Archivo de la categoría: Genética

R, RCommander and RStudio

General information R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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R, RCommader y RStudio

Información general R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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IDBA-UD

Información general IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. … Sigue leyendo

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SPAdes

Información general SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and … Sigue leyendo

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MetAMOS

Información general MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, … Sigue leyendo

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QIIME

Información general QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through … Sigue leyendo

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USEARCH

Información general USEARCH is a unique sequence analysis tool  that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros y tiene … Sigue leyendo

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Cufflinks

Información general Cufflinks is a reference-guided assembler for RNA-Seq experiments. It simultaneously assembles transcripts from reads and estimates their relative abundances, without using a reference annotation. The software expects as input RNA-Seq read alignments in SAM format (http://samtools.sourceforge.net). Versión instalada … Sigue leyendo

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TopHat

Información general TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. Versión … Sigue leyendo

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Trinity

Información general 2.1.1 release. Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied sequentially to process large volumes of RNA-seq … Sigue leyendo

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ABySS

Información general Versión 1.3.2 ABySS (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS puede ejecutarse en paralelo. Leer también sobre y el artículo que hemos publicado comparando ambos. … Sigue leyendo

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clean_reads

Información general Version 0.2.2. clean_reads limpia reads de NGS (Next Generation Sequencing) – Sanger, 454, Illumina y solid. Puede eliminar Regiones de mala calidad. Adaptadores Vectores Expresiones regulares También filtra reads que no llegan a un mínimo de calidad basándose … Sigue leyendo

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Velvet

Información general Versión 1.2.03. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by … Sigue leyendo

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BLAST

Información general Versión 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas, empleado en bioinformática. El … Sigue leyendo

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Genepop

Información general Versión 4.1. Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations. Cómo ejecutar Para ejecutarlo en el sistema … Sigue leyendo

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CLUMPP

Información general Versión 1.1.2. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as , so that they match up as … Sigue leyendo

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Structure

Información general Versión 2.33. The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and … Sigue leyendo

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Blast2GO

Información general Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Está instalada la versión 2.5. Cómo usar Blast2GO Si se ejecuta en Maiz, Péndulo o Guinness blast2go se ejecuta … Sigue leyendo

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mpiBLAST

Información general mpiBlAST es una versión paralela de blast que permite su ejecución paralela en muchos nodos. Está instalada la versión 1.6.0. Compara secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas así … Sigue leyendo

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BEAST

Información General BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing … Sigue leyendo

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