Archivo de la categoría: MM/MD

Qbox

Información general Versión: 1.62.3 Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers. 2. Cómo usar Para enviar trabajos a la cola … Sigue leyendo

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LAMMPS

LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) es un programa de dinámica molecular de los Laboratorios Nacionales Sandia.  LAMMPS hace uso de MPI para la comunicación en paralelo y es un  código libre/abierto, distribuido bajo los términos de la Licencia Pública General de GNU. Versión del 5 de Junio de 2019. Información General LAMMPS es … Sigue leyendo

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MACROMODEL

Macromodel es un paquete de Schrodinger Download article as PDF

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NAMD

La versión instalada es la 2.8 Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. El software se encuentra instalado tento … Sigue leyendo

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GROMACS

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AMBER

Información general Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. Cómo usar Están compilados las versiones en serie y … Sigue leyendo

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QSITE

QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente. Download article as PDF

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NWchem

Información general Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular … Sigue leyendo

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