Actualmente, El Departamento de Arquitectura oferta dos tipos de programas de Doctorado. Uno de ellos es el correspondiente al programa "Idea, Forma y Materia", puesto en marcha en el año 198X y que se extinguirá en el año 2015.

Por otro lado, el Departamento participa en dos nuevos programas de Doctorado de acuerdo con la nueva reglamentación.

El primero de ellos se denomina "Arquitectura, Patrimonio y Urbanismo", en el que participan los Departamentos de Física Aplicada I; Geografía Prehistoria y Arqueología; y el de Química Analítica. El Departamento de Arquitectura ejerce de Departamento responsable.

El segundo programa en el que participa es el de "Ingeniería Térmica", junto con el Departamento de Máquinas y Motores, responsable del mismo.