Akademia Antolakuntza arloa sortu zen arlo akademikoko hiru zerbitzuetan (Graduko Ikasketak, Graduondoko Ikasketak eta Akademia Gestioa) egiten diren jarduerak eta beste errektoreordetzen edo administrazio atalen laguntza beharrezkoak diren lanak koordinatu eta zuzentzeko. Horien artean daude Unibertsitate Informaziorako Sistema Integratua, prezio publikoak, beka eskaerak, unibertsitate tituluen ematea, TGEa, tituluen jarraipena eta akreditazioa, etab.