Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

Lanak Bidaltzeko

send_espresso

send_espresso

Lanak kolara bidaltzeko send_espresso tresta egin dugu. Argumenturik gabe exekutatzen badugu laguntza erakusten digu:

send_espresso input.in Executable Nodes Procs_per_node Time [Mem] [``Other queue options'' ]

input Kalkuluaren  inputaren izena (extensiorik gabe)
Executable Erabiltzea nahi den espressoren exekutagarria:pw.x, ph.x,…
Nodes Nodo kopurua
Procs_per_node
Prozesagailu kopurua nodo bakoitzeko
Time kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan
Mem memoria en GB-etan.
[``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua. Ikus beheko adibideak

Adibideak

send_espresso job1 ph.x 1 4 04:00:00 1

send_espresso job2 cp.x 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

send_espresso job3 pw.x 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Modu klasikoan

Espressoko programak /software/Espresso/bin-en instalatutak daude. Adibidez pw.x exekutatzeko kola sisteman erabili:

source /software/Espresso/compilervars.sh
/software/Espresso/bin/pw.x -npool ncores < input_file > output_file

-npool ncores aukeran ncores erabili behar diren core copuruagatik ordezkatu behar da, honek abiadura hobetzen du. Kore bat baino gehiago eskatzen bada automatikoki paralelon exekutatzen da.

Orca nola bidali

send_orca agindua

send_orca aginduak Orca lanak  modu erraz batean bidaltzen ditut ilara sistemara.

Send_orca komandoa erabiltzea gomendatzen dugu. Komando honek TORQUE  scripta prestatu eta ilarara bidaliko du.  remote_molden/remote_vi (ikus behean)  tresnekin jarraitu ahal izango dira kalkukluaren gorabeherak.

Erabiltzeko modua honakoa da:

send_orca lana kola_edo_denbora num_node num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
  • lana: Orca sarrera fitxategia inp luzapena  gabe izena.
  • kola edo denbora:  ilara edo  kalkulu denbora formatuan ( mm: ss hh)  zehaztu daitezke.
  • num_node: Erabili nahi den nodo kopurua.
  • num_proc:  nodo bakoitzeko erabili nahi dituzun  prozesadoreak kopurua 8 edo 8 baino txikiagoa izateaz gain,  8-ren multiploa ere izan daiteke.
  • mem:  memoria en GB-etan.
  • [beste TORQUE aukerak]: TORQUE-ren aukra aurreratuak.

Adibideak

send_orca h2o p_slow 1 8
send_orca h2o p_slow 2 8 20
send_orca h2o 23:00:00 1 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Lanen Jarraipena

remote_vi  eta remote_molden tresnak erabili daitezke  *.out  fitxategia aztertzeko. Adibidez:

remote_vi 2341

remote_molden 2341

edo

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

non 2341(.arina)  ilarako  lanaren identifikatzailea den.

TORQUE/MAUI Ilara-sistema

Zerbitzarian test txikiak konpilatu eta egin daitezke: ordu bete baino gehiagoko lanak automatikoki ezabatzen dira. Kalkulu handiagoak egiteko ilara-sistemaren bidez bidali behar dira. (más…)

Ohizko qsub komando

Programak ilaretara bidaltzeko agindu hau erabiltzen da qsub:

qsub script_file
(más…)

qsub interaktiboa

Modu interaktiboa: Ez bada inongo fitxeroa zehazten eta qsub soilik exekutatzen bada
 (más…)

Pendulora eta Arinara bidaltzeko

Arina eta Péndulo TORQUE/MAUI ilara sistema banatutak dite. Konektatuta zauden serbitzariko ilara sistemara bidaltzen da lana defektuz. Lanak bidaltzeko komandoa da:
(más…)

Beste TORQUE Agindu Interesgarriak

Informazio eta agindu gehiago nahi badituzu, jo ezazu TORQUE eta MAUI eskuliburuetara.

Torqueren online eskuliburua.

Mauiren online eskuliburua

TORQUEk posta-helbide jakin batera mezua bidal diezagun agindu dezakegu, jakiteko lana noiz hazten den ibiltzen (b); lana bukatutakoan ere (e) mezua bidal diezaguke ; horretarako, scriptari hau gehitu behar diogu:

#PBS -M nirekontua@ehu.es
#PBS -m be

Nodo mota edo arkitektura aukeratzko etiketa bat gehitu behar zaio nodes lerrora. Balio diren etiketak opteron, itanium, itanium4, itanium8 eta itaniumb. Nodoak dituzten etiketak itanium eta opteron ezaugarrietan ikusi daitezke. Jarri adibidez:

#PBS -l nodes=1:ppn=8:itanium

Lana bidaltzeko nodoak aukera daitezke. Adibidez, scriptaren lerro honekin:

#PBS -l nodes=cn13:ppn=4+cn14:ppn=2

lana 4 prozesadore dituzten cn13 nodoetara eta 2 prozesadore dituen cn14 nodora bidaltzen du.

Lana kide garen beste talde batera bidali nahi badugu eta talde hori lehenetsita ez badago, erantsi sasiagindu hau:

#PBS -W group_list=grupo

grupo taldearen izena da. Lan horren fakturazioa adierazitako taldeari egokitzen zaio.

Gaussian nola bidali

send_gauss agindua

G09 lanak bidaltzeko agindu hau erabiltzea gomendatzen dugu. Honek, gaussianeko *.com-ean prozesagauilu kopurua eta memoria egokitzeaz gain, torqueren kolako sarrera fitxategia ere prestatuko du.

Lana, exekuzio nodoetan egingo da eta emaitza bertan gorde. Lana jarraitu ahal izateko remote_vi eta remote_molden prestatu ditugu (ikusi beherago).

send_gauss erabiltzeko modua honakoa da:

send_gauss lana denbora  proz_kop [mem] [ TORQUE beste aukerak]

Zein:

  • lana: gaussian inputaren izena da *.com estensiorik gabe.
  • denbora:  oo:mm:ss formatoan, kakuluarentzat eskatzen den denbora.
  • proz_kop: Erabiltzea nahi den prozesagailu kopurua, 8 baino txikiagoa edo 8ren multiploa izan behar du . Prozesagailu mota ere adierazi daiteke “:xeon”, “:itanium”, edo “:opteron”.
  • mem:  zenbat memoria eskatzen den nodo bakiotzeko
  • [TORQUE Aukera Aurreratuak]: torque ilara sistemari adierazi nahi zaizkion aukera aurreratuak.

Adibideak

send_gauss h2o 400:00:00 16

h2o lana  16 prozesagailuetara bidaliko du, 8 prozesagailu nodo bakoitzean,  400:00:00 ordutarako.  Memoria defektuzkoa jarriko zaio,  (nproc*900mb), 7200mb.

send_gauss h2o 10:00:00 8 60

h2o  8 prozesagailuetara bidaliko du (nodo bakarrera)   60gb-etako  RAM memoria eskatuz. Lanak 10 ordu iraungo ditu gehienez.

send_gauss h2o 23:00:00 16:itaniumb 16 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

h2o en 16   itaniumb motako prozesagailuetara bidaliko du, 16gb-etako   RAM memoria erreserbatuz. Eskatutako denbora 23 ordutakoa da. Torque ilara sistema, lana hasi eta bukatzean email bay bidaliko du “niri@ehu.es” helbidera.  Gainera,  4827 lana bukatu harte ezingo da hasi.

qsub interaktiboa

qsub

exekutatzen bada menu interaktibo bat agertuko zaigu eta honek egindako galderak erantzunez g09 bidlai hal izango da. qsub interaktiboari buruzko informazio gehiago.

Ohiko qsub

Torquerako qsub skritp bat presta daiteke zuzenean. Esteka honetan adibide batzuk daude.

Lanaren jarraipena

remote_vi eta remote_molden aginduek, lana exekutatzen ari den bitartean .log fitxeroa ikusteko edo Molden-ekin marrasteko aukera eskeintzen dute. Lana send_gauss edo qsub interaktiboarekin bidali behar da.

remote_vi 2341
remote_molden 2341.arina

edo

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341

non 2341(.arina) lanaren identifikadorea den.

Siesta nola bidali

Nola bidali Siesta

Koletara bidaltzeko hiru era daude:

  • send_siesta komandoa erabiliz.
  • qsub interaktiboan erabiliz.
  • Qsub-entzako script arrunt bat sortuz.

send_siesta

send_siesta agindua sortu dugu Siesta lanak bidaltzeko. send_siesta Arina-n egikaritzean, aginduaren sintaxia erakusten da, jarraian laburtzen dugu:

send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM ["Other queue options"]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria Gb-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak
job1 lana, nodo batean eta 4 itaniumb prozesadoretan bidalzteko:

send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 4 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu:

send_siesta job2 2 4 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

job2 lana 4 nodo 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako RAM memoria eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.

send_siesta job2 4 8 200:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_siesta aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -n burutuko du -azken kasua 2 edo nodo gehiago erabiliz gero-. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera.

 

Qsub interaktiboa

Exekutatu

qsub

eta erantzun galderei.

qsub tradizionala

Sortu pbs-rentzako scrip bat, hemen adibideak daude, non siesta exekutatzeko gehitu lerro hau

/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

non input fitxeroa gehitu estensio gabe.

Lanen jarraipena

      send_siesta edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:
remote_vi
gvim erabiliz, siesta kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol
xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.ANI fitxategia irekiko digu.
remote_qmde
xmgrace programarekin Dinamila Molekularra egiten ari den siesta kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik. Adibideak 3465 lanarentzako:

remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465

Macromodel Nola Bidali

  1. Sarrera fitxategiak prestatu eta gero, kalkulua ilara sistemara bidaltzeko moduak honakoak dira:
    • send_mmodel:
      send_mmodel JOBNAME
      JOBNAME input-aren izena delarik.
    • qsub interaktibo-a erabiliz.

    Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

Nola bidali Jaguar

send_jaguar komandoa

Jaguar lanak bidaltzeko send_jaguar agindua sortu dugu.

send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']

non

JOBNAME: Jaguarren sarrera datuen fitxategia.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua.
TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan
MEM: memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe
[``Other queue options''] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak.
Aukera hauei buruzko informazio gehiago.

Adibideak

  • job1 inputa duen kalkulua itaniumb motako nodo batera eta bertako 4 prozesagailu erabil ditzan esaten dugu. Memoria Gb batekoa eta denbora 4 ordu izanik.
send_jaguar job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
  • job3 inputa duen kalkuluari, bi nodo, eta bakoitzek 4 prozesagailu erabil ditzan eskatzen dizkiogu. Memoria 8 Gb batekoa eta denbora 60 ordu izanik. Gainera 1234 lana bukatu ondoren abiatu daitekela soilik adieratzen dugu.
send_jaguar job3 2 4 60:00:00 8  ``-W depend=afterany:1234''>
  • job3 inputa bidalzten dugu, nodo bat, eta 4 prozesagailu erabil ditzan eskatuz. Memoria 15 Gb-etakoa eta denbora 400 ordu izanik. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidaltzeko adierazten dugu nire.emaila@ehu.es helbidera.
send_jaguar job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

Qsub interaktiboa

Kalkuluak bidali daitezke ere qsub interaktiboa. komandoarekin.

Wien2k Nola Bidali

WIEN2k programak fitxero berezia erabiltzen du lanak koletara bidaltzeko. Script hau bidaltzeko erabili

qsub script_file

run_lapw programa paraleloa egikaritzen duen scriptaren plantilla

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=[val]:ppn=[val]
#PBS -l walltime=[val]
#PBS -l mem=[val]

# Vamos a nuestro home
cd $PBS_O_WORKDIR

#Creamos el fichero .machines
cat $PBS_NODEFILE |cut -c1-6 >.machines_current
aa=$(wc -l .machines_current |cut -d " " -f 1)
echo '#' > .machines

i=1
while [ $i -le $aa ];do
echo -n '1:' >>.machines
head -$i .machines_current |tail -1 >> .machines
let i=i+1
done
echo 'granularity:1' >>.machines
echo 'extrafine:1' >>.machines

#Nuestro directorio de scratch
scrt=/scratch/$USER/$(echo $PBS_O_WORKDIR |xargs basename)
outdir=bukatuta_$PBS_JOBID
export SCRATCH=$scrt/scratch

#Creamos el directorio
mkdir $scrt
mkdir $scrt/scratch

#Copiamos los archivos al directorio scratch
#Usaremos cp -r $scrt para copiar también subdirectorios.
cp $PBS_O_WORKDIR/* $scrt
cp .machines $scrt

#Nos movemos de directorio
cd $scrt

#Ejecutamos WIEN2k en paralelo
run_lapw -p
#Movemos los archivos finales
mkdir  $PBS_O_WORKDIR/$outdir
mv -f $scrt/* $PBS_O_WORKDIR/$outdir
mv -f $scrt/.machines $PBS_O_WORKDIR/$outdir

#Borramos el directorio
rmdir $scrt
rm .??*

#PBS-rekin hasten diren lerroak ilara-kudeatzailearentzako aginduak dira; hauek aukeratzen dituzte:

nodes: [opcional] Kalkulu-nodoa aukeratzeko erabil daiteke (adibidea: [name]=cn14).

mem: Kalkulatzeko gordetako RAM memoria, mb edo gb-tan neurtua (adibide: [val]=100mb).

walltime: Mikroprozesadorean erreserbatutako denbora, ordua/minutua/segundoa formatuan (adibidea: [val]=24:00:00).

#-rekin hasten diren gainerako lerroak komentarioak dira.

Scriptean $USER aldagaiak erabiltzailearen izena bueltatzen du, $PBS_O_WORKDIR aldagaiak qsub agindua exekutatzen den lan-direktorioa eta $PBS_JOBID aldagaiak lanaren identifikazio-zenbakia.

Gamess Lanak Nola Bidali

Informazio Orokorra

12 JAN 2009 (R1)  bertsioa dago instalatuta.

send_gamess Agindua

send_gamess agindua erabiltzea gomendatze dugu Gamess lanak bidaltzeko. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El el *.log se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto.

send_gamess nola erabili

send_gamess trabajo num_nodos num_proc tiempo MEM (opciones del TORQUE)

non:

trabajo: gamess programaren sarrera fitxategia da extensiorik gabe.
cola o tiempo: Kolaren izena edo denbora adierazi daitezke atal honetan. Denboraren formatoa hh:mm:ss izan behar da.
num_nodos: Erabiltzea nahi den nodo kopurua.
num_proc: el número de procesadores que se quiere usar. Máximo 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb
mem: La memoria en Gb. Si no se especifica, el valor por defecto es nproc*900mb.
(opciones del TORQUE) Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestros de colas TORQUE. Más información sobre estas opciones

Adibideak:

send_gamess ti3_cor 1 8 90:00:00 4

Enviará el trabajo ti3_cor en 1 nodo, con 8 procesadores, 90 horas de duración y 4Gb de memoria RAM.

send_gamess ti3_cor 4 8 190:00:00 16
Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos, y 8 procs en cada nodo, solicitando 190 horas y 16gb de memoria RAM.

send_gamess ti3_cor 4 4:itanium4 23:00:00 4 ``-m be -M niris@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos con 4 procesadoeres que tengan la propiedad itanium4, 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.

Kalkulua jarraitzeko

Para poder visualizarlo, tenemos disponibles las herramientas

Para relaizar el seguimiento del trabajo existen las herramietas remote_vi y remote_molden. Su uso el el siguiente:

remote_vi 2341
o
remote_vi 2341.arinab

donde 2341(/.arinab) es el identificador del trabajo en la cola.

qsub interaktiboa

También se puede lanzar gamess con el comando qsub interactivo.

Nola bidali NWchem

send_nwchem

send_nwchem komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko. Usage:

send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [“Other queue options”]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

job1 lana, itaniumb nodo batean eta 4 prozesadoretan bidalzteko:

send_nwchem job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
    job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 8 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu.
send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
    job2 lana 4 nodo 4 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako Ram memroia eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.
send_nwchem job2 32 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_nwchem aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -2 edo nodo gehiago erabiliz gero- kopiatuko du, kalkulua bertan burutuko da. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera

Qsub interaktiboa

Exekutatzen bada

qsub

qsub interaktiboan sartuko gara eta galdera batzuk egingo dizkizu

Lanen jarraipena

send_nwchem edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:¡
remote_vi:gvim erabiliz, nwchem kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_molden: moldenl erabiliz, siesta kalkuluaren *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol: xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.md.xyz fitxategia irekiko digu.
remote_qmde: xmgrace programarekin dinamika molekularra egiten ari den NWchem kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik.

Adibideak

remote_vi 1243
remote_xmakemol 2390
remote_molden 2390
remote_qmde 3432

ECCE 4.0.2

(Extensible Computational Chemistry Environment) NWchem talde bera garatutako programa (ECCE Homepage). Grafikoki NWchem, Gaussian eta beste kimika kuantikako programentzako inputak sortzeko da. Erabiltzeko exekutatu:ecce &Maiz-etik erabiltzea gomendatzen dizuegu  erabiliz.

Informazio gehiago

NwChem web eskuliburua.

Turbomole nola Bidali

send_turbo

Turbomole lanak bidaltzko,  send_turbo tresna sortu dugu.  Exekutatzean nola erabili eta aukera desberdinak erakusten du.

send_turbo "EXEC and Options" JOBNAME TIME[or QUEUE] PROCS[property]  MEM [``Otherqueue options'' ]

  • EXEC: Erabiltzea nahi den programaren izena.
  • JOBNAME: input-ren izena (normalean control).
  • PROCS: Prozesadore kopurua.
  • TIME[or QUEUE]: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan (edo ilararen izena).
  • MEM: memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
  • [“Otras opciones de Torque”] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak

Turbomole bidaltzeko (jobex) control inputarekin 4 orduko walltime eskatuz, 8 core eta 1 GB RAM memoria exekutatu:

send_turbo jobex control 04:00:00 8 1

Turbomole bidaltzeko (jobex -ri) control inputarekin 192 orduko walltime eskatuz, 16 core, 1 GB RAM, eta 1234 lana bukatu eta gero exekuta dadin memoria exekutatu:

send_turbo jobex -ri control 192:00:00 16 8 ``-W depend=afterany:1234''

Send_turbo aginduak direktorioan dauden fitxategiak /scratch edo /gscratch katalogora kopiatu eta bertan exekutatzen du kalkulua nodo bat edo gehiago erabiltzen direnaren arabera.