Las dos Escuelas integrantes de este programa de Doctorado (EIB y ETSICCP) disponen de aulas, centros de cálculo y espacios de trabajo totalmente equipados.

Para la formación de lo/as doctorando/as, ambas universidades cuentan con una amplia infraestructura para la docencia e investigación, que incluye espacios de trabajo, laboratorios y centros de cálculo, además de los recursos propios de los grupos de investigación. En concreto: El departamento de Ingeniería Química y del Medio Ambiente de la EIB de la Universidad del País Vasco (UPV/EHU) cuenta con: tres laboratorios docentes, Laboratorio de caracterización de combustibles y residuos, Laboratorio para la medida de compuestos orgánicos volátiles y tóxicos en aire localizado en el Parque Natural de Valderejo (Alava), Laboratorio de análisis químico general de muestras ambientales y de medida de radiación electromagnética, Laboratorio de tecnología de aerosoles y Laboratorio de modelización meteorológica y de dispersión de contaminantes. El departamento de Ciencias y Técnicas del Agua y del Medio Ambiente de la Universidad de Cantabria (UC) cuenta con: Laboratorio docente, Laboratorio de aguas y aguas residuales (acreditado con la ISO 9001 para la caracterización de aguas naturales, vertidos de aguas residuales y procesos de tratamiento), Laboratorio de residuos (con medios adaptados para el muestreo en punto de presentación urbano/rural y punto de vertido/evacuación), Laboratorios de Plantas Piloto y Técnicas Instrumentales, Laboratorio de ecología y Laboratorio de modelización ambiental.

Lo/as doctorando/as tienen pleno acceso a las bibliotecas de la EIB y ETSICCP de alumnos y de investigación, así como a todas las bases de datos electrónicas y herramientas disponibles en ambas universidades. Las dos bibliotecas se mantienen actualizadas de manera continua en el campo de la ingeniería ambiental mediante la adquisición de libros, publicaciones periódicas y otros materiales solicitados por el profesorado del programa de Doctorado.Concretamente, la Biblioteca de la EIB forma parte de la Biblioteca Universitaria de la UPV/EHU y consta de una sala amplia de libre acceso. En su catálogo aparecen los fondos bibliográficos de todos los centros de esta universidad.La Biblioteca de la ETSICCP de Santander forma parte de la Biblioteca Universitaria de la UC y consta de cuatro salas de libre acceso (Monografías, Referencias, Revistas y Básica). En su catálogo aparecen los fondos bibliográficos de todos los centros de la UC. La misión de ambas bibliotecas es servir de apoyo a las tareas docentes, discentes e investigadoras de las dos Escuelas, integrando todos los fondos bibliográficos, documentales y audiovisuales, cualquiera que sea su ubicación y procedencia. Las dos bibliotecas organizan periódicamente cursos de formación de usuarios dirigidos al profesorado y alumnado sobre el funcionamiento de sus servicios y manejo de fuentes de información.