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Archive for October, 2011

GPU Programming in MATLAB

October 18th, 2011

 

Este es el título de un artículo publicado por Matlab en su revista electrónica Matlab Digest. Muestran lo relativamente sencillo que puede ser usar las GPUs desde Matlab aplicándolo al ejemplo de la evolución de ondas bidimensionales. De forma más general, mencionan el mayor problema actual para el uso de GPUs, que es la necesidad de mover los datos desde la RAM del ordenador a la GPU, siendo generalmente este trasiego de datos el cuello de botella de las aplicaciones y el elemento más crítico a la hora de considerar si una aplicación, cálculo o algoritmo es apto para GPUs.

 

Enlace al artículo GPU Programming in MATLAB

 

 

General

Prototipo de indexado y búsqueda de contenidos multimedia (Hearch)

October 11th, 2011

 

El proyecto SABUESO tiene como objetivo hacer aportaciones científicas e introducir mejoras de tipo tecnológico en el sistema de indexado y búsqueda de contenidos multimedia desarrollado por el Grupo de Trabajo en Tecnologías Software (GTTS) de la UPV/EHU.

 

GTTS os pide AYUDA para evaluar el prototipo de indexado y búsqueda de contenidos multimedia (Hearch)

 

En euskera http://gtts.ehu.es/HearchTestEU

En castellano http://gtts.ehu.es/HearchTest

 

Recompensa

Se sorteará un IPAD2 entre todos los participantes .

La plataforma de evaluación

GTTS ha diseñado una Aplicación Web con un repertorio de hasta 100 preguntas, que permite buscar respuestas en un gran corpus de noticias de informativos Teleberri y Gauregun de la Televisión Pública Vasca (ETB) grabados entre 2008 y 2009.

  • No es necesario intentar contestar a todas las preguntas: cualquier cantidad cuenta.
  • El manejo es muy intuitivo.
  • Podéis abandonar las búsquedas y reanudarlas tantas veces como queráis.
  • Cuanto más uséis el sistema mejor será para la significación estadística de los resultados.

Más información

Proyecto SABUESO.

Página web del Grupo de Trabajo en Tecnologías Software (GTTS).

 

 

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Memoria del 2010 del Servicio de Cálculo Científico

October 7th, 2011

 

El Servicio de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI ha publicado la memoria del 2010

 

La memoria completa puede encontrarse en el siguiente enlace

Memoria del 2010 del IZO-SGI(pdf)

 

El IZO-SGI de un vistazo

2009 2010
Cores de cálculo 440 872
Cores de cálculo (Arina) 320 752
Horas de cálculo consumidas 2.15 millones 2.25 millones
Promedio de ocupación (Arina) 75.00% 47%¹
Trabajos enviados (Arina) 38497 65179
Trabajos de más de 2 minutos² 28377 50624
Tiempo promedio por trabajo³ 75.8 horas 44.4 horas
Tiempo medio de espera (Arina)† 5.7 horas 3.8 horas
Investigadores activos 101 98
Grupos activos 53 40
Cuentas nuevas 49 33
Satisfacción de los usuarios‡ 8.9 8.8
Artículos científicos†† 44 54
Visitas web 4925 5957
Páginas vistas 58731 40987
Posts en el blog HPC 29
Visitas del blog HPC 1431

 

Arina Es el nombre del cluster de cálculo del IZO-SGI.
¹ El uso de 2010 es aparentemente bajo debido a que se instaló una ampliación de Arina que pasó de 300 cores a 752 y se hizo disponible a finales de Julio. Esto provocó que en Agosto y Septiembre Arina estuviese muy vacía y, debido a la magnitud de la ampliación, estos meses han tenido mucho peso en la media anual. En el mes de Noviembre ya se alcanzó un 76\% de ocupación.
² Los trabajos de menos de 2 minutos se deben normalmente a trabajos fallidos que terminan inmediatamente en error. En cualquier caso, aun de no ser así, dada su corta duración no repercuten en el cluster.
³ No se han tenido en cuenta los trabajos de menos de dos minutos. Tal vez sea relevante tener en centa que con la ampliación se han adquirido procesadores más rápidos.
Los trabajos se ejecutan a través de un sistema de colas que asigna a cada trabajo los recursos que se le han solicitado y ordena su ejecución para optimizar el uso del cluster. El tiempo en cola es el tiempo que están esperando los trabajos hasta que se liberan los recursos que necesitan.
Encuesta de satisfacción de los usuarios.
†† En los que se agradece al IZO-SGI.

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Computing Service 2010 year report

October 7th, 2011

 

The Computing Service (IZO-SGI) of the UPV/EHU has published the report of the 2010 year.

 

The complete report in Spanish can be found in the following link

IZO-SGI 2010 year report (pdf)

 

The IZO-SGI Computing Service at a glance

2009 2010
Computing cores 440 872
Computing cores (Arina) 320 752
Consumed computing hours 2.15 millions 2.25 millions
Mean occupation (Arina) 75.00% 47%¹
Sent jobs (Arina) 38497 65179
<2 minutes jobs² 28377 50624
Mean time bper job³ 75.8 hours 44.4 hours
Queued mean time (Arina)† 5.7 hours 3.8 hours
Active researches 101 98
Active research groups 53 40
New accounts 49 33
Users satisfacction pool 8.9 8.8
Scientific articlesl‡ 44 54
Visits to the web 4925 5957
Viewed pages 58731 40987
Posts in the HPC blog 29
Visits to the HPC blog 1431

Arina Is the name of the main computing cluster of the IZO-SGI.
¹ The use in the 2019 is aparently low because we increased the number of cores from 300 up to 752 at the end of July. In August and September the cluster remained quite empty and this had an important impact on the mean value. In the November the monthly use was again at the 76%.

² The jobs that use less than 2 minutes are normally failed jobs or in any case they have low impact in the cluster.

³ The jobs has not been taken into account. Maybe it is relevant that the new nodes are faster than the old ones.
The jobs are executed through a queue software that organize the jobs and assign the proper resources to each one.
Articles where the IZO-SGI is acknowledged.

 

 

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Seminar of Programming Models GRIDSs, COMPSs and STARSs

October 6th, 2011

 

The RES User Seminar Users of Programming Models GRIDSs, COMPSs

 

27th and 28th October 2011 in Valencia.



The seminar is aimed at RES users, researchers and technicians interested in parallel programming. Investigators from the Department of Computer Science BSC-CNS, will introduce the basics of programming models GRIDSs, COMPSs, MPI, SMPS and STARSs.

 

You can check the program, proceed to register till 25th October at 12h (CET) and find extra information in the following link:

www.bsc.es/RES/programming-models-2011

 

 

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Training Workshop on Computational Quantum Chemistry

October 5th, 2011

 

Training Workshop on Computational Quantum Chemistry
16-20 January 2012,
Department of Chemistry – Angstrom, Uppsala University,
Uppsala, Sweden.


This 5-day workshop is an hands-on training with the quantum chemistry MolcasWorkshop7 software package MOLCAS. The basic philosophy behind MOLCAS is the accurate ab initio treatment of very general electronic structure in medium sized molecules in both ground and excited states, to more versatile procedures applied to systems of large size.

The workshop is aimed at users and potential users of the MOLCAS suite. The workshop will consist of 10 hours of lectures and 25 hours of practical sessions. Participants are  encouraged to bring their own problems to solve. Researchers interested in using MOLCAS as a platform to implement their own software are also welcome. The workshop is structured is based on problem solving. Main topics to be covered include:

  • overview of MOLCAS 7.6, its possibilities, capabilities, and easy ways to handle installation
  • run calculations, and interpret results
  • how to design a quantum chemical calculation with MOLCAS: geometries, basis sets, input building
  • overview of single-reference methods
  • multi-configurational approaches
  • structure optimizations
  • calculation of properties
  • solvent effects in quantum chemistry
  • case studies: bring your own problem
  • MOLCAS as a development platform
  • demonstration of GUI for MOLCAS.

The workshop labs will make use of computers, where simple calculations will be run. Lectures and computer sessions will be given by MOLCAS authors from the Department of Theoretical Chemistry of Lund University, and the Department of Chemistry – Angstrom, the Theoretical Chemistry Programme, Uppsala University.

Please note that due to the format of this workshop, space is limited to 30 participants. Successful applicants are selected based on qualification and research goals.

Prerequisites: Participants should have a background in quantum chemistry and some experience in scientific computing.

Registration fee: 3500 SEK

Registration fee includes: printed material, lunches, and coffee breaks.

All participants will receive 1-year Academic group license for MOLCAS free of charge. If a participant (or participants) belongs to a group which currently holds an Academic group license for MOLCAS – the group will receive a prolongation of existent license for a period of 1 year.

Registration deadline: December 1, 2011 (successful applicants will be notified by December 15, 2011)

File registration to roland.lindh@kvac.uu.se, send email with the subject “7th MOLCAS workshop”. File registration with personal information as name, affiliation and supervisor (if PhD student or post doc).

More Information

 

 

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El IZO-SGI y el CIC-nanoGUNE colaborarán en HPC

October 4th, 2011

 

Los Servicios Generales de Investigación de la UPV/EHU han promovido la firma de un contrato con la Asociación Centro de Investigación Cooperativa en Nanociencias

Los Servicios Generales de Investigación de la UPV/EHU -SGIker-, aunando esfuerzos y capacidades con las entidades adheridas al Campus de Excelencia, EUSKAMPUS, han promovido la firma de un contrato con la Asociación Centro de Investigación Cooperativa en Nanociencias – CIC nanoGUNE para el alojamiento en las instalaciones de la propia Universidad, de nodos de computación y almacenamiento. El equipamiento será gestionado y administrado por el Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) -IZO- que dispone de una amplia experiencia en High Performance Computing (HPC).

Este contrato incrementará la disponibilidad actual de infraestructura de alto nivel científico y tecnológico al servicio de la comunidad investigadora.

 

Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina

Infraestructura de cálculo del IZO-SGI, cluster Arina

En la imagen el cluster de cálculo Arina del IZO-SGI, principal infraestructura dedicada al cálculo científico de la UPV/EHU.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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