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Software de Desarrollo (Compiladores y Librerías)

HMPP

Información general

Versión 2.5.2 del compilador de código C y Fortran para GPGPUs, basado en directivas. Soporta Nvidia CUDA y OpenCL.

Cómo ejecutar

Para ejecutar el compilador usar

hmpp

por ejemplo, para compilar con el compilador gcc el programa test.c

hmpp gcc test.c -o test

Más información

Página web de hmpp

GSL

Versión 1.16 de las librerías matemáticas generadoras de números aleatorios, funciones especiales, fft, álgebra lineal, funciones especiales,… y más de 1000 funciones en total.

Para información sobre las librerías y como enlazarlas usar el comando

gsl-config

Más información en GSL home page.

CUDA

Información General

Versión 3.2 del entorno de desarrollo para GPUs, incluye compiladores, debbugers, librerías matemáticas,etc que permiten escribir programas para ser ejecutados en GPUs. Es desarrollado por Nvidia y solo sirve para crear códigos para sus tarjetas gráficas.

Para más detalles sobre su uso y como ejecutarlo consulta con los técnicos por favor.

Más información

Página para desarrolladores de Nvidia.

Portland – PGI

Información general

Versión 10.9 de los compiladores y herramientas de desarrollo de Portlan Group. Consulta con los técnicos si quieres más información sobre su uso.

GPUs

La tecnología de los compiladores de PGI permite compilar fácilmente código hecho en Fortran y C para su ejecución en GPUs. Más detalles en la web de PGI.

Otras características

Includes The Portland Group’s native parallelizing/optimizing FORTRAN 77, Fortran 90/95/03, HPF, OpenMP C++ and ANSI C compilers for 64-bit x64 and 32-bit x86.

Provides the features, quality, and reliability necessary for developing and maintaining advanced scientific and technical applications. Includes the PGDBG OpenMP and MPI parallel graphical debugger and the PGPROF OpenMP and MPI parallel graphical performance profiler that can debug and profile up to 16 local MPI processes. PGI Server also includes a precompiled MPICH message passing library.

Más Información

Página de web The Portland Group – PGI.

Software de desarrollo

Compiladores y versiones instaladas en las diferentes arquitecturas.

Compiladores

Xeon
Itanium Opteron
Pendulo
GNU ok ok ok ok
Intel ok ok ok ok
Portlan (PGI) 10.9 10.9
Cuda 3.2
Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM(build 14.0-b16, mixed mode)
HMPP ok

MPI

Xeon
Itanium
Opteron Pendulo
HP-MPI ok ok
Bull-MPI ok ok
Intel MPI ok ok ok
Openmpi ok ok
mvapich2 1.4.1 ok

Librerías

Xeon Itanium
Opteron Pendulo
Intel MKL ok ok ok ok
FFTW ok ok ok ok
GSL ok ok ok ok

Librerías FFTW

Librerías Fastest Fourier Transform in the West para relizar todo tipo de transformadas de Fourier.

Está instalada la versión 3.3.3 en /software/fftw. Se han compilado con varios tipos (threads, simple precission,etc)

Para linkarlas se debe usar

-L/software/fftw -lfftw3

Ante cualquier duda consultar a los técnicos.

Más información en la página web de FFTW.

Librerías MPI

Información general

Las Librerías MPI son las más utilizadas a la hora de realizar cálculos distribuidos. Existen numerosas variedades. En el servicio tenemos HP-MPI. MPIbull2 … Las últimas versiones disponibles son IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 y mvapich2 1.5. Puedes de manera gráfica la disponibilidad en esta tabla .

Consulta con los técnicos ante cualquier duda o para solicitar más información.


Librerías instaladas por defecto

Las versiones instaladas por defecto en estos momentos son:

  • En los nodos Itanium (Arina) mpibull2.
  • En los nodos Opteron (Maiz) Intelmpi.
  • En los Xeon (Guinness-Katramila) Intelmpi.
  • Intelmpi en Pendulo.

Librerías intelMPI

Están disponibles en los nodos xeon y opteron (Arina y maiz). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando

source /software/intel/impi_latest/bin64/mpivars.sh

Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpiifort, mpiicc e mpiicpc respectivamente. Para compilar con los compiladores de GNU emplear mpif90, mpicc e mpiCC.

Librerías MPIbull2

Están disponibles en los nodos xeon e itanium (Guinness y Arina). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando

source /opt/mpi/mpibull2-1.3.9-18.s/share/mpibull2.sh

Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpif90, mpicc e mpiCC.

Librerías hpMPI

Están disponibles en los nodos itanium e opteron (Arina y Maiz). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando

export PATH=/opt/hpmpi/bin:$PATH

Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpif90, mpicc e mpiCC.

Librerías openMPI

Están disponibles en los nodos xeon (Guinness) y Pendulo. Están instaladas en /software/openmpi. Para usar estas librerías hay que especificar el path completo, por ejemplo:

/software/openmpi/bin/mpif90

Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar los binarios mpif90, mpicc e mpiCC.

Librerías mvapich2

Están disponibles en los nodos xeon (Guinness). Están instaladas en /software/mvapich2. Para usar estas librerías hay que especificar el path completo, por ejemplo:

/software/mvapich2/bin/mpif90

 

Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar los binarios mpif90, mpicc e mpiCC.

Compiladores de Intel

Información general

Recomendamos en general, pero encarecidamente en los nodos Itanium2, los compiladores de Intel sobre los de GNU. En los itanium2 hemos llegado a acelerar un programa en 50 veces con solo compilarlo con el de Intel.

Hemos realizado un manual sobre como compilar (pdf) en las máquinas del servicio y como usar de forma sencilla todos los nodos de cálculo disponibles en el servicio. Es muy recomendable leerlo.

Para más información o si tienes dudas no dudes en preguntar a los técnicos.

Compiladores instalados por defecto

  • En los nodos Itanium compiladores Intel 11.1 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).
  • En los nodos Xeon compiladores Intel  15.0 Fortran (ifort), C (icc) eta C++ (icpc).

Cómo ejecutar

Los ejecutables de fortran, C y C++ son ifort, icc, icpc.

Más información

Para más información ejecutar, por ejemplo, ifort -help o similar para compilador o preguntar a los técnicos.

Manual del lenguaje Fortan

Manual del compilador Fortran

Manual del compilador de C

Librerías Matematicas de Intel (MKL)

Información general

Estas librerías incluyen las librerías LAPACK y BLAS, pero también transformadas de Fourier, PARDISO (resuelve grandes sistemas de equaciones lineales), funciones matemáticas (Vector Math Library-VML) y funciones estadísticas (Vector Statistical Library-VSL). Están disponibles en todas las máquinas del servicio.

Para más información o si tienes dudas no dudes en preguntar a los técnicos.

 

Cómo linkarlas

Si no sabes exactamente como linkarlas en las diferentes arquitecturas, por favor, consulta con los técnicos.

 

Librerías instaladas por defecto

Las versiones instaladas por defecto son:

  • 11.1 en los nodos Itanium2 (/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/64).
  • 15.0 en los nodos Xeon (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).
  • 15.0 en Péndulo (/software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).

 

Más Información

Guía del usuario de las MKL 10.1

Manual de las MKL 10.1

Manual de las VSL

Información en línea.