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CFD: Solicitud 2017 de licencias de STARCCM+ y HEEDS para investigación y docencia

July 6th, 2017

El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) ha renovado la licencia corporativa para la UPV/EHU del programa de dinámica de fluidos (CFD) STARCCM+ y el programa de HEEDS  que automatiza el proceso de optimización de parámetros en diseños, para el año 2017.

Estas licencias pueden usarse en los clusters de cálculo del Servicio de Cálculo Científico de la UPV/EHU. También pueden solicitarse licencias personales para uso en los ordenadores de los investigadores, para ello es necesario realizar una solicitud a los técnicos del Servicio de Cálculo Científico.

Características de la licencia

La licencia será válida hasta Febrero del 2017 y permite el uso de todos los procesadores del ordenador. Se puede usar en ordenadores corporativos de la UPV/EHU o a través de VPN.

Se dispone de licencia de docencia que permite la instalación de STARCCM+ en las aulas de docencia de la UPV/EHU para impartir cursos y asignaturas.

Tarifa STARCCM+

El uso de STARCCM+ en aulas para docencia de cursos y asignaturas es gratuito.

El uso de STARCCM+ en el cluster de cálculo Arina de la UPV/EHU es gratuito y solo se factura el uso de horas de cálculo según la tarifa estándar del Servicio.

Las tarifas que se aplicarán para la instalación de licencias en los ordenadores personales de los investigadores se detalla a continuación.

  • Licencias de docencia y pruebas.

Para un PC y menos de 250 horas. Se pueden solicitar licencias gratuitas para probar el programa, realizar tareas relacionadas con la docencia o proyectos de fin de máster. Estas licencias estarán restringidas a un máximo de 250 horas de uso.

  • Licencias de investigación en PCs

Las licencias destinadas a su instalación en ordenadores corporativos personales cuyo uso va a ser de más de 250 horas, y por tanto se consideran de investigación, se facturará a 250 € por equipo.

  • Licencias de investigación en estaciones de trabajo y servidores.

Las licencias destinadas a su instalación en estaciones de trabajo y servidores (procesadores xeon o similares) tendrá un coste de 50 € por core.

STARCCM+ CFD simulationMás información

  • Página web CD-Adapco, proveedor del software.

Para poder usar HEEDS póngase en contacto con los técnicos.

Anuncios, General, IZO-SGI

Massively Parallel Systems Summer School (PUMPS-2016)

May 20th, 2016

Introduction

Barcelona Computing Week 2014, July 11-15, at BSC/UPC, Barcelona.

BSC - Barcelona Supercomputing CenterThe BSC/UPC has been awared by Nvidia as GPU Center of Excellence. The Programming and tUning Massively Parallel Systems Summer School (PUMPS) offers researchers and graduate students a unique opportunity to enrich their skills with cutting-edge technique and hands-on experience in developing applications for many-core processors with massively parallel computing resources like GPU accelerators.

Participants will have access to a multi-node cluster of GPUs, and will learn to program and optimize applications in languages such as CUDA and OmpSs. Teaching assistants will be available to help with assignments.

 

Important information

  • Applications due: May 31
  • Notification of acceptance: June 10
  • Summer school dates: July 11-15, 2014
  • Location: Barcelona Supercomputing Center / Computer Architecture Dept. at Universitat Politecnica de Catalunya, Barcelona, Spain. Room TDB.

Lecturers

  • Distinguished Lectures:
    • Wen-mei Hwu, University of Illinois at Urbana-Champaign.
    • David Kirk, NVIDIA Fellow, former Chief Scientist, NVIDIA Corporation.
  • Invited Lecturer: Juan Gómez Luna (Universidad de Cordoba).
  • BSC/UPC Lecturers:
    • Xavier Martorell
    • Xabier Teruel
  • .Teaching Assistants:
    • Abdul Dakkak, Carl Pearson, Simon Garcia de Gonzalo, Marc Jorda, Pau Farre, Javier Bueno, Aimar Rodriguez.

The list of topics

  • CUDA Algorithmic Optimization Strategies.
  • Dealing with Sparse and Dynamic data.
  • Efficiency in Large Data Traversal.
  • Reducing Output Interference.
  • Controlling Load Imbalance and Divergence.
  • Acceleration of Collective Operations.
  • Dynamic Parallelism and HyperQ.
  • Debugging and Profiling CUDA Code.
  • Multi-GPU Execution.
  • Architecture Trends and Implications
  • FORTRAN Interoperability and CUDA Libraries.
  • Introduction to OmpSs and to the Paraver analysis tool.
  • OmpSs: Leveraging GPU/CUDA Programming.
  • Hands-on Labs: CUDA Optimizations on Scientific Codes. OmpSs Programming and Tuning.

More information

 

 

Anuncios, HPC

CFD: Solicitud 2016 de licencias de STARCCM+ para investigación y docencia

April 13th, 2016

El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) ha renovado la licencia corporativa para la UPV/EHU del programa de dinámica de fluidos (CFD) STARCCM+ para el año 2016.

Estas licencias pueden usarse en los clusters de cálculo del Servicio de Cálculo Científico de la UPV/EHU. También pueden solicitarse licencias personales para uso en los ordenadores de los investigadores, para ello es necesario realizar una solicitud a los técnicos del Servicio de Cálculo Científico.

Características de la licencia

La licencia será válida hasta Febrero del 2017 y permite el uso de todos los procesadores del ordenador. Se puede usar en ordenadores corporativos de la UPV/EHU o a través de VPN.

Se dispone de licencia de docencia que permite la instalación de STARCCM+ en las aulas de docencia de la UPV/EHU para impartir cursos y asignaturas.

Tarifa

El uso de STARCCM+ en aulas para docencia de cursos y asignaturas es gratuito.

El uso de STARCCM+ en el cluster de cálculo Arina de la UPV/EHU es gratuito y solo se factura el uso de horas de cálculo según la tarifa estándar del Servicio.

Las tarifas que se aplicarán para la instalación de licencias en los ordenadores personales de los investigadores se detalla a continuación.

  • Licencias de docencia y pruebas.

Para un PC y menos de 250 horas. Se pueden solicitar licencias gratuitas para probar el programa, realizar tareas relacionadas con la docencia o proyectos de fin de máster. Estas licencias estarán restringidas a un máximo de 250 horas de uso.

  • Licencias de investigación en PCs

Las licencias destinadas a su instalación en ordenadores corporativos personales cuyo uso va a ser de más de 250 horas, y por tanto se consideran de investigación, se facturará a 140 € por equipo.

Se pueden solicitar acceso a equipos por VPN. Los recursos a traveś de VPN son muy limitados, por ello la licencia se renovará trimestralmente con un costo adicional de 35 € por licencia y trimestre.

  • Licencias de investigación en estaciones de trabajo y servidores.

Las licencias destinadas a su instalación en estaciones de trabajo y servidores (procesadores xeon o similares) tendrá un coste de 45 € por core.

STARCCM+ CFD simulationMás información

  • Página web CD-Adapco, proveedor del software.

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Anuncios, IZO-SGI

Short Course “The Chemical Bond”

February 9th, 2016

15/02/16 – 19/03/2016 : Open Short Course at DIPCref01355

The Chemical Bond

Prof. Gernot Frenking, from the Department of Chemistry of Philipps-Universität Marburg and DIPC, is delivering this course with the aim of  bridging the gap between the physical nature of the covalent bond and chemical bonding models which are traditionally used in chemistry to describe molecular structures and interatomic interactions. The course is addressed to chemistry students at all stages and senior scientists who are interested in chemical bonding. Further information in the attached document.  

If you are planning to attend, please, send an email before Friday 12th at amaia_arregi001 AT ehu.eus with the following information for the inscription: name, profile, affiliation, research subject and your preferred schedule (Monday-Thursday or Tuesday-Wednesday).  

 

Instructor: Prof. Gernot Frenking, Department of Chemistry, Philipps-Universität Marburg and DIPC

Starting Date: The week starting on February 15th

Ending Date: The week ending on March 19th

Schedule: Two 90 minutes sessions per week, starting at 10:00 AM.

Venue: Lecture Room of Building 2 at DIPC, Ibaeta Campus, Donostia.

Description: The aim of this course is to bridge the gap between the physical nature of the  covalent bond and chemical bonding models which are traditionally used in chemistry to describe molecular structures and interatomic interactions. It is addressed to chemistry students at all stages and senior scientists who are interested in chemical bonding. The specific direction and scope of the course is open to discussion and may be adjusted to the interest of the audience.

There will be a short historical introduction into chemical bonding with particular emphasis on the electron-pair bonding model of Gilbert Lewis, who published his seminal paper “The Atom and the Molecule” 100 years ago in 1916. This will be followed by the description of the physical nature of chemical bonding that was introduced by Heitler and London in 1927 and the later work by Klaus Ruedenberg. The remaining lectures are devoted to particular topics and classes of chemical bonding such as multiple bonding, conjugation, hyperconjugation, aromaticity, dative bonding, charge distribution, dipole moment, Dewar-Chatt-Duncanson model etc. The lecture covers chemical bonding in main-group compounds and transition metal complexes.

Outline:

I. History of Chemical Bonding

II. Physical Nature of the Chemical Bond

III. Chemical Bonding in Diatomic Molecules of Main Group Atoms

IV. Charge Distribution and Dipole Moment

V. Chemical Bonding of Atoms of the First Octal Row and Heavier Homologues

VI. Multiple Bonds

VII. Conjugation, Hyperconjugation, Aromaticity

VIII. Dative Bonding in Main Group Compounds

IX. Chemical Bonding in Transition Metal Compounds

Basic Reference Textbooks:

1. The Chemical Bond. Fundamental Aspects of Chemical Bonding. G. Frenking and S.

Shaik (Eds), Wiley-VCH, Weinheim, 2014.

2. The Chemical Bond. Chemical Bonding Across the Periodic Table. G. Frenking and S.

Shaik (Eds), Wiley-VCH, Weinheim, 2014.

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EHUbox, el almacenamiento en la nube de la UPV/EHU

January 8th, 2016

More TB iconLa UPV/EHU ha creado el servicio de almacenamiento EHUbox. Para describir rápidamente este servicio podemos decir que es similar al conocido Dropbox con la diferencia fundamental de que los datos son guardados en servidores propios de la UPV/EHU, por lo que cumple con mayores requerimientos de seguridad y privacidad de la LOPD al no enviarse los datos a servidores externos.

Características y funcionalidades

El servicio que ha puesto en marcha la Vicegerencia de las TICs tiene las siguientes características principales:

  • No hay que solicitarlo. El personal de la UPV/EHU lo tiene asignado y basta con conectarse a la página web http://ehubox.ehu.es para acceder al almacenamiento personal.
  • Se ha asignado una cuota personal de 50 GB.
  • Métodos de acceso al almacenamiento.
    • Con un navegador a través de la url anterior y trabajando desde la web.
    • También se puede acceder desde móviles mediante apps tanto para Android como para Iphone. La app oficial de Owncloud tiene un coste de 0.73 € mientras que la de oCloud es gratuíta. También son gratuítas las que encontramos en F-Droid. Conectarse a la dirección ehubox.ehu.es  desde la app para acceder.
    • Se puede instalar el cliente para PC (Windows, Linux o Mac) y se accede a al servicio como si fuese una carpeta normal (descarga de clientes). Conectarse a la dirección ehubox.ehu.es en el cliente apara acceder.
    • Mediante el protocolo webdav, para entenderlo mejor podemos decir que es similar al protocolo ftp. Por ejemplo desde un navegador de archivos con la siguiente ruta o conexión a servidor  davs://ehubox.ehu.eus/owncloud/remote.php/webdav.
  • La aplicación permite compartir archivos fácilmente. Para ello hay dos mecanismos.
    • Con otro personal de la UPV/EHU mediante su usuario de LDAP para compartir una carpeta o fichero internamente. Una vez compartida la carpeta aparece inmediatamente en el area de quien con hayamos compartido.
    • La segunda opción es generando un enlace web aleatorio que permite compartir los ficheros o carpetas. Enviando este enlace a otra persona esta puede descargarse el fichero tanto desde dentro como desde fuera de la UPV/EHU.
  • Los datos pueden compartirse con el exterior mediante enlace, pero estos están almacenados en discos en la propia UPV/EHU no en servidores externos a la UPV/EHU hasta que se descargan.
  • Se pueden crear grupos de trabajo y compartir ficheros y carpetas con el grupo (solicitar la creación del grupo al CAU).
  • Permite trabajo edición y trabajo colaborativo con documentos .odt, .docx y .doc.
  • Papelera para recuperar archivos borrados en lo últimos 30 días.
  • La infraestructura física que existe por debajo es la misma que la de EHUstorage, el sistema de almacenamiento masivo para personal de la UPV/EHU que ya describimos en este post. Por lo que es un sistema altamente seguro ante fallos del hardware.

Nota

El sistema está completamente operativo y es estable, pero aún continua en fase de pruebas.

Más información

ehuSTORAGE: Sistema de almacenamiento masivo de la UPV/EHU para el personal.

http://www.ehu.eus/es/group/ikt-tic/ehubox

 

 

 

Anuncios, General

Micro charla de supercomputación en la Semana de la Ciencia en Abadiño

November 10th, 2015

El Servicio de Computación Científica de la UPV/EHU dará la microcharla

Supercomputación en gigantescos ordenadores y teléfonos móviles

el miércoles 11 de Noviembre en la Biblioteca de Errota del barrio Matiena de Abadiño a las 18:30 junto con otras 4 microconferencias sobre Ciencia.

 

Abadiñoko Zientzia Astea

 

 

Anuncios, IZO-SGI

Schrodinger Workshop en Paris September 23 – 25, 2015

July 1st, 2015

Biologocs suite


Registration

The early registration discount applies if you register before June 30th, and you can do so by clickin ghere. For additional information regarding the UGM, please visit the event page.


Poster Session

If you would like to present an application of the Schrödinger suite from your work, there are a few poster slots still available and we’re welcoming submissions for review. Simply e-mail the title and 1-page abstract directly to 2015_europe_ugm@schrodinger.biz.

Hands-On Workshops

#1 – Introduction to Molecular Dynamics with Desmond

  • Introduction to Molecular Dynamics
  • Prepare a simulation in less than 10 minutes
  • Analysis and interpretation of MD results: What can I learn from a MD simulation?
  • Focus on proteins and protein-ligand systems

#2 – Quantum Mechanics: Where it makes a difference in drug discovery

  • Geometry optimizations and scans in drug-like molecules and metal clusters
  • Reactivity and toxicity predictions
  • pKa predictions
  • Hydrogen bond strength and non-covalent interactions

#3 – Lead Optimization: From micromolar to nanomolar inhibitors via accurate free binding energy predictions

  • Recreate a fragment-based drug design study of JAK-2 inhibitors using FEP+
  • Prepare a system for FEP calculations: Ligand alignments, water treatment, and dealing with X-ray structures
  • Analyze FEP results with new tools: Extending calculations to new design ideas
  • Other applications of FEP: Predictions of solubility, selectivity, off-target activity, and protein stability

#4 – Increasing the impact of modelling on drug discovery with Schrödinger Enterprise Informatics

  • Query the Protein Ligand Database (PLDB) for novel interaction motifs
  • Share results from Maestro with other colleagues using LiveDesign
  • Publish a validated computational model
  • Collaborative design

More Information here

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Turbomole workshop

June 8th, 2015

The NSCCS will hold a 2 day workshop on TURBOMOLE, a powerful, general purpose Quantum Chemistry program package for ab initio electronic structure calculations from 22nd to 23rd September 2015 at Imperial College London.

Scope of the workshop

This two day workshop will introduce researchers in the field of quantum chemical calculations to TURBOMOLE in general and the graphical user interface, command line usage and special general topics like parallelisation, queuing systems, and other technicalities. On the afternoon of the second day we may discuss a few special topics the participants may choose.

turbomoleList of topics

  • Introduction
  • Using the graphical user interface of TURBOMOLE
  • Command line usage
  • Command line tools
  • Running parallel jobs
  • Special topics requested by participants

 Target audience

Attendees are expected to be graduate students and postdocs as well as young lecturers who have limited experience in quantum chemical calculations and/or TURBOMOLE and would benefit from an introductory workshop.

Important data

Date and place of the workshop: Tuesday 22nd to Wednesday 23rd September 2015 at Imperial College London.

Application deadline: 2pm, Tuesday 1st September 2015

Fee: 60 GBP for Non-UK and Non-Academic attendees.

More information and application

NSCCS this web page.

 

 

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Workshop: Simulación de mecánica de fluidos (CFD) y Exploración de diseño para la industria de la Energía

June 1st, 2015

CFD exampleEn este seminario se mostrará cómo el CFD ayudó varias empresas a mejorar sus diseños, el rendimiento de sus equipos y reducir los costes de prototipos en cada etapa del desarrollo de sus productos. Varios casos reales serán presentados, incluidos unos testimonios de la UPV/EHU y de Fusion for Energy.

A través de presentaciones y demostraciones en vivo, usted aprenderá cómo aprovechar de la suite CD-adapco para simulaciones multi-disciplinarias y de lo fácil que es configurar una campaña de exploración de diseño. En particular:

  • Tratar con diferentes geometrías complejas
  • Utilizar tecnología de malla puntera incluyendo mallado en paralelo (workstations o clusters), poliedros o mallas predominantemente hexa
  • (Trimmed mesh).
  • Aprovechar esquemas de licenciamiento de software increíblemente flexibles (sin límite de cores, pago por uso, etc.)
  • Simular movimientos complejos a través de varios métodos, incluyendo la técnica de malla “Quimera” (overset grids)
  • Calcular los efectos térmicos tanto en la parte fluida como la parte solida
  • Modelar los flujos multifásicos
  • Flujos estacionarios y transitorios, RANSE y DES / LES
  • Combustión de gases y líquidos, incluyendo atomizadores de combustibles líquidos con ruptura de gotas, evaporación y reacción química.
  • Simular el emplazamiento de los parques eólicos y simular en detalle los aerogeneradores
  • Simular aplicaciones de energía solar y nuclear

El seminario es gratuito, pero las plazas son limitadas.

Agenda

09:30 – 10:00 Llegada, registro, café de bienvenida
10:00 – 10:30 Introducción (en castellano)
10:30 – 11:30 Soluciones de CD-adapco para la industria de la Energía (en inglés)
11:30 – 12:30 Demostraciones de herramienta CFD en directo sobre casos de energías renovables y convencional
12:30 – 13:00 “Passive flow control systems for wind turbines – vortex generators” – UPV/EHU, Dr. Fernández Gámiz, UPV / EHU (en castellano)
13:00 – 14:30 Almuerzo ofrecido por CD-adapco
14:30 – 15:00 Uso interactivo de STAR-CCM + en directo
15:00 – 15:30 “Use of STAR-CCM+ for CFD analyses of the ITER GYROTRON” – Fusion For Energy, Francesca Cau (en castellano)
15:30 – 16:00 Discusión final

Más información

Página web del evento.

 

 

 

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Software Carpentry Workshop: habilidades informáticas para trabajar mejor

May 15th, 2015

La misión de Software Carpentry es facilitar a los investigadores en su día a día formándole en habilidades computacionales que le van a ayudar a investigar mejor y más eficazmente. El Centro de Física de Materiales organiza este workshop en Donostia los días 15 y 16 de Junio. Los temas que se tratarán serán:

  • Introducción a los scripts de linux.
  • Introducción al sistema de control de versiones GIT.
  • Introducción a Python y sus librerías científicas.

Las plazas son limitadas y el plazo para inscribirse es el 20 de Mayo. Más información del evento:

Página web de SC15

software-carpentry-banner

 

 

 

 

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