Comando send_gauss

El comando send_gauss envía los cálculos con g09.

Recomendamos el uso del comando send_gauss. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_gauss envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_vi y remote_molden (ver más abajo).

modo de uso del comando send_gauss es el siguiente:

send_gauss trabajo cola_o_tiempo num_proc [mem] [opciones de TORQUE]

donde:

• trabajo: Es el nombre del input de gaussian sin la extensión (*.com).
• cola o tiempo: Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).
• num_proc: El número de procesadores que se quiere usar por nodo, ha de ser igual o menor de 8 o un múltiplo de 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb
• mem:  la memoria en GB.
• [opciones de TORQUE]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.

Ejemplos

send_gauss h2o p_slow 8

Enviará el trabajo h2o en  1 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).

send_gauss h2o p_slow 16 20

Enviará el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadoresencada uno  a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.

send_gauss h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Enviará el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno,  con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.

Comando qsub interactivo

Si se ejecuta simplemente qsub sin añadir ninguna orden más:

qsub

este entrará en modo interactivo, nos realizará unas preguntas simples, que nos guiará en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. Más informacián en [intlink id=»233″ type=»post»]qsub interactivo[/intlink].

qsub tradicional

Podemos construir nuestro propio script para Torque. [intlink id=»237″ type=»post» target=»_blank»]En este enlace[/intlink] hay ejemplos adecuados.

Seguimiento del trabajo

Existen las herramietas remote_vi y remote_molden, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usar send_gaussian o qsub interactivo. Su uso el el siguiente:

remote_vi 2341
remote_molden 2341

o

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.