EHUko GENOMIKA ZERBITZU OROKORRA GENE ADIERAZPEN UNITATEA

Aurkezpena

Biologiaren gertakari harrigarrienetariko bat da organismo baten milaka geneen adierazpen zuzena ahalbidetzen duen koordinazio zehatza: gene bakoitzak une eta leku egokian adierazi behar du, zelula-funtzioa egokia izan dadin. Geneen funtzioa ezagutzeari dagokionez, ezinbestekoa da jakitea gene horiek noiz, nola eta non adierazten diren kodetutako proteinen eginkizun eta jarduera biologikoa ulertzeko. Horrez gainera, gene-adierazpenean izandako patroi aldaketek mekanismo erregulatzaileei, zelula-funtzioei eta bide metabolikoei buruzko zantzuak eman ditzakete. Bestalde, funtsezkoa da gene-adierazpenaren erregulazioa eta zelula mota bakoitzean sortutako gene interakzioak ezagutzea kausa molekularren berri zehatza izateko zahartze-prozesuetan eta gaixotasun konplexuetan, hala nola minbizian eta gaixotasun neurodegeneratiboetan. Patologia horien kausa molekularrak ezagututa, diagnostikoa egiteko metodo hobeak eta sendatzeko produktu berriak sortzeko aukera izango dugu. Genomika funtzionalak, eta zehazkiago, microarrays teknologiak prozesu fisiologikoei eta patologikoei lotutako geneak hautemateko bidea ematen digu. Hortik ateratako infomazioaren bidez; alde batetik, ikerketa goiztiarra egiteko eta gaixotasun bat izateko joera genetikoa ebaluatzeko sistemak garatu daitezke; eta bestetik, gaur egun nekez sendatzen diren gaixotasunei aurre egiteko botika berriak sortu ditzakegu.

Eskala handian eginiko gene-adierazpenaren ikerketek, DNA osagarriko edo dentsitate handiko oligonukleotidoko microarrays teknologia erabilita, arazo biologikoei ikuspegi orokor batetik aurre egiteko aukera ematen dute. Horrek, halaber, gene erregulazio arrunta eta patologikoa ikertzeko modua erabat irauli du, gizakien, animalien, landaredien eta mikrobioen biologia alorretan.

Microarrays-en aplikazio nagusia gene-adierazpenaren monitorizazio orokorra da. Halere, geneen erregulazioa ikertzeko ere erabiltzen dira, proteinak genomaren gene-multzoen sekuentzia sustatzaileetan nola elkartzen diren aztertuz (ChIP-chip microarrays), eta gene eremuen ezabatzea edo zabaltzea ikertuz (aCGH microarrays) alterazio hori oso arrunta baita minbizian. Euskal Herriko Unibertsitateko Genomika Zerbitzuaren Gene Adierazpen unitatea sortu da laguntza osoa, esperimentala nahiz intelektuala, eskaintzeko Zientzia, Teknologia eta Berrikuntzaren Euskal Sarearen ikertzaileei, inguruko bioenpreseei, eta genomaren nahiz geneen esparruan lanean diharduten estatuko nahiz nazioarteko Erakunde Publikoei eta Pribatuei. Horretarako, unitateak, langile prestatuak, errendimendu handiko ekipo berriak eta laborategiko jarduera onen arabera eraiki berri den laborategia ditu.

Gene Adierazpen Unitateak gene-adierazpenaren azterketa konparatiborako eta bestelako aplikazioetarako honako ikerketa-sistema hauek eskaintzen ditu:

  • PCR kuantitatiboa edo PCR denbora errealean, Applied Biosystems-en 7900HT Fast Real Time PCR system sistemaren bidez: PCR denbora errealean edo sistema kuantitatiboan (qPCR) eginiko gene-adierazpenaren neurketa fluorokromo reporter baten fluoreszentzia hautematean oinarritzen da; seinalea proportzionalki areagotzen da PCR ziklo bakoitzean sortutako produktu kantitatearekiko. Teknika horrek azido nukleikoen azterketa kuantitatibo zehatzagoak egiteko aukera ematen digu. PCR produktua hautemateko bi eratako kimika erabiltzen da: DNArako koloragarri fluoreszentea edo TaqMan izeneko berariazko zunda fluoreszenteak.
  • Agilent Technologies-en Microarrays Plataforma: microarrays sistemen artean aurreratuenetarikoa den honek kalitate handiko metodologia eta erreprodukzio aukera handiak eskaintzen ditu. Agilent-en microarrays-ak oso sentikorra den matriz baten gainean jarritako oligonukleotido 60-mer espezifikoez osatzen dira, eta horrek RNA hasierako kantitate txikiak erabiltzeko aukera ematen du. Gaur egun, Agilent-ek aurrez diseinaturiko hainbat microarrays eskaintzen ditu, besteak beste, ChIP-chip edo CGH (aCGH) arrays-eko gene-adierazpenaren monitorizazioan aplikatzeko. Dena den, bezeroak aukeraturiko zundekin microarrays pertsonalizatuak ere egin daitezke, berari dagokion ikerketa eremuan azterketa zehatzak egiteko.
  • RNAren kalitatea aztertzea Agilent 2100 Bioanalyzer-aren bidez.