mpiBLAST

 1. Informazio orokorra

 2. Base datuak

 3. Nola erabili

 4. Errendimendua

 5. Informazio gehiago

1. Informazio orokorra

mpiBLAST blast-en  bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan.

mpiBLAST BLASTeko bertsio zaharrean oinarrituta dago eta sintaxi zaharra erabiltzen du,  esteka honetan eskuragarri dago.

2. Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

3. Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Zure Torqueko skriptetan exekutatu nahi baduzu honakoa gehitzea nahikoa da:

/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats

Adibidez, blastx erabiltzeko nr base datuarekin eta emaitzak XMLn lortzeko eta Blast2GOrekin gero erabiltzeko honako agindua erabili beharko litzateke:

/software/bin/mpiblast -output-search-stats -use-virtual-frags -use-parallel-write -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml

send_blast behin exekutatu dezakezue adibide script bat lortzeko. Gomendagarria da -use-virtual-frags aukera erabiltzea data basearen kopia lokal bat egin ez dadin, hau memorian kargatuko da. Penduloko nodoak memoria gutxi dute eta garrantzitsua da jakitea zenbat memoria erabiliko duen kalkulua zuzen exekutatzeko (ikus mpiBLAST errendimenduari buruzko txostena).

Beharrezkoa da data basea formateatzea zatitan eta kore (cpu) bakotzari zati bat ematea. Adibidez, nr data basea 6 zatitan formateatzeko erabili:

/software/bin/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T

mpiBLAST kalkulorako eskatu behar diren kore kopurua data basearen zatiak gehi bi izan behar da, kasu honetan 8 kore adibidez.

mpiBLAST oso ondo eskalatzen du. Test eta benchmark batzuk egin ditugu memoriaren ta cpuren erabilera aurreikusteko ondorengo mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean.

4. Errendimendua

Kalkuluak prestatzeko lagungarri izan daiteke errendimenduari buruzko txostena. Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira.

5. Informazio gehiago

mpiBLASTeko web orrialdea. Hemen manualak eta tutorialak topatu ditzazkezu.
Blast2GO ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean

Kategoria: Kalkulu Softwarea. Gorde lotura.