HPC @UPV/EHU

El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) IZO-SGI de la UPV/EHU a puesto en producción la ampliación de su cluster de cálculo Arina. Con este cluster se ofrecen servicios de computación de altas prestaciones tanto a la propia universidad como a empresas u otros organismos públicos que demanden su uso. El objetivo de esta ampliación es seguir ofreciendo recursos de primera línea a los investigadores para que puedan mantener y mejorar su producción científica-técnica y competitividad internacional.

La ampliación trata de cubrir las necesidades que se han detectado y cubre varios aspectos concretos de la computación. A destacar son:

• Un sistemas específico de mucha memoria RAM (512 GB) orientado a la secuenciación genómica, pero que tiene también aplicación en otras áreas.
• Un nodo con dos tarjetas gráficas de cómputo Nvidia Kepler K20 para todo tipo de aplicaciones dado que el cómputo con GPUs es cada vez más común.
• Un sistema de ficheros (almacenamiento) de gran capacidad con 40 TB y alto rendimiento en lectura y escritura con velocidades de ~6 GB/s. Es decir, tiene la capacidad equivalente a 60.000 CDs y es capaz de escribir o leer en un solo segundo lo equivalente a lo almacenado en 9 CDs. Este sistema de ficheros no es para almacenamiento estático sino para la realización de los cálculos beneficiándose del mismo las aplicaciones genéticas, física y química cuánticas, big data, etc
• Todos los elementos conectados a través de una red de cálculo de baja latencia (digamos de rápida respuesta) y de alto ancho de banda con 56 Gb/s, es decir, el equivalente al ancho de banda de 560 conexiones domésticas a 100 Mb/s. A través de esta red también está conectado el almacenamiento de alto rendimiento.
• Finalmente, por supuesto, potencia de cálculo basada en nodos biprocesadores Intel Xeon Ivy-bridge de última generación, con bastante memoria RAM, 128 GB, y disco duro de estado sólido que son mucho más rápidos que los convencionales.

A la nueva ampliación se ha integrado con el resto del cluster Arina y la hemos llamado Katramila, enredo en euskera, por la peculiar puerta plateada del rack que podéis observar en la foto de cabecera y porque la integración ha sido complicada.

Más concretamente los detalles de los elementos adquiridos son:

• 32 nodos BullX con 662 cores orientados a procesamiento con las siguientes características:
  • 30 nodos formato blade de 20 cores en  2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
  • 1 nodo con 2 tarjetas GPUs Nvidia Kepler K20 de 5 GB de RAM, 2o cores en 2 procesadores Xeon 2680v2 a 2.8 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y disco duro de estado sólido de 128 GB.
  • 1 nodo con 512 GB de memoria RAM a 1600 MHz, 32 cores en 4 Procesadores Xeon  4620v2 a 2.6 GHz y disco duro de 1 TB.
• 1 Sistema de archivos paralelo de alto rendimiento en alta disponibilidad basado en Lustre montado con 4 servidores BullX y 5 cabinas NetApp E2700. El sistema tiene una capacidad de 40 TB netos, una velocidad de 6.9 GB/s en escritura y 5.1 GB/s en lectura.
• Una red de cálculo infiniband FDR de baja latencia y 56 Gb/s de ancho de banda uniendo todos los elementos.
• Un servidor de gestión BullX  con 2 procesadores Xeon 2650v2 con 8 cores cada uno a 2.6 GHz, 128 GB de RAM a 1867 MHz y 3 TB de disco neto con mirroring.
• Elementos accesorios como rack, una red de servicio, software de gestión y monitorización, etc.

Cluster Arina

HPC, IZO-SGI