La primera sala recrea el ambiente de una clase de una escuela femenina de la II República. Paulí Dávila, ex director del Museo de Educación, ha subrayado que «los Museos de Educación no se pueden entender sin las aulas; las aulas reflejan la realidad social y la experiencia educativa de la época». El material utilizado para la formación del aula ha sido recogido de la Escuela de Magisterio, el Museo de Educación de Donostia y aportaciones particulares. Además, la sala cuenta con paneles informativos que muestran la evolución de la educación en Bizkaia desde la época de los Fueros hasta la actualidad. 

Luisma Naya, nuevo director del museo y responsable del equipo de investigación IkasGaraia, ha explicado que “las aulas no cambiaron mucho en la República y durante el franquismo; el mayor cambio estaba en el símbolo político que había colgado en la pared”. En la República figuraba el escudo del Estado y en el franquismo el retrato de Franco. En el aula se pueden ver además los elementos didácticos habituales de la época: animales disecados, esqueletos y colecciones de minerales. Tampoco faltan símbolos religiosos como la cruz de pared o el cuadro de la Virgen María. 

La segunda sala está dedicada a la colección de libros de texto y mapas. La mayoría de los libros de texto no están digitalizados y, además, recogen material que no es posible encontrar en las bibliotecas habituales. La colección se sigue completando, y para ello ha sido imprescindible la labor de profesores e investigadores como Gurutze Ezkurdia, que han recuperado numerosos libros de texto y mapas antes de que acabaran en la papelera. Ezkurdia ha destacado que «es un material muy interesante para realizar trabajos de investigación sobre la historia de la educación, tanto en Trabajos de Fin de Grado como de Fin de Máster». 

Joxerramon Bengoetxea, rector de la EHU también acudió a la inauguración del Museo de la Educación. En su intervención, subrayó la importancia de los museos y la educación, comparándolos con el contexto actual: «Hoy en día el armamento marca el momento, pero la inversión realmente productiva tiene que hacerse en la educación, en las escuelas y en la investigación; no en los tanques, en misiles o en drones de ataque». Asimismo, ha destacado que «la importancia de los museos en nuestro patrimonio es innegable y las escuelas son parte fundamental de la historia de nuestro pueblo». 

Además del Museo de la Educación de la EHU existen otros 11 museos pedagógicos en el Estado. Para visitar el nuevo espacio de la Facultad de Educación de Bilbao hay que ponerse en contacto con el Departamento de Ciencias de la Educación, enviando un correo electrónico con la solicitud a Gurutze Ezkurdia o a Karmele Artetxe. En cada visita, además, se admiten un máximo de 15 personas.