Archivo de la categoría: Software de Cálculo

PSI4

Informazio orokorra PSI4 is an open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. It is very easy to use and has an optional Python interface.   Nola erabili send_psi4 … Sigue leyendo

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R, RCommander and RStudio

General information R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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R, RCommader y RStudio

Información general R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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SCIPION

Información general Scipion is an image processing framework to obtain 3D models of macromolecular complexes using Electron Microscopy.Versión de Mayo de 2016 de Github. Cómo usar Para ejecutarlo usar: /software/bin/scipion Más información Página web de SCIPION Download article as PDF

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Qbox

Información general Versión: 1.62.3 Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers. 2. Cómo usar Para enviar trabajos a la cola … Sigue leyendo

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IDBA-UD

Información general IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. … Sigue leyendo

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SPAdes

Información general SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and … Sigue leyendo

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MetAMOS

Información general MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, … Sigue leyendo

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QIIME

Información general QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through … Sigue leyendo

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USEARCH

Información general USEARCH is a unique sequence analysis tool  that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros y tiene … Sigue leyendo

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Cufflinks

Información general Cufflinks is a reference-guided assembler for RNA-Seq experiments. It simultaneously assembles transcripts from reads and estimates their relative abundances, without using a reference annotation. The software expects as input RNA-Seq read alignments in SAM format (http://samtools.sourceforge.net). Versión instalada … Sigue leyendo

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TopHat

Información general TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. Versión … Sigue leyendo

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Trinity

Información general 2.1.1 release. Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied sequentially to process large volumes of RNA-seq … Sigue leyendo

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ABySS

Información general Versión 1.3.2 ABySS (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS puede ejecutarse en paralelo. Leer también sobre y el artículo que hemos publicado comparando ambos. … Sigue leyendo

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clean_reads

Información general Version 0.2.2. clean_reads limpia reads de NGS (Next Generation Sequencing) – Sanger, 454, Illumina y solid. Puede eliminar Regiones de mala calidad. Adaptadores Vectores Expresiones regulares También filtra reads que no llegan a un mínimo de calidad basándose … Sigue leyendo

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Velvet

Información general Versión 1.2.03. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by … Sigue leyendo

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BLAST

Información general Versión 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas, empleado en bioinformática. El … Sigue leyendo

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Genepop

Información general Versión 4.1. Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations. Cómo ejecutar Para ejecutarlo en el sistema … Sigue leyendo

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CLUMPP

Información general Versión 1.1.2. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as , so that they match up as … Sigue leyendo

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Structure

Información general Versión 2.33. The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and … Sigue leyendo

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MCCCS Towhee 7.0.2

Towhee es un código de Monte Carlo (libre) de simulación molecular diseñado originalmente para la predicción de equilibrio en fluidos utilizando campos de fuerza basados en átomos. Información General Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadistícos  l (NVT, NpT, uVT, NVT and NpT) varios pasos Montecarlo  y también diferentes campos … Sigue leyendo

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XCrySDen

Información general XcrysSDen es un programa de visualización de estructuras cristalinas y moleculares. Dibuja isosuperficies y contornos que pueden ser superpuestas a las estructuras cristalinas y rotadas y manipuladas interactivamente. Cómo ejecutar Para usar XCrySDen ejecutar: xcrysden Es necesario poder … Sigue leyendo

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GRETL

Información general Gretl (Gnu Regression, Econometrics and Time-series Library) es un paquete de software para análisis econométrico. Está disponible la versión 1.9.6. Caraterísticas Incluye una gran variedad de estimadores: mínimos cuadrados, máxima verosimilitud, GMM; de una sola ecuación y de … Sigue leyendo

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CPLEX

Información general CPLEX proporciona algoritmos matemáticos robustos, permite resolver problemas con millones de variables y restricciones. Versión 12.6.3. Características Automatic and dynamic algorithm parameter control IBM ILOG CPLEX Optimizer automatically determines «smart» settings for a wide range of algorithm parameters, … Sigue leyendo

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Turbomole

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but … Sigue leyendo

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Orca

ORCA (3.0.3) is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of open-shell molecules. It features a wide variety of standard quantum chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- … Sigue leyendo

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Terachem

Información General TeraChem 1.45 is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include: Full support for both NVIDIA Tesla and Fermi GPUs Restricted Hartree-Fock and … Sigue leyendo

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VMD

Información general VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) … Sigue leyendo

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Maestro

Información general Maestro is the unified interface for all Schrödinger software. Impressive rendering capabilities, a powerful selection of analysis tools, and an easy-to-use design combine to make Maestro a versatile modeling environment for all researchers. En los servidores Guinness y … Sigue leyendo

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Software de Cálculo

  Quantum Mechanics Katramila (xeon,rh7,xeon20) Guinness (xeon,oxeon) Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) DL 2017.110 2017.110 1017.110 BioChemistry / Molecular Mechanics Katramila (xeon,rh7,xeon20) Guinness (xeon,oxeon) Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) Matemática y Gráficos Katramila (xeon,rh7,xeon20) Guinness (xeon,oxeon) Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28) 3.3.3 3.3.2 3.3.3 Genética Katramila (xeon,rh7,xeon20) Guinness (xeon,oxeon) … Sigue leyendo

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Siesta

Información general Spanish Initiative for Electronic Simulation with Thousands Atoms. Programa de cálculo ab-initio de DFT para sólidos y moléculas. Permite realizar relajaciones y simulaciones de dinámica molecular. Usa orbitales localizados y permite calcular con un gran número de átomos. Se distribuye gratuitamente, pero se … Sigue leyendo

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NBO 5

NBO5 versión 5 del Natural Bond Orbital. Download article as PDF

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MACROMODEL

Macromodel es un paquete de Schrodinger Download article as PDF

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DL_POLY

Información general Versión 4.02 del completo programa de dinámica molecular para macromoléculas, polímeros, sistema iónicos, disoluciones y otros sistemas moleculares desarrollado en el Laboratorio Daresbury. Se ha instalado la versión 4.02 (2.2 en Pendulo). Existe también DL_POLY_CLASSIC que por el … Sigue leyendo

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NAMD

La versión instalada es la 2.8 Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. El software se encuentra instalado tento … Sigue leyendo

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GROMACS

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AMBER

Información general Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. Cómo usar Están compilados las versiones en serie y … Sigue leyendo

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Casino

Versión 2.4 (v213 realised on 20/7/2009) de Casino, programa de Quantum Monte Carlo desarrollado en la Universidad de Cambridge. Download article as PDF

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MIKA

Multigrid Instead of K-spAce. Versión .81 del paquete de programas de cálculo DFT en el espacio real, tanto para sistemas periódicos, como finitos, desarrollado por el CSC y la Universidad Tecnológica de Helsinki (HUT). Información general Incluye un paquete que resuelve las ecuaciones de Kohn-Sham … Sigue leyendo

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WRF

The Weather Research and Forecasting (WRF) Model (version 3.1) is a next-generation mesocale numerical weather prediction system designed to serve both operational forecasting and atmospheric research needs. Download article as PDF

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NCL – NCAR

Información General The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL has robust file input … Sigue leyendo

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BigDFT

Información general Versión 1.5.1 del del programa de cálculo de estructura electrónica ab-initio de DFT masivamente paralelo usando una base de wavelets en el espacio real. Download article as PDF

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Yambo

3.2.2 version of the program for Many-Body calculations in solid state and molecular physics. Download article as PDF

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WIEN2k

Versión 2k_14.2 del programa de cálculo ab-initio basado en full-potential (linearized) augmented plane-wave ((L)APW) + local orbitals (lo) method, desarrollado en la Universidad Tecnológica de Viena. Download article as PDF

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ADF

Información general Amsterdam Density Functional (2016.01) The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas of … Sigue leyendo

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OOMMF

Información general Versión 1.2 del programa para realizar simulaciones micromagnéticas. No está compilado con la versión paralela de tcl. Cómo usar Ejecutando oommf.tcl nos aparece la interfaz gráfica. Para poder preparar y analizar los cálculos. Para mandar cálculos a las … Sigue leyendo

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GAMESS-US 12 JAN 2009 (R1)

Información general Gamess es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. La versión 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada … Sigue leyendo

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Dirac 08

 Información general La versión que se encuentra instalada en el cluster es DIRAC08. Dirac es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares usando mecánica-cuántica relativista. Como ejecutar Para ejecutar dirac hay que … Sigue leyendo

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Blast2GO

Información general Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Está instalada la versión 2.5. Cómo usar Blast2GO Si se ejecuta en Maiz, Péndulo o Guinness blast2go se ejecuta … Sigue leyendo

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mpiBLAST

Información general mpiBlAST es una versión paralela de blast que permite su ejecución paralela en muchos nodos. Está instalada la versión 1.6.0. Compara secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas así … Sigue leyendo

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BEAST

Información General BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing … Sigue leyendo

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StarCD

StarCD es un programa de Dinámica de Fluídos. Existen dos variantes del programa las dos disponibles en Arina, StarCD y StarCCM+. Download article as PDF

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Coin-or

Información general 1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Se ha compilado incluyendo . Cómo usar Los ejecutables blis, … Sigue leyendo

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GAP

Versión 4.4 del lenguaje matemático para álgebra discreta con numerosas librerías de funciones y tablas. GAP es unas 2.5 veces más lento en itanium que en opteron o core2duo. Os recomendamos Maiz o Péndulo para ejecutar GAP en interactivo. Se … Sigue leyendo

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HTK

Versión 3.4.1 del conjunto de programas para trabajar modelos ocultos de Markov. Es principalmente usado en investigación sobre el reconocimiento del habla. Sólamente está instalado en Péndulo y los nodos Opteron. Para ejecutar alguna de sus programas emplear por ejemplo: … Sigue leyendo

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Matplotlib

Información general Librerías para cálculo matemático con Python. Se han instalado también las librerías numphy y el intérprete ipython. Se ha requerido recompilar python, se deben usar ejecutando /software/bin/python /software/bin/ipython Más información Página web de Matplotlib. Página web de Numpy. Página web de ipython. Download … Sigue leyendo

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Grace

Información general Está instalada la versión 5.1.19. Grace es un herramienta WYSIWYG (What you see is what you get, es decir, Lo que Ves es lo que Consigues) para hacer gráficos en dos dimensiones de datos numéricos. Para ejecutarlo hay que … Sigue leyendo

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P4VASP

Información general P4vasp es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas,…de cálculos de VASP. Como usar Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica  al … Sigue leyendo

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Molden

Información general Molden es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas, que lee los formatos de los siguientes programas Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… desarrollado en la Radboud University Nijmegen. La versión disponible es la 4.4. Como usar Los usuarios … Sigue leyendo

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XMakemol

Información general Xmakemol es un paquete para visualizar estructuras atómicas. La versión disponible es la 5.14. Como usar Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica  … Sigue leyendo

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NX – Server

Información general NX es un servidor de terminal o conexión gráfica remota. Sirve para desde nuestro PC o PDA poder ver las aplicaciones gráficas ejecutadas en Maiz, Guinness, Péndulo,…. Tiene la ventaja de comprimir el tráfico, cachear información,…lo cual reduce … Sigue leyendo

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Octave

Versión 3.2.3 en Itanium, Opteron y Péndulo y 3.2.4 en Xeon del programa matemático de cálculo numérico. Download article as PDF

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scilab

Versión 5.1.1 en (Itanium, Opteron y Péndulo) y 5.2.2 en Xeon del programa matemático de cálculo numérico. Características generales Está instalado en los nodos opteron de Arina y en Péndulo. La interfaz gráfica sólo está disponible en Péndulo y Guinness. … Sigue leyendo

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Matlab

Información general Versión 7.9 (2009b) en los nodos Opteron y 7.12 (2010a) en los Xeon (por temas de compatibilidad)  del versátil programa matemático que incluye cálculo numérico, simbólico, visualización y lenguaje de programación (scripts de Matlab). Cómo ejecutar Matlab En modo … Sigue leyendo

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Mathematica

Información general Versátil programa matemático que incluye cálculo numérico, simbólico, visualización y lenguaje de programación (scripts de Mathematica). En Guinness y sus nodos oxeon está instalada la versión 10.0 y en Arina (en los nodos itanium) y la versión 6.0 … Sigue leyendo

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Espresso

Información general opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization Versión 6.1  del paquete de programas de cálculo ab-initio de DFT con pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFM. Consta de un programa de estructura … Sigue leyendo

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STAR-CCM+

Información general StarCCM+ es un programa de Dinámica de Fluídos.  La versión actual es la 14.04.013. En la arquitectua Itanium la última versión soportada e instalada es la 6.04. Si se ejecuta Starccm+ en cualquiera de los servidores se abre … Sigue leyendo

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Abinit

Información General Versión 7.0.4 del programa de cálculo ab-initio de DFT con base de ondas planas y pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en la Universidad Católica de Lovaina. Permite realizar relajaciones atómicas (dinámica molecular). Download article as PDF

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Jaguar

Jaguar es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM. Tenemos una licencia para 8 procesos (en n procesadores, n <= 196), y es valida hasta febrero del 2010. La renovación de esta dependerá del uso del programa. Download article … Sigue leyendo

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QSITE

QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente. Download article as PDF

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NWchem

Información general Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular … Sigue leyendo

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VASP

Información general Vienna Ab-initio of Simulation Package Versión 5.4.4 del programa de cálculo ab-initio de DFT con base de ondas planas y pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en la Universidad de Viena. Permite realizar relajaciones atómicas (dinámica molecular). … Sigue leyendo

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TB-LMTO

Información general Tight Binding Linear Muffin-Tin Orbital Versión 4.6. del programa de cálculo ab-initio de DFT basado en el método linear muffin-tin orbital (LMTO). Es software libre pero requiere de la autorización del autor. Como usar Para ejecutar los diversos … Sigue leyendo

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Gaussian 09 y 03

Gaussian es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Download article as PDF

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