QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente.
Archivo por meses: julio 2009
NWchem
Información general
Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular y QM/MM. La versión que está instalada es la versión 5.1.
Como mandar NWchem
Ver la sección del sistema de colas [intlink id=»222″ type=»post»]como mandar trabajos NWchem[/intlink].
Más información
VASP
Información general
Versión 5.4.4 del programa de cálculo ab-initio de DFT con base de ondas planas y pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en la Universidad de Viena. Permite realizar relajaciones atómicas (dinámica molecular). Incluye las herramientas VTST.
Se requiere licencia.
Cómo usar
Para ejecutar VASP en paralelo basta con ejecutar el comando
/software/bin/vasp
Se encuentra instalado el software de visualización [intlink id=»1353″ type=»post»]p4vasp[/intlink], [intlink id=»5514″ type=»post»]XCrySDen[/intlink]. Para transformar los ficheros y poder ser leidos se puede usar XfsConvert ejecutando
v2xsf
Monitorizar cálculos
Se puede comprobar la convergencia de un cálculo en marcha con el comando
remote_vi JOB_ID
que nos abrirá los ficheros OSZICAR y OUTCAR además de dibujarnos la evolución de la energía y su variación. Es necesario conectarse con ssh -X o usar X2GO para que se abran las ventánas con los gráficos.