LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.
Informazio orokorra
LAMMPS dinamika molekular klasikoak egiteko kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.
Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.
Nola erabili
send_lmp
- LAMMPS ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
- send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
| JOBNAME: | Is the name of the input with extension. |
| NODES: | Number of nodes. |
| PROCS: | Number of processors. |
| TIME: | Time requested to the queue system, format hh:mm:ss. |
| MEM: | Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set). |
| [``Other Torque Options'' ] | Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system. See examples below. More information about this options |
Adibideak
- Job1 lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
send_lmp job1.in 1 4 04:00:00- Lana 2 nodo eta 8 prozesagailutara eskatutako denbora 192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu, 8 GB, eta lana ez da 1234. lana amaitu aurretik martxan jarriko.
send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'- Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''Lanen Monitorizazioa
LAMMPS lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.
remote_vi JOBID
*. out fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).