Archivo de la categoría: Bioquímica

MCCCS Towhee 7.0.2

Towhee es un código de Monte Carlo (libre) de simulación molecular diseñado originalmente para la predicción de equilibrio en fluidos utilizando campos de fuerza basados en átomos. Información General Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadistícos  l (NVT, NpT, uVT, NVT and NpT) varios pasos Montecarlo  y también diferentes campos … Sigue leyendo

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Gulp 4.0

Información General GULP es un programa para llevar a cabo una variedad de tipos de simulación de materiales a partir de las condiciones de contorno de 0-D (moléculas y clusters), 1-D (polímeros), 2-D (superficies, losas, …), o 3 -D (sólidos periódicos). El objetivo del código es una solución analítica, a través del uso de la «dinámica de red» (cuando sea posible) en lugar de dinámica molecular. … Sigue leyendo

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MACROMODEL

Macromodel es un paquete de Schrodinger Download article as PDF

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DL_POLY

Información general Versión 4.02 del completo programa de dinámica molecular para macromoléculas, polímeros, sistema iónicos, disoluciones y otros sistemas moleculares desarrollado en el Laboratorio Daresbury. Se ha instalado la versión 4.02 (2.2 en Pendulo). Existe también DL_POLY_CLASSIC que por el … Sigue leyendo

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NAMD

La versión instalada es la 2.8 Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. El software se encuentra instalado tento … Sigue leyendo

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GROMACS

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AMBER

Información general Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. Cómo usar Están compilados las versiones en serie y … Sigue leyendo

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Jaguar

Jaguar es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM. Tenemos una licencia para 8 procesos (en n procesadores, n <= 196), y es valida hasta febrero del 2010. La renovación de esta dependerá del uso del programa. Download article … Sigue leyendo

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QSITE

QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente. Download article as PDF

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NWchem

Información general Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular … Sigue leyendo

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