Informazio orokorra
Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy.Versión de Mayo de Github.
Nola erabili
SCIPION erabiltzeko exekutatu
/software/bin/scipion
Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy.Versión de Mayo de Github.
SCIPION erabiltzeko exekutatu
/software/bin/scipion
Bertsioa: 1.62.3
Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers.
Lanak bidaltzeko send_qbox tresna prestatu dugu honako erabilerarekin:
send_qbox JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME
send_box [Enter] egikarituta erabilgarri dauden beste hainbat aukera erakutsiko dira. Programa /software/qbox katalogoan dago kokatuta.
Qbox Web orrialdea.
MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, genomic scaffolds, open-reading frames, variant motifs, taxonomic or functional annotations, Krona charts and HTML report. 1.5rc3 version.
Koletara lanak bidaltzeko
send_metamos
komandoa erabili daiteke eta egiten dituen galderak erantzuten. Kontutan hartu MetAMOS memoria asko behar duela, gutxi gorabehera RAM GB bat milioi read bakoitzeko.
MetAMOS web orrialdea.
QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through publication quality graphics and statistics. This includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, and phylogenetic reconstruction, and diversity analyses and visualizations. QIIME has been applied to studies based on billions of sequences from tens of thousands of samples
QIIME lanak bidaltzeko exekutatu
send_qiime
eta erantzun galdereí.
QIIME [intlink id=”7744″ type=”post”]USEARCH[/intlink] paketea erabili dezake.
[intlink id=”7700″ type=”post”]USEARCH[/intlink].
1.3.2 ABySS bertsioa (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke.
Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6059″ type=”post”]velvet[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.
Exekutableak /software/abyss/bin
karpetan daude. Kolako skriptetean exekutatzeko gehitu adibidez:
/software/abyss/bin/abyss-pe [abyss-pe opzioak]
Begiratu ere instalatuta dagoen [intlink id=”6059″ type=”post”]velvet[/intlink] eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.
Abysseko benchmark batzuk egin dira. Benchmarkak HeSeq2000 NGS Illumina batek emandako datuegin egin dira 100 bp sekuentzia bakoitzeko. 1. taulan ikus dezakegu nola ABySSek eskalatzen duen kore kopuruaren arabera, ikus daitekeen bezala ondo paralelizatzen du 8 kore arte.
Koreak | 2 | 4 | 8 | 12 | 24 |
Denbora (s) | 47798 | 27852 | 16874 | 14591 | 18633 |
Azelerazioa | 1 | 1.7 | 2.8 | 3.3 | 2.6 |
Errendimendua (%) | 100 | 86 | 71 | 55 | 21 |
Exekuxio denbora era neurtu dugu datu tamainaren funtzioan. 2. taulan erakusten da nola milioi bat sekuentziatik 10 milioietara pasatzean denbora ere 10 aldiz handiagoa dela. 10 milioitin 100 milioi sekuentzietara pasatzean denbora 10 eta 20 artean handitzen da. Beraz, exekuzio denboraren konportamendua gutxi gorabehera lineala da.
Sekuentziak | 10e6 | 10e7 | 10e8 |
Denbora 2 koretan (s) | 247 | 2620 | 47798 |
Denbora 4 koretan (s) | 134 | 1437 | 27852 |
Denbora 8 koretan (s) | 103 | 923 | 1687 |
Programa hauetan exekuzio denbora baino garrantzitzua RAM memoria da, oso handia izan baitaiteke. 3. taulan ikusten dugu nola RAM memoria handitzen den sekuentzia kopuruaren funtzioan. Neurtutako balioen logaritmoak ere erakusten ditugu hauek erabili baititugu erregresio lineala egiteko. Kalkuluan 12 koretan egin dira.
Sekuentziak | 10e6 | 5*10e6 | 10e7 | 5*10e7 | 10e8 |
RAM (GB) | 4.0 | 7.6 | 11 | 29 | 44 |
log(sekuentziak) | 6 | 6.7 | 7 | 7.7 | 8 |
log(RAM) | 0.60 | 0.88 | 1.03 | 1.46 | 1.65 |
Neurtutako balioak ondoko ekuaziora doitu ditugu non (s) sekuentzia kopurua da eta memoria GBetan ematen da:
log(RAM)=0.53*log(s)-2.65
edo beste era batean
RAM=(s^0.53)/447
RAM erabilera txikiagoa da beste ensanbladorekin alderatuta. [intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] adibidez (ikus ere Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua. Gainera, ABySS MPI erabiltzen du paralelizazioa lortzeko eta honi esker hainbat nodoen RAM memoria gehitu dezakegu kalkulu handiagoak egin ahal izateko.
ABySSeko web orrialdea.
[intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink] ensambladorea.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena.
GULP programak materialeen era askotako simulazioak egin dintzake 0-D (molekula eta klusterrak), 1-D (polimeroak), 2-D (azalerak, lauza, …) da , edo 3-D (solidoa peridikoak). Kodearen helburua soluzio analitiko bat lorztea da da, “sare dinamika” (ahal denean) erabiltzen dinamika molekularraren ordez. Indarr-eremu anitzak erabili ditzake.
Erabili aurretik mesedez begira bere erabilera baldintzak.
Guinness:/Softwarea/Gulp katalogoan instalatuta dago.
send_gulp
JOBNAME: | Is the name of the input with extension. |
NODES: | Number of nodes. |
PROCS: | Number of processors. |
TIME: | Time requested to the queue system, format hh:mm:ss. |
MEM: | Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set). |
[``Other Torque Options'' ] | Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system. See examples below. More information about this options |
send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00
send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''
GULP lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.
remote_vi JOBID
*. out fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_gulp-rekin bidali bada soilik).
XcrysSDen egitura kristalinoak eta molekularrak ikusteko programa da. Gainazal, kontornoak eta egitura atomikoak marrazten ditu. Interaktiboki aldatu daitezke.
XCrySDen erabiltzeko exekutatu:
xcrysden
Aplikazio grafikoak ireki ahal izateko ([intlink id=”1741″ type=”post”]begiratu nola konektatu[/intlink]).
Gretl (Gnu Regression, Econometrics and Time-series Library) ekonometriako programa bat da. 1.9.6. bertsioa dago eskuragarri
Gretl erabiltzeko exekutatu:
/software/bin/gretlcli
Torque script bat eraiki dezakezu kolara bidaltzeko edo send_terachem
komandoa erabili
[intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem[/intlink] lanak bidaltzeko send_terachem
agindua sortu dugu.
send_terachem JOBNAME TIME MEM [``Other queue options'']
non
JOBNAME: | terachemren sarrera datuen fitxategia. |
TIME: | Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan |
MEM: | memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe |
[``Other queue options''] | Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak. |
send_terachem job1 04:00:00 1
send_terachem job3 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''>
send_terachem job3 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''
TeraChem 1.45 is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include:
[intlink id=”3851″ type=”post”]send_terachem
[/intlink] komandoa badago lanak klusterrera bildaltzeko prozesua errazteko.
Liburutegi matematikoen 1.16 bertsioa. Hauek sortzen dituzte: ausazko zenbakiak, funtzio bereziak, fft, algebra lineala… guztira 1.000 funtzio baino gehiago.
Nola linkatzen diren jakiteko exekutatu
gsl-config
Informazio gehiago GSL homepage.
VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.
Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori [intlink id=”717″ type=”post”]zerbitzura nola konektatu[/intlink] atalean azaltzen da.
VMD exekutatzeko erabili
vmd