandar NWchem

 1. send_nwchem

      1.1. Ejemplos

 2. qsub interactivo

 3. Monitorización de los cálculos

      3.1. Ejemplos

 4. ECCE

 5. Más información

1. send_nwchem

Para lanzar al sistema de colas Nwchem existe la utilidad send_nwchem. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación:

send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ]

  • JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensión.
  • PROCS: Número de procesadores.
  • TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
  • MEM: memoria en GB y sin especificar la unidad.
  • [«Otras opciones de Torque»] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Ver ejemplos más abajo. Más información sobre estas opciones

1.1. Ejemplos

Mandamos NWchem con el input job1 a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:

send_nwchem job1 4:itaniumb 04:00:00 1

Mandamos NWchem con el input job2 a 2 nodos, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arina:

send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

Mandamos NWchem con el input job3 a 4 nodos y 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 200:00:00 horas, 2 GB de RAM y que nos envíe un mensaje de correo al inicio y final del cálculo a la dirección especificada.

send_nwchem job3 32 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

El comando send_nwchem copia el contenido del directorio desde el que se lanza al /scratch o /gscratch -si se usan 2 o más nodos. Es allí donde realiza el cálculo.

2. qsub interactivo

Ejecutando

qsub

entramos en el modo qsub en interactivo y nos hace varias preguntas para preparar el trabajo, uno de los programas para los que está preparado es NWchem.

3. Monitorización de los cálculos

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, existen las suiguientes herramientas (sólo si ha sido enviado usando send_nwchem o qsub interactivo):

  • remote_vi: Nos enseña con el editor gvim el *.out del cálculo de nwchem.
  • remote_molden: Nos enseña con el molden el *.out del cálculo de nwchem.
  • remote_xmakemol: Para dimámicas. Nos enseña con el xmakemol el *.md.xyz del cálculo de nwchem.
  • remote_qmde: Nos enseña con el xmgrace la evolución de la energía respecto al tiempo de un cálculo de Dinámica Molecular.

El uso de todas estar herramientas es muy similar, hay que ejecutarlas seguido el identificador que el cálculo tiene en el sistema de colas.

3.1. Ejemplos

remote_vi 1243.arina
remote_xmakemol 2390.arina
remote_molden 2390.arina
remote_qmde 3432.arina

4. ECCE

ECCE 4.0.2 (Extensible Computational Chemistry Environment) es una aplicación desarrollada por el mismo grupo que Nwchem (ECCE Homepage). Dispone de una interface grafica que permite preparar inputs para nwchem, gaussian, y otros programas de química cuántica. Para su uso simplemente hay que ejecutar:

ecce &

Os recomendamos ejecutar ECCE en maiz y usando Nomachine NX.

5. Más información

Manual en línea de NwChem.

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