Versión 2.5.2 del compilador de código C y Fortran para GPGPUs, basado en directivas. Soporta Nvidia CUDA y OpenCL.
Para ejecutar el compilador usar
hmpp
por ejemplo, para compilar con el compilador gcc el programa test.c
hmpp gcc test.c -o test
Versión 1.16 de las librerías matemáticas generadoras de números aleatorios, funciones especiales, fft, álgebra lineal, funciones especiales,… y más de 1000 funciones en total.
Para información sobre las librerías y como enlazarlas usar el comando
gsl-config
Más información en GSL home page.
Versión 3.2 del entorno de desarrollo para GPUs, incluye compiladores, debbugers, librerías matemáticas,etc que permiten escribir programas para ser ejecutados en GPUs. Es desarrollado por Nvidia y solo sirve para crear códigos para sus tarjetas gráficas.
Para más detalles sobre su uso y como ejecutarlo consulta con los técnicos por favor.
Página para desarrolladores de Nvidia.
Versión 10.9 de los compiladores y herramientas de desarrollo de Portlan Group. Consulta con los técnicos si quieres más información sobre su uso.
La tecnología de los compiladores de PGI permite compilar fácilmente código hecho en Fortran y C para su ejecución en GPUs. Más detalles en la web de PGI.
Includes The Portland Group’s native parallelizing/optimizing FORTRAN 77, Fortran 90/95/03, HPF, OpenMP C++ and ANSI C compilers for 64-bit x64 and 32-bit x86.
Provides the features, quality, and reliability necessary for developing and maintaining advanced scientific and technical applications. Includes the PGDBG OpenMP and MPI parallel graphical debugger and the PGPROF OpenMP and MPI parallel graphical performance profiler that can debug and profile up to 16 local MPI processes. PGI Server also includes a precompiled MPICH message passing library.
Página de web The Portland Group – PGI.
Compiladores y versiones instaladas en las diferentes arquitecturas.
Compiladores |
Xeon |
Itanium | Opteron |
Pendulo |
| GNU |  |
|
|
|
| [intlink id=»454″ type=»post»]Intel[/intlink] | |
|
|
|
| [intlink id=»3664″ type=»post»]Portlan (PGI)[/intlink] | 10.9 | 10.9 | ||
| [intlink id=»3672″ type=»post»]Cuda[/intlink] | 3.2 | |||
| Java | Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) | Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) | Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM(build 14.0-b16, mixed mode) | |
| [intlink id=»5434″ type=»post»]HMPP[/intlink] | |
|||
MPI |
Xeon |
Itanium |
Opteron | Pendulo |
| [intlink id=»459″ type=»post»]HP-MPI[/intlink] | |
|
||
| [intlink id=»459″ type=»post»]Bull-MPI[/intlink] | |
|
||
| [intlink id=»459″ type=»post»]Intel MPI[/intlink] | |
|
|
|
| [intlink id=»459″ type=»post»]Openmpi [/intlink] | |
|
||
| [intlink id=»459″ type=»post»]mvapich2 1.4.1 [/intlink] | |
|||
Librerías |
Xeon | Itanium |
Opteron | Pendulo |
| [intlink id=»447″ type=»post»]Intel MKL[/intlink] | |
|
|
|
| [intlink id=»462″ type=»post»] FFTW[/intlink] | |
|
|
|
| [intlink id=»3775″ type=»post»] GSL[/intlink] | |
|
|
|
Librerías Fastest Fourier Transform in the West para relizar todo tipo de transformadas de Fourier.
Está instalada la versión 3.3.3 en /software/fftw. Se han compilado con varios tipos (threads, simple precission,etc)
Para linkarlas se debe usar
-L/software/fftw -lfftw3
Ante cualquier duda consultar a los técnicos.
Más información en la página web de FFTW.
Las Librerías MPI son las más utilizadas a la hora de realizar cálculos distribuidos. Existen numerosas variedades. En el servicio tenemos HP-MPI. MPIbull2 … Las últimas versiones disponibles son IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 y mvapich2 1.5. Puedes de manera gráfica la disponibilidad en [intlink id=»2768″ type=»post»]esta tabla[/intlink] .
Consulta con los técnicos ante cualquier duda o para solicitar más información.
Las versiones instaladas por defecto en estos momentos son:
Están disponibles en los nodos xeon y opteron (Arina y maiz). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando
source /software/intel/impi_latest/bin64/mpivars.sh
Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpiifort, mpiicc e mpiicpc respectivamente. Para compilar con los compiladores de GNU emplear mpif90, mpicc e mpiCC.
Están disponibles en los nodos xeon e itanium (Guinness y Arina). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando
source /opt/mpi/mpibull2-1.3.9-18.s/share/mpibull2.sh
Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpif90, mpicc e mpiCC.
Están disponibles en los nodos itanium e opteron (Arina y Maiz). Si no están por defecto se pueden cargar ejecutando
export PATH=/opt/hpmpi/bin:$PATH
Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar mpif90, mpicc e mpiCC.
Están disponibles en los nodos xeon (Guinness) y Pendulo. Están instaladas en /software/openmpi. Para usar estas librerías hay que especificar el path completo, por ejemplo:
/software/openmpi/bin/mpif90Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar los binarios mpif90, mpicc e mpiCC.
Están disponibles en los nodos xeon (Guinness). Están instaladas en /software/mvapich2. Para usar estas librerías hay que especificar el path completo, por ejemplo:
/software/mvapich2/bin/mpif90
Para compilar con los compiladores de Intel Fortran, C y C++ ejecutar los binarios mpif90, mpicc e mpiCC.
Recomendamos en general, pero encarecidamente en los nodos Itanium2, los compiladores de Intel sobre los de GNU. En los itanium2 hemos llegado a acelerar un programa en 50 veces con solo compilarlo con el de Intel.
Hemos realizado un manual sobre como compilar (pdf) en las máquinas del servicio y como usar de forma sencilla todos los nodos de cálculo disponibles en el servicio. Es muy recomendable leerlo.
Para más información o si tienes dudas no dudes en preguntar a los técnicos.
Los ejecutables de fortran, C y C++ son ifort, icc, icpc.
Para más información ejecutar, por ejemplo, ifort -help o similar para compilador o preguntar a los técnicos.
Estas librerías incluyen las librerías LAPACK y BLAS, pero también transformadas de Fourier, PARDISO (resuelve grandes sistemas de equaciones lineales), funciones matemáticas (Vector Math Library-VML) y funciones estadísticas (Vector Statistical Library-VSL). Están disponibles en todas las máquinas del servicio.
Para más información o si tienes dudas no dudes en preguntar a los técnicos.
Si no sabes exactamente como linkarlas en las diferentes arquitecturas, por favor, consulta con los técnicos.
Las versiones instaladas por defecto son:
/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/64)./software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64)./software/intel/composerxe/mkl/lib/intel64).