Schrödinger Workshop “Computational Drug Discovery”
Madrid, Spain
Thursday February 23, 2012 at the CSIC
Schrödinger Applications Scientist Jas Bhachoo will be hosting a workshop from 9.30 to 17.00 on Thursday February 23, 2012 at the CSIC Madrid in Spain. This workshop has been designed for intermediate-advanced users and organized in collaboration with Dra Sonia Martinez from CSIC Madrid.
Registration
Participation in this workshop is free of charge. If you wish to participate we kindly ask you to register as soon as possible as seats are limited. To register, please e-mail katia.dekimeche@schrodinger.com with your name, department and contact information.
Agenda
09.30 Welcome and Introduction
09.45 Session I:
Target structure prediction, refinement and characterization.Small molecule preparation with conformational searching. Virtual screening: Docking
13.00 Lunch Break
14.00 Session II:
Post docking analysis with clustering, SIFts, and extra-precision algorithms. Virtual screening: Structure-based pharmacophore screening and shaped-based
screening. Data reduction and filtering using 2D approaches.
16.30 Summary and Discussion
17.00 Close
General
The 2012 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS 2012) will be held in Madrid, Spain.
July 2 – 6, 2012.
The conference is to address, explore and exchange information on the state-of-the-art in high performance and large scale computing systems, their use in modeling and simulation, their design, performance and use, and their impact. Participation is extended to researchers, designers, educators and interested parties in all related disciplines and specialties.
Purpose
The conference will include invited presentations by experts from academia, industry, and government as well as contributed paper presentations describing original work on the current state of research in HPC & simulation technologies and systems and related issues.
More information
For more information and important dates see
http://hpcs2012.cisedu.info or http://cisedu.us/rp/hpcs12
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El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) va a proceder a la renovación de las licencias del programa de CFD StarCCM+ para el año 2013. En virtud del convenio con CD-ADAPCO también podemos solicitar Licencias de docencia para asignaturas de la UPV/EHU para impartir clases y proyectos fin de carrera (para licencias para Inversigación (ver quí).
Es necesario que el docente haga una solicitud a los técnicos antes del 16 de Enero.
- Licencias de docencia
Se deberá de remitir la siguiente información a los técnicos.
- Número de alumnos.
- Número de licencias (ordenadores en el aula).
- Periodo y horario de las clases.
- Nombre de la asignatura.
- Proyectos fin de carrera
Se deberá de remitir la siguiente información a los técnicos.
- Título del proyecto.
- Periodo de realización.
- Si hubiese colaboración con alguna empresa nombre de la misma.
- Tras su finalización se deberá de remitir la memoria del proyecto a CD-Adapco.
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El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) va a proceder a la renovación de las licencias corporativas para la UPV/EHU del programa de CFD StarCCM+ para el año 2013.
Para poder hacer una compra planificada y ajustada a las necesidades vamos a plantear dos posibilidades de uso para LICENCIAS DE INVESTIGACIÓN (para licencias de docencia y de proyectos fin de carrera mirar aquí).
Es necesario que el investigador haga una solicitud a los técnicos antes del 16 de Enero de 2013.
- Uso COMPARTIDO y no intenso
- Serán para preparación y análisis de casos y pequeños cálculos, formación, test, etc.
- Nunca para cálculo intensivo (más de una hora) y no esporádico. Para cálculo intensivo se usarán las licencias específicas de cálculo de Arina.
- No se deberá de usar más de una licencia simultáneamente.
- Si se planea usar StarCCM+ todos los días y varias horas todos los días deberá solicitar una licencia de uso exclusivo.
- Al ser compartidas estarán disponibles dependiendo del uso de otros investigadores.
El Servicio adquirirá un pequeño número de licencias para uso compartido por los usuarios. Las limitaciones de estas licencias debido a su uso compartido y para no afectar a otros usuarios serán las mencionadas arriba.
- Uso EXCLUSIVO
Acceso/reserva exclusiva de una o varias de las licencia de StarCCM+. El investigador tiene el libre uso de la misma en la UPV/EHU. El coste de las licencias solicitadas es pagado por el investigador (beneficiándose del volumen y precio corporativo y volumen). Esta tarifa el 2012 fue de 300 € (esté año dependerá de las licencias solicitadas).
Solicitud
Sabiendo que estás serán las condiciones, y para poder comprar un número de licencias adecuado, se debe realizar una solicitud a los técnicos con una estimación de cuanto tiempo usaréis StarCCM+ durante el 2013.
Incluir en la solicitud la siguiente información:
- 1.- ¿Qué tipo de licencia voy a usar (compartida o exclusiva)?
- En caso de compartida qué uso voy a realizar de la misma (esporádico, habitual, diario, otro (indicar))
- En caso de uso exclusivo cuantas licencias.
- ¿Voy a usar el cluster de cálculo del Servicio, Arina?. En caso afirmativo, enviaré cálculos de forma esporádica, habitual, diaria, otro (indicar)
- Pequeño resumen (4-5 líneas) del uso que se le va a dar al programa.
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El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) -IZO/SGI- dentro el marco del contrato firmado con el CIC-nanoGUNE ha ampliado sus recursos computacionales.
La ampliación consta de 648 nuevos cores de computación, una ampliación del sistema de archivos paralelo para cálculo hasta los 22 TB y una ampliación adquirida por el IZO-SGI del HOME de 5.6 TB.
En más detalle se han adquirido 54 nodos con doble procesador Xeon cada uno de 6 cores a 2.4 GHz, lo que da el total de 648 cores. Los nodos están conectados entre sí con una red infiniband a 40 Gb/s y tienen un disco local de 250 GB. La memoria RAM de los nodos se distribuye en:
- 1 nodo de 96 GB.
- 18 nodos de 48 GB.
- 35 nodos de 24 GB.
Se ha ampliado el rendimiento y la capacidad del sistema de archivos paralelo basado en Lustre hasta los 22 TB.
Además el IZO-SGI ha ampliado la capacidad hasta los 5.6 TB y el rendimiento de su /home con un nuevo sistema en alta disponibilidad.
Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina
En la imagen el cluster de cálculo Arina del IZO-SGI, principal infraestructura dedicada al cálculo científico de la UPV/EHU.
General
The Service of Informatics applied to the research (Scientific Computing) -IZO/SGI- in the framework of the contract signed with CIC-nanoGUNE has increased its computational resources.
The increase consist in new 648 computation cores, an extension of the parallel filesystem up to 22 TB and a new /home with 5.6 TB.
In detail, 54 computing nodes have been acquired with two Xeon processors each. The processor has 6 2.4 GHz cores, so we have new 648 cores. The nodes are interconnected with a 40 Gb/s infiniband network and have a 250 GB local disk. The RAM memory is distributed as follows:
- 1 node with 96 GB.
- 18 nodes with 48 GB.
- 35 nodes with 24 GB.
The parallel filesystem for calculations, based on Lustre, has also been upgraded in performance and size up to de 22 TB.
In addition, the IZO-SGI has a new /home filesystem with increased performance and bigger size, 5.6 TB, configured in high availavility.
Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina
In the image the cluster for computing of thel IZO-SGI, the main infrastructure for scientific calculation of the UPV/EHU.
General
Ikerkuntzari zuzendutako Informatikako Zerbitzuak (Kalkulo Zientifikoa) -IZO/SGI- CIC-nanoGUNErekin sinatutako kontratuaren barruan bere baliabide konputazionalak handitu ditu.
648 kore berri erosi dira, kalkulurako erabiltzen den eraginkortasun handiko fitxategi sistema paraleloa ere 7 Gb-etatik 22 TBetaraino handitu da eta IZO-SGI-ak 5.6 TBetakoa /home berria erosi du ere.
Zehatzagoak izatearren 54 conputazio nodo erosi dira. Bakoitzak bi prozesagailu ditu. Prozesagailu hauek 2.4 GHz-etako 6 kore ditu bakoitzak beraz guztira 648 kore berri daude. Nodoak 40 Gb/s -ko infiniband sare baten bitartez konektatuta daude eta 250 GB-etako disko gogor lokala dute. Nodoen RAM memoria banaketa ondoren adierazten dena da:
- 96 GB-etako nodo bat.
- 48 GB-etako 18 nodo.
- 24 GB-etako 35 nodo.
Kalkuluentzako fitxategi sistema paraleloa, Lustren oinarritatua, eraginkortasun eta tamainan, 22 TB-etaraino, hobetu da.
Gainera, IZO-SGIk /home berri bat eskuratu du eraginkortasun hobekoa eta 5.6 TB-etako tamainakoa, gainera, etaerabilgarritasun altuan konfiguratuta egongo da.
Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina
Irudian IZO-SGIren Arina klusterra, UPV/EHUren kalkulurako azpiegitura nagusiena ageri da.
General
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