BEAST

 1. Información General

 2. Cómo usar Beast

 3. Benchmark

 4. Más información

1. Información General

BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing phylogenies but is also a framework for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability.

2. Cómo usar Beast

Para ejecutar el fichero de entrada input.xml en BEAST usar:

/software/bin/beast input.xml > output.log

Otros programas de BEAST instalados

beast, beauti, loganalyser, logcombiner eta treeannotator.

3. Benchmark

Presentamos los resultados de un pequeño benchmark realizado en las máquinas del servicio para analizar el rendimiento de beast. Como vemos paraleliza muy bien hasta 8 cores. Para cálculos muy largos puede que usar 16 cores merezca la pena pues aun hay una reducción significativa pero la eficacia en el uso de los procesadores ya cae de forma importante.

Cores Tiempo (s)
Eficiencia (%)
1 12692 100
4 3573 89
8 1889 84
16 1200 66
20 1149 55

4. Más información

Página web de BEAST con tutoriales y documentación.

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