Hileko artxiboak: February 2011

Nola bidali Terachem

Sarrera

Torque script bat eraiki dezakezu kolara bidaltzeko edo send_terachem komandoa erabili

send_terachem

[intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem[/intlink] lanak bidaltzeko send_terachem agindua sortu dugu.

send_terachem JOBNAME TIME MEM [``Other queue options'']

non

JOBNAME: terachemren sarrera datuen fitxategia.
TIME: Kaluluaren denbora hh:mm:ss fromatuan
MEM: memoria Gb-etan eta unitatea adierazi gabe
[``Other queue options''] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aukerak.

Adibideak

  • job1 inputa duen kalkulua memoria Gb batekoa eta denbora 4 ordu izanik.
send_terachem job1 04:00:00 1
  • job3 inputa duen kalkuluari memoria 8 Gb batekoa eta denbora 60 ordu izanik. Gainera 1234 lana bukatu ondoren abiatu daitekela soilik adieratzen dugu.
send_terachem job3 60:00:00 8  ``-W depend=afterany:1234''>
  • job3 inputa bidalzten dugu memoria 15 Gb-etakoa eta denbora 400 ordu izanik. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidaltzeko adierazten dugu nire.emaila@ehu.es helbidera.
send_terachem job3 400:00:00 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

Terachem

Informazio orokorra

TeraChem 1.45 is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include:

  • Full support for both NVIDIA Tesla and Fermi GPUs
  • Restricted Hartree-Fock and Kohn-Sham single point energy and gradient calculations
  • Various DFT functionals (BLYP, B3LYP, PBE, etc) and DFT grids (800-80,000 grid points per atom)
  • Empirical dispersion corrections (DFT-D)
  • Geometry optimization and transition state search (including constraints)
  • Ab initio molecular dynamics (NVE and NVT ensembles)
  • Support of multiple-GPU systems
  • Up to 1000 times faster than conventional CPU-based codes
  • Designed for large molecules – reads/writes PDB files directly
  • Optimization including geometric constraints
  • Improved mixed-precision for increased accuracy

Nola bidali Terachem

[intlink id=”3851″ type=”post”]send_terachem[/intlink] komandoa badago lanak klusterrera bildaltzeko prozesua errazteko.

Informazio gehiago

Página de Terachem.

Erabiltzailearen eskuliburua.

GSL

Liburutegi matematikoen 1.16 bertsioa. Hauek sortzen dituzte: ausazko zenbakiak, funtzio bereziak, fft, algebra lineala… guztira 1.000 funtzio baino gehiago.

Nola linkatzen diren jakiteko exekutatu

gsl-config

Informazio gehiago  GSL homepage.