Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

Espresso

 1. Información general

 2. Cómo usar

 3. Monitorización de los cálculos

 4. Benchmark

 5. Más información

1. Información general

opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization

Versión 6.1  del paquete de programas de cálculo ab-initio de DFT con pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFM.

Consta de un programa de estructura electrónica con base de ondas planas (PW), un programa de dinámica molecular basada en primeros principios (FPMD) y en Car-Parrileno (CP). Incluye también un programa para generar pseudopotenciales y una interfaz gráfica para PW. Existe la versión en serie y la paralela.

2. Cómo usar

Ver apartado como enviar espresso.

3. Monitorización de los cálculos

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, existen las suiguientes herramientas (sólo si ha sido enviado usando send_espresso):

  • remote_vi: Nos enseña con el editor gvim el *.out del cálculo de espresso.
  • myjobs: Durante la ejecución nos muestra el uso de cpu y memoria (SIZE) de nuestro trabajo, útil para conocer la memoria RAM a solicitar en trabajos posteriores similares.

4. Benchmark

Presentamos los datos de unos pequeños benchmark de pw.x y ph.x en las máquinas del servicio. Los mejores nodos son los Xeon y escala perfectamente a 32 cores. Parece que se nota que la red de comunicación de los xeon es mejor.

Tabla 1: Tiempos de ejecución de pw.x (versión 4.2.1).
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 1405 709 378
Itanium2 2614 1368 858
Opteron 2.4 4320 2020 1174
Core2duo 2.1
Tabla 2: Tiempos de ejecución de ph.x (versión 4.2.1)
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 2504 1348 809
Itanium2 2968 1934 1391
Opteron 2.4 6240 3501 2033
Core2duo 2.1

5. Más información

Página de ESPRESSO.

Documentación en línea.

Wiki de ESPRESSO.

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