Irakasgai honetan aurreko ikasturteko oinarri teorikoak garatuko dira; horretarako, espektroskopia teknikak erabilita biomolekulen egituren ezaugarriak eta molekulen arteko elkarrekintzak aztertuko dira.

Edukiak

Proteinen egonkortasuna. Espektroskopia diferentzialaren erabilerak. FT-IR espektroskopiaren analisia: proteinen bigarren mailako egitura. Dikroismo zirkular bidezko bigarren mailako egituraren esleipena. Polaritateak floureszentziarengain eragiten duen efektua. Proteina-estekatzaile interakzioak: Fluoreszentzia. Fluoreszentzia bidezko Ca++-ren neurketa. FRET. Fluoreszentziaren polarizazioa: erabilerak. Erresonantzia magnetiko nuklearreko espektroen analisia. X izpien difrakzioaren gaineko sarrera.

Proteinen egonkortasuna. Proteina baten AG-aren kalkulua desnaturalizatzaile desberdinak erabiliz. Cm konparazioa. Espektroskopia diferentzialaren erabilerak. Erredox potentzialaren neurketak. FT-IR espektroskopiaren analisia: proteinen bigarren mailako egitura. Proteinen bigarren mailako egituraren eskuratzea. Dikroismo zirkular bidezko makromolekulen egituraren esleipena. Proteinen eta azido nukleikoen bigarren mailako egituraren eskuratzea. Polaritateak floureszentziarengain eragiten duen efektua.

Zunda askeen eta biomolekulei lotutako zunden ezaugarri fluoreszenteak. Proteina-estekatzaile interakzioak. Fluoreszentzia bidezko Kd-aren kalkulua. Anisotropia, indargetzea eta bizi-denborak. Hormona hartzaileen karakterizazioa. Ca2+-aren detekzioa fluoreszentzia erabiliz. Zinetikak eta Kd-aren kalkulua. FRET. Proteinen kromoforoen arteko distantziaren RET bidezko neurketa. Fluoreszentziaren polarizazioaren erabilerak. Teknikarekin erlazionatutako esperimentuen diseinua. Erresonantzia magnetiko nuklearreko espektroen analisia. Proteinen 3D egituraren esleipena. X izpien difrakzioaren gaineko sarrera. Proteinen 3D egituraren X izpien bidezko esleipena

La asignatura consta de clases magistrales (M) donde se actualizará la información que no se haya incluido en el curso de "Espectroscopía de Biomoléculas" y se explicarán los protocolos de prácticas, seminarios donde se desarrollaran técnicas más complejas o recientes, prácticas de laboratorio y prácticas de ordenador sobre tratamientos de los datos obtenidos en las prácticas de laboratorio o con datos experimentales reales que se suministrarán o prácticas in silico con instrumentación no eccesible al laboratorio de prácticas.

Indarrean dagoen araudiaren arabera, ikasleak etengabeko ebaluazioari uko

egin nahi badio, hori adieraziz idatzi bat aurkeztu beharko dio

irakasgaiaren ardura duen irakasleari eta, horretarako, bederatzi asteko

epea izango du ikasturtea hasten denetik.

Uko egitea: Etengabeko ebaluazioaren kasuan, deialdiari uko egin nahi dion

ikasleak irakasgaiaren irakaskuntza aldia bukatu baino, gutxienez, hilabete

lehenago egin beharko du eskaria. Eskari hori idatziz aurkeztu beharko zaio

irakasgaiaren ardura duen irakasleari. Azken ebaluazioaren kasuan,

Deialdiari uko egiteko, azterketa egun ofizialean egin beharreko probara ez

aurkeztea nahikoa da.



Ebaluazioa:

Laborategian burututako lana (%40) eta idatzitako txostena (%40); Mintegia %10, Kristalografia azterketa %10.

Moodle orria

Oinarrizko bibliografia

- Estructura de proteínas, Gómez-Moreno C., Sancho, J (2003), ed. Ariel Ciencia

- Biological Spectroscopy, Campbell I.D. and Dwek, R.A. (1984), Benjamin Cummings

Gehiago sakontzeko bibliografia

- Biophysical Tools for Biologists,Volume One: In Vivo Techniques. J.J.Correia y H.W.Dietrich III en: Methods in Cell Biology vol 89, (2008) Elsevier
- Methods in Molecular Biophysics. Structure, dynamics, function. I.N. Serdyuk, N.R. Zaccai, J. Zaccai (2007) Cambridge
- Spectroscopy for the Biological Sciences. G.G.Hammes (2005) Wiley Interscience.
- Principles of Fluorescence Spectroscopy. 3 ed J.R. Lakowicz. (2006) Springer.
- Spectroscopy for Biochemist. S.B. Brown (1980) Academic Press
- Principles of Physical Biochemistry. K. E. van Holde, W. Curtis Johnson and P. Shing Ho. (1998) Prentice Hall.
- Molecular Spectroscopy J.M. Brown. (1998) Oxford University Press.
- Foundations of Spectroscopy S. Duckett and B. Gilbert. (2000) Oxford University Press.
- Spectrometry and Spectrofluorimetry. A Practical Approach. C.L. Baschford and D.A. Harris. (1987) IRL Press.
- Spectrophotometry and Spectrofluorimetry M.G. Gore. (2000) Oxford University Press, 2000
- Introduction to Biophysical Methods for Protein and Nucleic Acid Research. J.A. Glasel y M.P. Deutscher (eds.) (1995). Academic Press.
- Biophysical Chemistry. Part II: Techniques for the study of biological structure and function. C. R. Cantor and P. R. Schimmel. (1980) W. H.Freeman and Company.
- Protein Structure: a practical approach. T. E. Creighton. (1990) IRL Press at Oxford University Press.
- Cell and Molecular Biology: concepts and experiments. G. Karp. (1996) J. Wiley and Sons, Inc

Aldizkariak

- Nature
- Nature Methods
- Annual Review o0f Biophysics
- Biophysical Journal
- Biochemistry