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Archive for October, 2014

Nuevos recursos computacionales al servicio de la investigación

October 30th, 2014

Katramila-1El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI de la UPV/EHU a puesto en producción la ampliación de su cluster de cálculo Arina. Con este cluster se ofrecen servicios de computación de altas prestaciones tanto a la propia universidad como a empresas u otros organismos públicos que demanden su uso. El objetivo de esta ampliación es seguir ofreciendo recursos de primera línea a los investigadores para que puedan mantener y mejorar su producción científica-técnica y competitividad internacional.

La ampliación trata de cubrir las necesidades que se han detectado y cubre varios aspectos concretos de la computación. A destacar son:

  • Un sistemas específico de mucha memoria RAM (512 GB) orientado a la secuenciación genómica, pero que tiene también aplicación en otras áreas.
  • Un nodo con dos tarjetas gráficas de cómputo Nvidia Kepler K20 para todo tipo de aplicaciones dado que el cómputo con GPUs es cada vez más común.
  • Un sistema de ficheros (almacenamiento) de gran capacidad con 40 TB y alto rendimiento en lectura y escritura con velocidades de ~6 GB/s. Es decir, tiene la capacidad equivalente a 60.000 CDs y es capaz de escribir o leer en un solo segundo lo equivalente a lo almacenado en 9 CDs. Este sistema de ficheros no es para almacenamiento estático sino para la realización de los cálculos beneficiándose del mismo las aplicaciones genéticas, física y química cuánticas, big data, etc
  • Todos los elementos conectados a través de una red de cálculo de baja latencia (digamos de rápida respuesta) y de alto ancho de banda con 56 Gb/s, es decir, el equivalente al ancho de banda de 560 conexiones domésticas a 100 Mb/s. A través de esta red también está conectado el almacenamiento de alto rendimiento.
  • Finalmente, por supuesto, potencia de cálculo basada en nodos biprocesadores Intel Xeon Ivy-bridge de última generación, con bastante memoria RAM, 128 GB, y disco duro de estado sólido que son mucho más rápidos que los convencionales.

A la nueva ampliación se ha integrado con el resto del cluster Arina y la hemos llamado Katramila, enredo en euskera, por la peculiar puerta plateada del rack que podéis observar en la foto de cabecera y porque la integración ha sido complicada.

Más concretamente los detalles de los elementos adquiridos son:

  • 32 nodos BullX con 662 cores orientados a procesamiento con las siguientes características:
    • 30 nodos formato blade de 20 cores en  2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
    • 1 nodo con 2 tarjetas GPUs Nvidia Kepler K20 de 5 GB de RAM, 2o cores en 2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
    • 1 nodo con 512 GB de memoria RAM a 1600 MHz, 32 cores en 4 Procesadores Xeon  4620v2 a 2.6 GHz y disco duro de 1 TB.
  • 1 Sistema de archivos paralelo de alto rendimiento en alta disponibilidad basado en Lustre montado con 4 servidores BullX y 5 cabinas NetApp E2700. El sistema tiene una capacidad de 40 TB netos, una velocidad de 6.9 GB/s en escritura y 5.1 GB/s en lectura.
  • Una red de cálculo infiniband FDR de baja latencia y 56 Gb/s de ancho de banda uniendo todos los elementos.
  • Un servidor de gestión BullX  con 2 procesadores Xeon 2650v2 con 8 cores cada uno a 2.6 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y 3 TB de disco neto con mirroring.
  • Elementos accesorios como rack, una red de servicio, software de gestión y monitorización, etc.
Cluster Arina

Cluster Arina

Katramila-2

 

 

 

 

 

HPC, IZO-SGI

New HPC resources at the UPV/EHU to serve research

October 29th, 2014

Katramila-1The Scientific Computing Service of the UPV/EHU(IZO-SGI) has released the new computing resources of the cluster Arina. This cluster offers High Performance Computing services to the scientific community of the university as well as to enterprises and other public institutions. With this renewal, the service continues offering cutting edge resources to the researchers to maintain and improve the technical-scientific production and international competitiveness.

The extension of the cluster tries to cover the needs that have been detected in several aspects of the computation. We emphasize the following:

  • A high RAM memory system(512 GB) oriented to genomic sequencing, but also with applicability to other areas.
  • A node with 2 Nvidia Kepler K20 GPUs  for any kind of applications that use these increasingly computing system.
  • A high capacity (40 TB) and high performance file system with ~6 GB/s input/output bandwidth. I.e, it can store the capacity of 60.000 CDs and can read or write in just one second the equivalent to 9. This filesystem is not for static data but is used for temporary storage of the calculations. The genetic applications, Quantum Physics and Chemistry, big data, etc will take advantage of this system.
  • All the elements are connected with a high bandwidth (56 Gb/s) and low latency network, equivalent to 560 domestic connections at 100 Mb/s. The filesystem is also connected through this network.
  • Finally, of course, computing power based on last generation of Intel Xeon Ivy-bridge processors, with quite a lot RAM memory (128 GB) and solid stated hard disk, much faster than traditional ones.

The new resources have been integrated in the Arina cluster and we have call it Katramila, messy in basque, because of the particular door of the rack, as you can see in the photograph, and because the integration of it has been messy.

Below you can found a more detailed description of the equipment:

  • 32  BullX nodes with 662 cores oriented to processing with the following characteristics:
    • 30 blade nodes with 20 cores in 2 Xeon 2680v2 processors at 2.8 GHz, 128 GB RAM at 1867 MHz and a 128 GB solid state hard disk.
    • 1 node with 2 Nvidia Kepler K20 GPUs with 5 GB RAM, 20 cores in 2 Xeon 2680v2 processors at 2.8 GHz, 128 GB RAM at 1867 MHz and a 128 GB solid state hard disk.
    • 1 node with 512 GB of RAM at 1600 MHz, 32 cores in 4 Xeon 4620 v2 processors at 2.6 GHz and 1 TB of hard disk.
  • 1 high performance file system in high availability based in Lustre and build with 4 BullX servers and 5 E2700 Netapp storage systems with 40 TB of capacity, 6.7 GB/s write speed and 5.1 GB/s read speed.
  • A FDR infiniband network with low latency and high bandwidth (56 Gb/s) connecting all the elements.
  • A BullX administration node with 2 Xeon 2650v2 processors with 8 cores each at 2.6 GHz, 128 GB of RAM at 1867 GHz and 3 TB of disk in mirror configuration.
  • Other elements like rack, service network, administration tool, etc.

Cluster ArinaKatramila-2

 

 

 

 

 

HPC, IZO-SGI

Ikerkuntzari bideratutako kalkulu klusterra berrituta

October 28th, 2014

Katramila-1Ikerkuntzari Zuzendutako Informatikako Zerbitzu Orokorrak (Kalkulu zientifikoa IZO-SGI) Arina klusterraren atal berria produkzioan jarri du. Atal berri honekin, konputazio zerbitzuak eskaintzen dira bai unibertsitate, zein enpresa eta bestelako erakunde publikoei ere. IZO/SGI SGIKer-ren helburua, ikertzaileei punta-puntako ekipamendua eskura jartzea da beraien produkzio zientifiko-teknikoa eta lehiakortasun internazionala mantendu eta hobetzeko.

Arinaren osagai berri hauek, erabiltzaileen artean somatu diren beharrak asetzen dituzte eta konputazioaren hainbat aspektu tekniko osatzen ditu ere. Azpimarratu daitezken batzuk dira:

  • RAM Memoria handiko (512 GB) sistema bat sekuentziatzio genomikora bideratua baina beste arloetan ere aplikazioak dituena.
  • 2 Nvidia Kepler K20 GPU tarjetak dituen sistema bat gero eta ohikoagoa den GPU konputazioarako.
  • Eraginkortasun handiko fitxategi sistema bat (almazenamendua). Biltegiratze tamaina handikoa   (40 TB) eta eragikortasun paregabekoa datuak idazteko eta irakurtzeko garaian, ~6 GB/s-ko abiadurarekin. Hots, 60.000 CD-ren kapazitate berdina eta 10 CD-tan sartzen den informazioa segundo batean idazteko edo irakurtzeko ahalmenarekin. Fitxategi sistema hau ez da almazenamendu estatikoarentzako, kalkuluak modu eraginkorrean egin ahal izateko baizik. Aplikazio genetikoak, kimika eta fisika kuantikoa, big data, etab-ek. hartuko dute honen abaintaila.
  • Elementu guztiak zabalera handiko (56 Gb/s) eta latentzia baxuko komunikazio sare baten bitartez konektatuta daude. Banda zabalera hau, etxeetan dugun 100 Mb/s-ko 560 sareen baturaren baliokidea da.  Eraginkortasun handiko almazenamendua ere sare honen bitartez konektatuta dago.
  • Azken belaunaldiko Intel Xeon Ivy-bridge prozesagailuetan oinarritutako kalkulu pontentzia, 128 GB-etako RAM memoriarekin  eta  egoera solidoko disko zurrunekin.

Anpliazio berria Arina klusterrean integratu da eta Katramila deitu diogu, armairua duen ate bereziagatik (ikus goiko irudia) eta integrazioa katramilatsua izan delako.

Eskuratutako elementuen zehaztazunak honakoak dira:

  • 32 BullX nodo 662 koreekin prozesamendura bideratuta ondorenko ezaugarriekin:
    • 30 nodo 2.8 GHz-etako 20 core-ekin, 2 Xeon 2680v2 prozesagailuetan banatuak, bakoitza 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta 128 GBetako egoera solidoko disko zurrunarekin.
    • Nodo bat 2 tarjeta Nvidia Kepler K20, 5 GB RAM dituztenak.   2.8 GHz-etako 20 core-ekin, 2 Xeon 2680v2 prozesagailuetan banatuak, 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta egoera solidoko disko zurrunarekin.
    • Nodo bat 512 GB eta 1600 MHz RAM memoriarekin,  2.6 GHz-etako 32 core-ekin, 4 Xeon 4620v2 prozesagailuetan banatuak eta TB bateko diskoarekin.
  • Eraginkortasun handiko fitxategi sistema paralelo bat disponibilitate handian eta Lustren oinarrituta, 4 zerbitzari BullX-ekin eta 5 NetApp E2700 kabinekin eraikitakoa. Sisteman 40 TBetako kapazitate netoa dauka eta 6.9 GB/s-ko abiadurarekin idazten eta 5.1 GB/s-koa irakurtzen ditu datuak.
  • Latenzia baxuko eta 56 Gb/s banda zabalerako FDR Infiniband sarea klusterreko elementu guztiak komunikatzeko.
  • Administrazio BullX  zerbitzari bat 2.6 GHz-etako 16 core-ekin,  2 Xeon 2650v2 prozesagailuetan banatuak. 128 GB eta 1867 MHz RAM memoria eta 3 TB-etako almazenamendua ispulu moduan konfiguratua.
  • Rack, software, zerbitzu sare bat, monitorizazio, etab bestelako elementuak.

Cluster ArinaKatramila-2

 

 

 

 

 

HPC, IZO-SGI

Día internacional de Ada Lovelace

October 13th, 2014

Ada_LovelaceAda Lovelace (1815-1852) fue la primera persona en programar ordenadores cuando estos aun ni siquiera existían, sino que solo eran diseños de futuras máquinas de cálculo. Ada se ha convertido en un símbolo sobre el reconocimiento del papel de las mujeres en la Ciencia y todos los 14 de Octubre se celebra el día internacional de Ada Lovelace para promover el papel de las mujeres en Ciencia, Tecnología, Ingeniería y Matemáticas.

 

Para saber más de Ada Lovelace podéis leer sus entradas en la Wikipedia (Euskera)(Español)(Inglés). La organización impulsora del Día de Ada es findingada.com.

 

 

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