Cómo mandar Gaussian

 • Comando send_gauss

      • Ejemplos

 • Comando qsub interactivo

 • qsub tradicional

 • Seguimiento del trabajo

Comando send_gauss

El comando send_gauss envía los cálculos con g09.

Recomendamos el uso del comando send_gauss. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_gauss envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_vi y remote_molden (ver más abajo).

modo de uso del comando send_gauss es el siguiente:

send_gauss trabajo cola_o_tiempo num_proc [mem] [opciones de TORQUE]

donde:

  • trabajo: Es el nombre del input de gaussian sin la extensión (*.com).
  • cola o tiempo: Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).
  • num_proc: El número de procesadores que se quiere usar por nodo, ha de ser igual o menor de 8 o un múltiplo de 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb
  • mem:  la memoria en GB.
  • [opciones de TORQUE]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.

Ejemplos

send_gauss h2o p_slow 8

Enviará el trabajo h2o en  1 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).

send_gauss h2o p_slow 16 20

Enviará el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadoresencada uno  a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.

send_gauss h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Enviará el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno,  con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.

Comando qsub interactivo

Si se ejecuta simplemente qsub sin añadir ninguna orden más:

qsub

este entrará en modo interactivo, nos realizará unas preguntas simples, que nos guiará en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. Más informacián en qsub interactivo.

qsub tradicional

Podemos construir nuestro propio script para Torque. En este enlace hay ejemplos adecuados.

Seguimiento del trabajo

Existen las herramietas remote_vi y remote_molden, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usar send_gaussian o qsub interactivo. Su uso el el siguiente:

remote_vi 2341
remote_molden 2341

o

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.

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