Hileko artxiboak: August 2011

send_espresso

Lanak Bidaltzeko

send_espresso

Lanak kolara bidaltzeko send_espresso tresta egin dugu. Argumenturik gabe exekutatzen badugu laguntza erakusten digu:

send_espresso input.in Executable Nodes Procs_per_node Time [Mem] [``Other queue options'' ]

input Kalkuluaren  inputaren izena (extensiorik gabe)
Executable Erabiltzea nahi den espressoren exekutagarria:pw.x, ph.x,…
Nodes Nodo kopurua
Procs_per_node
 Prozesagailu kopurua nodo bakoitzeko
Time kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan
Mem memoria en GB-etan.
[``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua. Ikus beheko adibideak

Adibideak

send_espresso job1 ph.x 1 4 04:00:00 1

send_espresso job2 cp.x 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'‘

send_espresso job3 pw.x 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Modu klasikoan

Espressoko programak /software/Espresso/bin-en instalatutak daude. Adibidez pw.x exekutatzeko kola sisteman erabili:

source /software/Espresso/compilervars.sh
/software/Espresso/bin/pw.x -npool ncores < input_file > output_file

-npool ncores aukeran ncores erabili behar diren core copuruagatik ordezkatu behar da, honek abiadura hobetzen du. Kore bat baino gehiago eskatzen bada automatikoki paralelon exekutatzen da.

Turbomole

Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwarea

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.

Informazio Orokorra

Katalisi homogeneo,  heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa,   hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:

  • DFT (LDA, GGA, híbridos).
  • Erantzun funtzioak (HF, DFT).
  • spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
  • Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
  • Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak)  CC2.
  • Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
  • Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
  • NMR.
  • C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
  • ab initio dinamika molekularrak.

 

Nola Erabili

Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu [intlink id=”4727″ type=”post”] Turbomole nola bidali[/intlink].

TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:

TmoleX

Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

turbomole_stop 1111

Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.

Informazio gehiago

Turbomole web orrialdea.

Turbomole esku liburua.

Turbomole tutoriala.