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Archive for July, 2015

¿Podemos apoyar tus solicitudes para a lograr financiación para tu investigación?

July 17th, 2015

En el Servicio de Cálculo Científico de la UPV/EHU (IZO-SGI) creemos que podemos ser un firme apoyo para tus solicitudes de fondos en proyectos de investigación que involucren computación científica dada la calidad y reputación del Servicio. La política europea en materia de computación impulsa el acceso a recursos de computación abiertos y compartidos como los del IZO-SGI, en contraposición a recursos monopolizados por usuarios individuales.

Desde este punto de vista hemos redactado en detalle datos técnicos y de gestión de nuestro Servicio que podrían ser interesantes para incluir en una solicitud de fondos para acceso a infraestructura de computación. Para cualquier pregunta, solicitud o aclaración no dudes en ponerte en contacto con nosotros.

No tengas reparos en copiar, resumir o adaptar este texto a tus solicitudes.

Introducción

El Servicio General de Informática Aplicada a la investigación (Cálculo Científico), en adelante IZO-SGI, está adscrito en los Servicios Generales de Investigación (SGIker) de la UPV/EHU. El Servicio de Cálculo IZO-SGI ofrece acceso a recursos computacionales de altas prestaciones, software y soporte de calado y entidad. Presta servicio a toda la comunidad científica, en particular a los investigadores de la UPV/EHU (principal institución de investigación en Euskadi), pero además está accesible a toda la comunidad científica y empresarial.  El IZO-SGI dispone desde 2004 de un cluster de computación completo que ha ido ampliando regularmente para satisfacer la creciente demanda de un amplio espectro de grupos de investigación que abarcan todas las áreas de la Ciencia (Física, Química, Ingeniería, Informática, Matemáticas, Biología, Geología, Economía, etc).

Infraestructura

Un cluster de cálculo de altas prestaciones no es equipamiento informático al uso, es equipamiento científico complejo que requiere personal cualificado y específico para su gestión, además de estar ubucado en un lugar que grantice su óptimo funcionamiento y rendimiento.

El cluster ha sido diseñado por los miembros del Servicio de Cálculo IZO-SGI como una única infraestructura totalmente integrada, pero cuya heterogeneidad lo convierte en una herramienta válida para satisfacer las necesidades de un amplio espectro de investigaciones en cualquiera de las áreas de la Ciencia, como lo demuestra las investigaciones en las que se emplea. En concreto se dispone de:

  • Política de ampliación y renovación bienal.
  • 3.728 cores de cálculo en nodos 212 nodos, 10 de arquitectura IA64 y 202 x86-64 que permiten la ejecución de cálculos estándar y de uso masivo de cpu.
  • 6 nodos con 2 GPGPUs Nvidia Tesla por nodo para extraer el máximo rendimiento a programas que explotan de forma muy eficiente esta nueva tecnología.
  • Nodos con gran memoria RAM para trabajos con estos requerimientos, hasta un máximo de 512 GB de RAM por nodo.
  • Sistemas de ficheros de alto rendimiento con gran capacidad y velocidad de lectura/escritura basados en Lustre. 3 sistemas diferentes con hasta 40 TB y hasta 7 GB/s de velocidad en lectura y escritura.
  • Todo interconectado por una red de alto ancho de banda y baja latencia infiniband, la última ampliación infiniband FDR de 56 Gb/s de ancho de banda.
  • Servidores de gestión en alta disponibilidad para garantizar una operación 24h*365 días.
  • Todo instalado en el Centro de Proceso de Datos (CPD) de la UPV/EHU con toda una variedad de sistemas para garantizar un funcionamiento óptimo (ver siguiente punto para los detalles del CPD).

Para ver detalles técnicos más concretos visitar el apartado de recursos computacionales de la página web del IZO-SGI.

Además, la concentración de recursos materiales y humanos en el Servicio de Cálculo IZO-SGI ha creado un comunidad y permite acceder a los grupos a recursos cualitativa y cuantitativamente superiores en todos los sentidos con la consiguiente mejora de los resultados. El aprovechamiento y amortización de la infraestructura y costes secundarios asociados a la misma es extremadamente eficiente y eficaz.

Ubicación, CPD o centro de datos

El equipamiento se instala en el Centro de Proceso de Datos (CPD) de la UPV/EHU. El CPD de 450 m² y de nueva construcción, en 2006, es un lugar habilitado para la ubicación de computadores y está capacitado con todos los sistemas necesarios para garantizar el correcto funcionamiento de ellos. Dispone de:

  • Sistemas de climatización de precisión por expansión directa exclusivo y sistema de descalcificación del agua. Los 7 aparatos de aire acondicionado con una potencia agregada de 208KW, lo que asegura una redundancia N+1 ante posibles fallos.
  • Sistema contraincendios. Sistema de detección de incendios mediante detectores ópticos y térmicos. Sistema de extinción por agua nebulizada HI-FOG, que preserva la integridad del equipamiento informático en caso de activación.
  • Acometida desde dos transformadores independientes.
  • Doble rama eléctrica para los equipos IT, cada una con SAIs (sistemas de alimentación ininterrumpida) independiente y cuadros de baja tensión independientes. Permite redundancia y mantenimiento en caliente de la instalación eléctrica.
  • Grupo electrógeno de 750 KVA con dos días de autonomía sin necesidad de repostar.
  • Control de acceso, alarmas y vigilancia mediante circuito cerrado de TV.
  • Copias de seguridad de datos y sistemas de las máquinas.
  • Monitorización por parte de operadores in-situ y sistema de gestión y control de las instalaciones.
  • Metodología 5S para la mejora de la calidad.

Los equipamientos están monitorizados in-situ e informáticamente y tiene los mantenimientos y en regla con revisiones periódicas incluídas.

La Vicegerencia de las TICs dispone en otro edificio incluso de un CPD secundario de respaldo del primer CPD donde mantiene duplicados los servicios básicos para en caso de grave desastre poder mantener la operativa. Por ejemplo, las copias de seguridad se realizan en este CPD secundario para mantener separados los datos y sus copias de seguridad.

Esta moderna infraestructura permite un funcionamiento ininterrumpido 24h*7 días de las máquinas tremendamente estable.

Otros servicios

La Vicegerencia de las TICs mantiene la red de datos de la UPV/EHU que está formada por tecnologías de primera línea y de última generación. Esto permite que se puedan establecer conexiones con gran ancho de banda (hasta 10Gbps) y un alto grado de seguridad, algo fundamental para trabajar con eficacia en una infraestructura a la que hay que conectarse remotamente. La red dispone de elementos hardware redundantes y líneas de comunicación duplicadas con caminos diversificados, así como firewall perimetral, zonas de red desmilitarizadas, balanceadoras, sistemas hardware de detección de orígenes inseguros o potencialmente peligrosos, etc. La conexión con Internet, hacia el exterior, se realiza a través de i2Basque, la red de datos autonómica, que a su vez conecta con RedIRIS, la red académica y de investigación Española.

Dentro de los servicios de investigación que ofrece la Vicegerencia de las TICs cabe destacar por su relevancia para la computación de altas prestaciones la de un sistema de almacenamiento masivo para investigadores integrable en el Servicio. Este es altamente seguro al existir, entre otras medidas, una copia de respaldo en el CPD secundario y es escalable en capacidad y ancho de banda para satisfacer las necesidades actuales y futuras.

Personal

Personal técnico específico

Un cluster de cálculo de HPC no es equipamiento científico normal sino equipamiento científico puntero y complejo. El  diseño y gestión específica y particular que requiere el entorno de cálculo está gestionado por dos doctores en Química y Física con amplia experiencia en HPC,  dos de las áreas científicas que más uso hacen de la computación de altas prestaciones, lo que les permite ofrecer un servicio de asesoramiento científico de alto valor añadido. Llevan al frente del Servicio desde 2004 y ya tenían experiencia previa en gestión de entornos HPC y durante sus respectivas tesis doctorales hicieron uso de cálculo intensivo.

Además, se cuenta con el soporte técnico de la Vicegerencia de las TICs, el técnico-administrativo de los SGIker y el general de la UPV/EHU. Hau ez da infraestructura.

La estructura administrativa del SGIker de la UPV/EHU, 12 personas, se encarga de las tareas administrativas como gestión económica, dirección y administración general. Los SGIker disponen de unidades que también dan apoyo interno como son el Servicio de Calidad e Innovación, el de Cienciometría y el de infraestructura.

Personal técnico no específico

Un director científico con amplia experiencia, conocimientos y visión de la computación de altas prestaciones en general y en el campo de la química computacional en particular guía al servicio en la toma de decisiones estratégicas.

La Vicegerencia de las Tecnologías de la Información y la Comunicación es el mayor departamento de la UPV/EHU por personal. El personal dedicado a tareas informáticas supera con creces las 150 personas. El IZO-SGI mantiene un estrecho contacto y colaboración con diversas áreas de la Vicegerencia de las TICs:

  • Con el área de explotación que se encarga del mantenimiento de servicios, equipamiento, monitorización, etc de los que hace uso el IZO-SGI.
  • Con el área de redes para habilitar los servicios de red, puertos, reglas, etc que se requieren para el correcto funcionamiento de hardware y software del  IZO-SGI y la conexión remota de los investigadores a nuestros clusters.
  • Con el área aulas docentes que nos apoya en la gestión del GRID Péndulo que usa las aulas docentes por la noche para cálculo científico. También para la instalación de software que gestiona el  IZO-SGI que se usa para docencia además de para investigación.
  • Con el área de atención al usuario, que resuelve problemas a los investigadores en su puesto local que por su tipología puede ser resuelto más eficazmente por un técnico informático in-situ, como por ejemplo la instalación de software en sus equipos personales.

Al estar integrados en la UPV/EHU disponemos de todos los servicios que esta ofrece con el personal asociado a la misma y perteneciente a la propia estructura administrativa y técnica de la UPV/EHU.

Póliticas de calidad y evaluación

Los SGIker, están volcados con la calidad y tienen definida la política de calidad que sirve de marco de referencia en el establecimiento de los objetivos, metas y programas de calidad implantados. La calidad de los servicios ofrecidos es la piedra angular de la competencia investigadora y productiva, y por lo tanto, de los SGIker. Prueba de este compromiso es la existencia de la Unidad de Calidad e Innovación que centra sus esfuerzos en la implantación, mantenimiento y mejora continua de un Sistema de Gestión de la Calidad basado en Normas Internacionales y con reflejo en la plataforma documental del sistema de gestión de calidad.

La Unidad de Calidad e Innovación de los SGIker realiza todos los años de forma independiente y entre los investigadores usuarios una encuesta de satisfacción del IZO-SGI. El IZO-SGI ha obtenido en 2014 una valoración de 9.6 y tiene una media en los últimos 5 años de 9.1.

 

General, IZO-SGI

Schrodinger Workshop en Paris September 23 – 25, 2015

July 1st, 2015

Biologocs suite


Registration

The early registration discount applies if you register before June 30th, and you can do so by clickin ghere. For additional information regarding the UGM, please visit the event page.


Poster Session

If you would like to present an application of the Schrödinger suite from your work, there are a few poster slots still available and we’re welcoming submissions for review. Simply e-mail the title and 1-page abstract directly to 2015_europe_ugm@schrodinger.biz.

Hands-On Workshops

#1 – Introduction to Molecular Dynamics with Desmond

  • Introduction to Molecular Dynamics
  • Prepare a simulation in less than 10 minutes
  • Analysis and interpretation of MD results: What can I learn from a MD simulation?
  • Focus on proteins and protein-ligand systems

#2 – Quantum Mechanics: Where it makes a difference in drug discovery

  • Geometry optimizations and scans in drug-like molecules and metal clusters
  • Reactivity and toxicity predictions
  • pKa predictions
  • Hydrogen bond strength and non-covalent interactions

#3 – Lead Optimization: From micromolar to nanomolar inhibitors via accurate free binding energy predictions

  • Recreate a fragment-based drug design study of JAK-2 inhibitors using FEP+
  • Prepare a system for FEP calculations: Ligand alignments, water treatment, and dealing with X-ray structures
  • Analyze FEP results with new tools: Extending calculations to new design ideas
  • Other applications of FEP: Predictions of solubility, selectivity, off-target activity, and protein stability

#4 – Increasing the impact of modelling on drug discovery with Schrödinger Enterprise Informatics

  • Query the Protein Ligand Database (PLDB) for novel interaction motifs
  • Share results from Maestro with other colleagues using LiveDesign
  • Publish a validated computational model
  • Collaborative design

More Information here

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